1925年10月，其附属高小班招收杨德秀等3名女生，创普宁男女生同校之始。

1926年秋，学校迁至燎原镇乌石村，乌石原址现为乌石小学老校区，原普宁市师范学校附小，老校区内尚存许多写着“三都学院”的教学用品。

1927年，受时势动荡影响，学校被迫停办。

1929年，原普宁县立第二初级中学训育主任许蕙生与地方人士张崇岳共同发起，组建复办普宁县立第二初级中学校董会，许蕙生任校董主任，聘张崇岳为校长，以乌石高等小学校舍为基础复办普宁县立第二初级中学。

1930年，因大量学生参与革命活动，并和军警发生冲突，被县政府下令停办。

1938年，时任普宁县长的黄伟卿组建复办普宁县立第二初级中学校董会，将马化龙、卢逢生创办的“流沙中学”及何立贤创办的“洪阳中学”合并为“普宁县立第二初级中学”，校址由乌石迁往华市。后因三都书院学租之争被降格为普宁县第二区区立中学。1938年末再次被查封停办。1945年秋普宁第二初级中学复校，校址设在流沙白塔秦村秦氏祖祠。至此后这一三都学院的分支脱离三都学院范畴，并逐渐发展为普宁市重点中学、广东省一级学校、广东省现代教育技术实验学校、广东省首批国家级示范性普通高中。

1940年下半年，汕头市立第一中学，内迁到普宁三都书院。抗日期间，三都书院曾成为医治抗日爱国人士的小医院。

1969年，在三度学院原址复开学校，定名为三都初级中学，并沿用。

2010年，因学校校舍严重不足，大部分班级学生人数为八、九十名，影响了正常教学、教育活动的开展。在学校、热心校友的齐心倡议下，热心人士纷纷捐款新建新的教学大楼，新教学大楼位于书院旧址东边，并于年底建成启用。

三都书院的旧址现为普宁市占陇镇三都中学校舍，旧址背后是三层教学楼横桓矗立，东面有新教学大楼的呵护。她好像在告诉人们：三都书院已完成了她的历史使命，而三都中学已接过上下同心、重教兴学的接力棒正继续走向未来。

由于“院建于戎桂接壤山麓，地在馨香寺之左，层峦耸秀，曲水洄环”（苏才《三都书院序》），倒是一处远离尘扰、幽静读书的好去处。书院的建筑面积2100平方米，格局为三进两包厢，中厅供文昌帝君像，后楼供韩文公像，讲堂及山长卧室、诸生学舍共28间，围墙绕周，前立照壁。

100多年来，三都书院在普宁人的心中却留下了任何历史尘埃都无法遮蔽的深层积淀，那是一种精神，一种情结，一种责任，一种向心力。当时不论士绅百姓、官民人等都在关心教育，筹办书院，俨似“内外同心、重教兴学”的古代版。那种上下重视教育、重视培养后代、重视培育社会良好风气的精神永远激励着后人、鼓舞着后人。

其实在三都书院兴建之前已有县城洪阳的昆冈书院，但因“氵戎水、铁山、桂江三个都（都：县辖基层行政区划单位）离城甚远，入学不便。三都有识人士请建书院获得支持，由知县陈凤图主持兴建三都书院”（《普宁县教育志》）。陈凤图作为一县之父母官，“深悟移风易俗之方，必在敬教劝学之实”，对于方高复兴家塾的倡议，苏才及庄德容等的兴建三都义塾之请，他感叹无限，认为“余尤幸讲君之知所急务而先得我心也……学校者教化之原也。学校兴则民知礼，礼让行则民不争。斯举也，诚风气转移之机，人才奋兴之会矣。”（陈凤图《劝捐并建三都书院引》）倡建三都书院是民心所向，“一倡众和，心盖不约而同”（苏才《三都书院序》），“群情踊跃”（陈文耀《重修三都书院记》）。举人苏才“研精殚思，积渐融液，为文雄深雅健……授东莞教谕训士，皆先气节而后文章”（光绪《普宁县志续志稿·人物》），三都书院成，即归任山长之职。

咸丰年间，三都书院因“遭土匪蹂躏，门户窗牖，荡然无余，嗣屡议修复，因绌于经费，阅十年未果”。但兴学育才毕竟是头等大事，终于在同治十年（1871年），潮州镇总兵方耀继承前辈的优良传统，“以兴贤育为己任，筹款四千元，谕诸绅士协同修理，并置租生息，每年延师督课，择尤优奖；后筹银一百两，盖以绅士捐款，创建惜字宝文社，每年雇工赴各处收拾字纸涤净焚化，具征崇文爱士之盛心”（陈文耀《重建三都书院记》）。书院重修后余款置学田，每年收租谷100余石作为经费，还定例给每科试前三名以租谷奖励，这就为长期办学解决了后顾之忧，为莘莘学子的苦学勤奋提供了动力。学田位于下村村和龙秋村交界处，在荆棘野草丛生处。

俗语有云：“千年铁树开了花”。可见，铁树开花不常见。然而，在书院中厅前的花坛中，有一棵百余年铁树（苏铁）却年年开花，而且一开就是七八朵花，甚至十几二十几朵，实属罕见。