8月28日晚11时，李昌钰在美国召开记者会，宣布已经完成其133页的调查报告。当晚，就交给台北驻纽约经贸办事处，立即以外交包裹形式送回台北，转交给台湾方面负责刑事侦查的“检察总长”卢仁发。记者会上，李昌钰对媒体做出以下几点交代：

李昌钰的调查小组在子弹上找到十分特殊的“工具痕”，对侦查十分有帮助。如台湾方面能找到作案时使用的枪管，就可进行比对。李昌钰称，只要找到枪支，案件就解决了大半。

对陈水扁衣服的检验结果发现，夹克上大部分不是血迹，而是药用油膏；在陈水扁的衬衫上，也发现大量药用油膏；子弹上发现蓝、白衣服纤维；歹徒所使用的枪支，是特制的土制枪支，且两支枪管都是用同一机器制成，然后切成两半。

由于凶手非常专业，而却又使用火力很小的枪支，因此可以排除是政治谋杀行为。

李昌钰表示，自己的报告不设政治立场，不作任何推断，也不受台湾蓝绿和美国任何一方政治势力的影响。但是，他却又表示“如果仔细读（报告），就可以知道是什么意思”。但是，蓝绿两阵营对此的解读却完全相反，各自强调对自己有利的证据来发挥。民进党称，该调查报告与刑事局之前的调查报告基本相似。而李昌钰做出的“非政治谋杀”推论结论过于仓促，因为台湾与美国的情况不同，不应那么早排除任何可能。蓝营则指，“非政治谋杀”的结论证明了蓝营的清白。他们更进一步指出，既然动机非纯粹的暗杀，则可能的解释就是企图影响选举结果，而这又是对当时选情并不看好的绿营有利。

三一九枪击事件真相调查特别委员会

2004年8月24日，“立法院”三读通过三一九枪击事件真相调查特别委员会条例。“行政院”随即提出复议，然而失败。民进党立院党团提请大法官释宪，在此同时，“总统”依法公布该条例，却违反宪政惯例加以批注，并拒派代表参与三一九枪击事件真相调查特别委员会。随后，真调会即召开会议。执政的民进党则发动抵抗权，引发了严重的宪政危机。

同年12月15日，司法院大法官作成585号释宪，确认真调会条例“部分违宪”，主要宣告违宪的条例如下：

三一九枪击案刑事责任侦查权专属真调会

全部案卷证物移交真调会。真调会行使职权不受“国家机密保护法”，刑事诉讼法等法律规定限制，不得以涉及机密等理由规避或拒绝说明。真调会有权对相关人做出限制出境处分。

此一释宪剥夺了以泛蓝成员为主的真调会权力，但该会仍在2005年1月17日公布自行的调查报告，并断言这是一场“操作选举”。对立的泛绿质疑，在失去调查权力后，真调会的结论是从何来？并认为，这样的结论是“由政治动机出发所做的荒谬推断，完全无法令人接受”。

台南市安南区理容院枪击案

当两派仍为枪击案争执不休时，2005年2月24日，台南市安南区一间理容院亦发生枪击事件。巧合的是，受伤的理容院老板翁德祥与陈水扁的伤口如出一辙：被害人腹部中枪、弹头留在衣服上，且同送奇美医院。另外，腹部只有一进一出的伤口，连作案枪枝也是改造枪械，甚至开枪者以左手开枪皆吻合。

检调单位一度怀疑两案是同一人所为，但调查后已排除可能性。泛绿则表示此事件的发生，代表陈水扁的伤口不是不可能发生，也成为反驳敌营的证据。

CIA报告

2005年6月8日，“中国台湾地区立法机构民意代表”李敖出示一份CIA报告，称三一九事件实际上是陈水扁策划的针对吕秀莲的枪杀阴谋。但是，“中国台湾地区当局领导人办公室”方面称资料不尽详实，可能是假的（李敖则回应，是为了保护举报人，刻意改写过）。

2005年3月7日，台湾“最高法院检察署”及刑事警察局召开联合记者会，指出三一九枪击事件开枪的嫌犯为已畏罪自杀的陈义雄。但由于凶枪等证物尚未寻获，仍不宣布破案。刑事警察局称，陈义雄家人已经坦诚陈义雄涉案，他在死前曾留有遗书承认犯案。但家人为保护陈义雄的名誉，已经将该遗书销毁，并将陈义雄之死上报为意外死亡。

陈义雄已于2004年3月29日，即枪击案发生后10日，落海溺毙于安平港。且其生前留下的遗书已经被毁，使得国民党仍高度质疑调查的确实性。并表示，2005年3月19日的三一九周年，仍会举行大规模抗议。而甫于2005年2月24日与陈水扁举行扁宋会的亲民党也表示，嫌疑人已经死亡，使案件死无对证，对检调结果存疑。

外界对于刑事警察局调查结果的质疑，主要集中在枪支下落及嫌犯死亡的方式（陈义雄生前是渔民，擅长游泳，溺水身亡的原因为何），泛蓝更怀疑陈义雄系遭灭口。但由于现场胶筏仅能搭载一人，且无打斗迹象，初步排除灭口或他杀的可能性。

