1937年，万率部参加淞沪会战，在刘行以东均家浜附近阻击日军。沪战结束后，部队撤到武汉外围整编，万升任第十五军团司令，兼武汉卫戍副总司令。但第十五军团没有固定的部队，有番号而没有实力。万自嘲为“光杆司令”。1938年3月，国民政府军事委员会将官研究班在武昌珞珈山武汉大学开学，万被任为班主任兼军官训练团副教育长。11月，陆军大学代校长蒋百里病故，他被任命为教育长，去贵州遵义接掌校务。在任内，办了十七至二十期四个学班及几期将官班，并将陆军大学迁往重庆。

1943年5月，万调任设在成都的中央军官学校教育长，办了十八至二十一期军官班。1945年5月，他当选为国民党中央第六届监察委员。1946年4月，任为湖北省政府主席（5月12日正式在武昌就职）。1948年5月，他申请辞去湖北省主席职务，被聘为“总统府”战略顾问。8月，任南京中央训练团教育长。

1949年5月，万耀煌去台湾。7月6日，蒋介石下令在台湾筹备“革命雪耻学院”，指派万耀煌、王东原、张其昀、徐培根、谷正纲、孙立人等六人为筹备委员。8月16日，加聘陈诚等五人为院务委员，共同组成院务委员会。后决定定名为“革命实践研究院”。10月5日，继王东原任万为该院主任。1953年因病辞去主任职务，改任“总统府国策顾问”。

万耀煌十七岁肄业两湖师范附小时投笔从戎，嗣先后考入湖北陆军小学、陆军第三中学、陆军兵官学堂（民国后改名保定军官学校）、陆军大学，接受完整的新式军事教育。求学期间参加日知会、同盟会、国民党，参与辛亥革命、反袁运动、荆襄自主之役。毕业后参与湘省援鄂自治之役，任驻湘鄂军参谋长，助夏斗寅整顿军队。1926年之后参加北伐、讨逆、抗日战争，由副师长、师长、军长、军团长积功至上将。抗战期间转任陆军大学、中央军官学校教育长。抗战胜利后出任湖北省主席，调中央训练团教育长。其一生经历均与大局动荡有关。

武昌起义爆发后到上海，旋回鄂，任战时总司令督战参谋。后由居正介绍加入中国同盟会。中华民国建立，北上继续完成陆军大学学业。1920年任湖北省署卫队营长。1923年任夏斗寅部参谋长，创办鄂军军官研究所。1926年该部改编为鄂军第一师，任参谋长兼团长，继任国民革命军独立第十四师副师长兼参谋长。该师扩编为新十军，任第一师师长。1927年参加北伐。后任第二十七军第六十五师师长兼代军长。 1931年任陆军第十三师师长。1933年奉调入赣“围剿”中央苏区红军，同时兼任江西抚州警备司令、第八纵队副指挥官。1935年任第二十五军军长兼第五纵队司令暨第二绥靖区指挥官。同年4月晋升陆军中将。抗日战争爆发后，任第十五军团军团长兼武汉卫戍副司令。1938年3月调军事委员会将官研究班主任兼军官训练团副教育长。1939年调任陆军大学教育长，1943年改任成都中央军校教育长。1945年当选为中国国民党第六届中央监察委员。1946年4月任湖北省政府主席兼保安司令。1948年4月辞职，调任总统府战略顾问。

1923年任夏斗寅部参谋长，创办鄂军军官研究所。 1926年该部改编为鄂军第一师，任参谋长兼团长，继任国民革命军独立第十四师副师长兼参谋长。不久，该师扩编为新十军，任第一师师长。

1927年参加北伐。后任第二十七军第六十五师师长兼代军长。

1931年任陆军第十三师师长。

1933年奉调入赣“围剿”中央苏区红军，同时兼任江西抚州警备司令、第八纵队副指挥官。

1935年任第二十五军军长兼第五纵队司令暨第二绥靖区指挥官。

同年4月晋升陆军中将。抗日战争爆发后，任第十五军团军团长兼武汉卫戍副司令。1938年3月调军事委员会将官研究班主任兼军官训练团副教育长。

1939年调任陆军大学教育长。

1943年改任成都中央军校教育长。

1945年当选为中国国民党第六届中央监察委员。

1946年4月任湖北省政府主席兼保安司令。1948年4月辞职，调任总统府战略顾问。8月任南京中央训练团教育长。

1949年去台湾，任台湾“中央改造委员会”干部训练委员会主任委员、台湾“革命实践研究院”院务委员兼主任。

1953年因病辞职，任台湾当局领导人幕僚机构政策顾问、国民党中央评议委员。

1966年夏，组织旅台湖北同乡会创办《湖北文献》季刊，被推为发行人兼社长。

1977年1月31日病死。

阳夏保卫战 1937年9月4日，敌再度组织大举进攻，以猛烈炮火掩护，向七十六团阵地前沿小港抢渡，七十六团顽强抵抗，伤亡过半敌亦毙逾千，尸横港岸，港水尽赤。敌恼羞成怒，踏尸越港，冒死突进，以重大代价扑向一营阵地，一营官兵全部阵亡，阵地被突破。万及时赶到七十六团前沿指挥所，严令固守，同时抽调预备队及重火器，配合该团，组织反攻。万耀煌说：“寸土之失，乃军人一世之耻。即使牺牲到只剩下最后一个人，也要保住阵地不落入敌人手！国家存亡之秋，军人报效之时，现在是我们为国家民族舍身赴死的时候，虽死何憾！我们一定要前赴后继，为死难烈士报仇，把阵地夺回来！”他再次交代了师、旅、团、营、连官知牺牲之后的替代系列，在猛烈炮火中，发起反击，率众强攻，迅速压下敌人火力。午夜2时，一前举全歼突入阵地之日军，阵地失而复得。