遗书及家属态度也是另一向关键，刑事局亦称其家人因五次接受测谎未通过，加上为维护陈义雄名誉，对案情多所隐瞒，遗书亦早已焚毁。然而当此事件告一段落，部份陈义雄家属接受新闻媒体采访，被问及陈义雄是否是真犯人时，家属并不直接回答，只说“这样的结果我们不能接受”“我们只希望还给我们一个平静”。2006年3月12日，陈义雄家属翻供，并指责检警逼供，案情再度产生新疑点。

当事人之一的“副总统”吕秀莲则表示：民进党政府保护民主人权，不会像过去国民党执政时那样栽赃无辜。这样子结案他也不能接受，希望能继续侦办下去。在当时担任“行政院长”的谢长廷也表示，必要时仍可再次邀请李昌钰来台检视。

2006年3月家属翻供后，吕秀莲发表两点声明：“一、呼吁各界尊重死者人权，体谅家属处境，勿以政治因素干扰其生活安宁，但她本人愿与家属晤谈以了解实情。二、为稳定政局，并杜国内外悠悠之口，建议新任‘最高法院检察署检察总长’另组专案小组，继续侦查三一九枪击案，以期真相大白。”

李昌钰记者会

台湾“最高法院检察署”及刑事警察局召开联合记者会当晚，鉴识专家李昌钰博士随即在美国康乃狄克州自宅召开记者会。他首先肯定台湾警调单位“取得重大进展及突破”。他说，侯友宜于案情发表会曾与他通过电话，把案情做了一次最新的汇报。依台北警方侦办进度而言，他认为三一九枪击案情可能有重大进展。

他也表示，依证据研判，陈义雄为凶嫌的可能性非常高。并建议：“由于陈义雄已溺毙，溺毙的确比较难以确定是他杀或自杀，但仍可以从地点、是否有遗书、尸体外伤等查出重要线索。即使陈已火化，也可从验尸照片、法医的记录等，查出蛛丝马迹。”

李博士表示，国外也有许多嫌犯已死亡、凶器未寻获，但仍迳自宣布破案的例子。他表示：“最重要的是，办案人员能否达到百分之百的确信。例如，三一九枪击事件，警方即是运用排除法，逐一排除不可能涉案的枪支。检警所谓的重大突破，即是指己排除了百分之九十，只剩百分之十待查。一旦比对到仅剩一把枪未查，即使该枪支未寻获，仍可视为重要证据。”他同时承诺，必要时将返台协助调查。

三一九枪击事件周年

2005年3月19日，泛蓝重新号召其支持群众，至“总统府”前游行抗议，《联合报》《中央日报》（在中国台湾，被认为较偏向泛蓝）及国民党党部皆宣称有30万余人参与该场游行。同时台北市警察局表示，大约有3-4万人。

甫进行扁宋会的亲民党主席宋楚瑜则选择不主动、但亦不反对其成员游行。然而，此一决定造成亲民党及泛蓝内部严重争议，引发了部分泛蓝支持者的不满。

另外，曾于2001年获得“监察院”委托重新调查孙立人案的中央研究院近代史研究所学者朱浤源，案发后一年间自行研究案情，出版了《枪击“总统”？》一书，认为该案疑点甚多，可能属于假造。朱浤源当年就读于台大政治系博士班的指导教授，即为前任国民党主席与台湾地区领导候选人连战。泛绿方面认为，他的立场与背景明显偏袒泛蓝，怀有偏见，论据不足采信，仍宜以检调和刑事局等专业和有公权力机构之调查为准。

这次事件，对于2004年中国台湾地区领导人选举，有着相当大的影响。在事件发生后，泛绿和泛蓝两个阵营都宣布取消一切竞选活动。不过，“中选会”宣布，于次日举行的投票将如期举行。国民党主席连战在晚间陈水扁回到台北官邸后也亲自前往探视，但是因陈水扁已经就寝，连战在留下名片后离去。

事件发生后，不论是泛蓝、泛绿都同声谴责暴力。不过，泛蓝表示希望当局在3月19日午夜前公布初步的调查结果。许多泛蓝人士以及少数泛绿人士（如沈富雄）认为该事件对选情冲击很大，是扭转选情的关键，特别是在南部地区的选票流失严重。另有看法认为，这次事件没有直接造成泛蓝阵营的选票流失，但确实使得很多没有投票意愿的选民投了泛绿的票。

国际一些著名媒体，包括CNN和BBC，都在第一时间作出报道；日本首相和菲律宾总统向陈水扁发出慰问电；中国大陆国务院台湾事务办公室则表示“密切关注势态发展”。

在次日举行的大选投票中，陈水扁和吕秀莲都出现于投票所。两人分别发表了一段讲话，称不会被子弹打倒。大选的开票结果是陈吕获胜，双方票数胜差为0.2%。

时任台湾“行政院长”游锡堃在2004年11月7日到基隆辅选时，批评国亲自320之后一连串抗争行动，并描述为“连宋之乱”。他表示：“未来将记载三二〇之后七个月黑暗的一段历史‘连宋之乱’，就算小学教科书不放进去，大学政治学也会时常提到‘连宋之乱’；选民应让泛绿‘国会’过半，终结乱象、发展经济，让政局更稳定。”