9月20日，敌发起水、陆、空立体突袭，七十八团二营伤亡殆尽，阵地被突破，万立即命令七十五团火速增援。该团“老虎营”营长能熊飞奉命率全营出击。冲锋中，敌飞机、大炮交叉轰击，猛烈扫射，熊营每前进一步都要付出惨重牺牲，最后到达阵地，敌炮火更加猛烈，军地被炸成一片焦土，烧成一片火海，腾起数十丈辚尘，全营官兵壮烈殉国，无一生还。万反视战场，目睹惨状，寸心欲裂。此时全师伤亡大半，已无可调之报兵。

万耀煌决心夺回阵地，派传令兵集中所有可用之火器与兵力，作最后的拼杀，然而派出的传令兵大都牺牲，回来的也是两手空空，非死即伤。万振臂高呼：“十三师的阵地，决不能在十三师手中丢失！”他集中所有尚动作之伤兵，布置于当日晚间迂回偷袭。他说：“今日白天竟日战，我死伤枕籍。敌亦兵疲人困，决不会料到我部还能反攻。只要我们行动迅速，必能克敌制胜，夺回阵地！”官兵们见师长视死如归，身先锋镝，皆大振奋，一个个大义凛然，决心以最后一拼，为后死者前驱。大家写完最后一份遗书，留下姓名及家庭通讯地址、所有钱物，外理完最后一切后事，于午夜12时出击。先以部分火力正面佯攻，猛烈射击，吸引敌人。然后大总分官兵悄悄出发，自左侧迂回，时不出万所料，敌全力对付正面，左则松懈，万部一举突入阵地，挥刀乱砍，血肉横飞，短兵拼杀一个多小时，敌渐不支，终于弃尸而逃，阵地再度收复。

万耀煌吃苦耐劳，人伍后迭资助擢升。1926年任国民革命军独立十四师师长，1931年任第十三师师长，1935年任二十五军军长兼第十三师师长。其里列强肆虐，日军入侵，寇深祸急，神州陆沉。万痛国耻，忧心如焚。1936年“西安事变”，万虽为蒋介石“随难之臣”，俣对张、杨抗日主张，倾诚拥护，屡欲一效岳飞、文天祥，提劲旅，赴戎机，上战场，上战场，杀敌救国。 1937年“七七事变”后万更加悲愤，屡屡请缨，并率驻汉中休整之所部十三师官兵，为佟麟阁、赵登禹等先期损躯之将士设灵祭奠，泣血宣誓：“……当追佟、赵慷概赴死；誓扫倭奴，飞雪国耻！……”上海“八·一三事变”后，全师将士扼腕攘臂，怒发冲冠，坚决在求赴沪参战。万连日致电蒋介石，请求移师东下，表示参战决心。

虽然蒋介石屡无复电，而万毫不气馁，又派夫人周长林直赴南京，晋谒宋美龄。周慷慨陈词，极言属下官兵群情激昂，义愤填膺，请缨杀敌，誓尽军人天职以报国家之情状，至动情外，声泪俱下，其爱国热情，不记须眉。终在感动宋氏，代为向蒋介石其请，领万部克日赴沪作战。8月19日，万部抵上海。进驻沪西广福一线，构筑工事，与日寇久留米师团对峙。一进入阵地，全师即与日军激烈天战。日军以其精良装备，趁万部立足未稳，连续发起猛烈进攻。13师浴血固守，寸土不让，阵地失而复得者再四。激战经旬，至月底，双方伤亡惨重，敌寸步未进。

万耀煌一生不嗜烟酒，不沾牌赌。他在担任陆军大学教育长或中央军校教育长时，常常以自己的生活好恶去要求学生。他的学生大都是些20多岁的将校，纵然官阶有中将少将的年龄也不只30多岁，这些人在军中大小都是领导。然而，当他们再次成为“学生”则多数不乐意接受约束，有些人更是经不住万耀煌的超严格要求而被开除。因此，常有人背地里称万耀煌是“万排长”，甚至还有人用他的名字编搞笑对联“耀武扬威，前呼后拥三匹马；煌言谠论，东拉西扯一团糟”。 万耀煌曾经历过军校的训练，真可谓血气方刚，有智有勇。他沿着去葛店方向的道路策马急驰，一直追到离武昌城大约30里地的王家店，终于发现了黎元洪一行。黎元洪见万耀煌匆匆赶来还有些惊异，当万耀煌呈上停战协议书禀明来意，黎元洪才镇静下来，并立即签约盖印，同时还顺便鼓励了万耀煌几句。黎元洪因停战有了指望，他们一行便折返卓刀泉歇息，万耀煌则连夜赶回武昌。当盘恩接到已签字盖印的停战协议书时，已是夜里零点时分，盘恩在孙发绪等人陪送下，连夜从烈女渡乘船返回汉口。

由于这份涵盖多方利益的停战协议书及时生效，遂开了中国议和之先声。起义民军扬眉吐气，驻汉领事团也将起义民军视为了正式交战的一方。这对于彻底扭转辛亥革命武昌起义的总体形势，意义重大而深远。因此，当年去了台湾的首义大名人张知本先生，在为万耀煌七十大寿所做的寿联中，就写有“葛店追黎大有功”的句子。

《万耀煌回忆录》

《砚山老人杂忆录》

《参加辛亥首义记》

《长途追剿日记》