方耀官升广东水师提督，统辖兵勇5000余，平时各守备郡城塘汛。他在潮汕沿海清乡办积案时，手段凶狠，铁面无私，他反其明清两朝在海上围剿倭寇海盗和斥地迁界的海防兵策，转实行在陆上、沿海乡村清剿内匪、内贼，断其匪贼内外勾结、接应之祸根，凡谁胆敢里通海盗，“雄霸一方”，在乡里历来有抗官、杀官、抗命的“盗匪”罪魁祸首，都清剿格杀不论。当年，被圈名“缚上花红”而捕杀不着者，都离乡过番逃生而去。方耀还以乡族悬赏追缉，外逃不敢回乡者，留下的人都互相牵制负罪。今东南亚诸国华人，其祖上不少就是在当年被迫逃到那里定居的。当年，澄海外砂几个大乡确实有人私通海盗，都被方耀清乡办积案时被清剿散了乡，而后再聚合，故有“澄海外砂十一合新乡”之说。

总之，方耀这位久经沙场，身经百战传奇人物，除其可歌可泣的战事外，还有方耀火烧马义桥；方耀智杀潮阳沙陇乡霸“太子森”，火烧三街六巷巨宅；甚至还有方耀站在高坡处敲铜锣，锣声闻得到之处，就属方家地界等等。真有上者天昏，下者地暗，在海上者多为海盗，在陆上者多为内贼，在官场者多为贪官污吏，清末国政之衰败，苍生往事，天荒海隅，民怨民谣，无所为证。但据方耀当年清乡上报政绩记述：“数年间，讯结积案千余起，惩办著匪三千余名，征收旧粮百万余石，起缴炮械千余件，严办著匪乡四十余处，饬拿著名土豪八十余人，均经悉数严治，并无漏网。”

毋庸置疑，方耀在清乡办积案中，确实杀了不少人。被剿杀者，有的罪有应得，不杀不平民愤。但也有无辜而遭错杀者。方耀在潮汕清乡办积案，可说是潮汕清末一页民怨史，使后人想抹都抹不掉。

但从历史客观来说，方耀在任广东潮州镇总兵，至广东水师提督期间，他极力在广州虎门陆续增筑了好几处炮台。如“沙角之白草山、捕鱼山、仑山、蜈蚣山、旗山、龟山、狮子山、白鹤山、象山、凤凰山十台；大角之振威、振安、振阴、安平、安定、安威、安盛、安胜及蒲州九台上下横挡的炮台。”并在碣石、潮州、南澳等处，建造汕头石炮台、柘林港炮台、莱芜炮台和广造兵舰等卫、所海防设施外。他还能利用他手中权力，招募民工民勇，在潮阳河溪、揭阳地都邹堂处围海近万亩，后与潮州绅士郭廷集合作，造成可耕地1500亩。方耀为其命名“广裕村”，让无地少田可耕的农民得到有田可耕。今浦还有“方大人”、“围仔?”。在围海垦田中，他还有巩固潮州北堤，在韩江汕头出口处，改道后造建回澜桥，使得韩江化回流而畅流出海。并将围海垦田所得部分租谷，及韩江改道所建的部分铺面，划归作为金山校产助学。

方耀这位清末一介武夫，不管其军功政绩多大、廉正如何，但他尚能懂得“屯田养兵”、“民以教化”为本。在潮汕各县，他确实建了好多处书院，如普宁的三都书院、潮阳峡山的六都书院、揭阳的蓝田书院、大埔县的启光书院、澄海县的蓬砂书院、饶平的瑞光书院等。这些书院，方耀虽不能一手包天，但以此一二之举，足也值得后人记取矣。

光绪十七年七月，方耀终于心气衰竭，卒于军政左右同僚攻讦之中，享年58岁。在他曾治理过的不少地方，都为其立祠崇祀。清廷追念其功劳，荫一子廷芳为户部主事录用；《清·史稿》也为他立传，评价他是：“善战兼谋勇，尤善治盗”。

看来，史无绝书，方耀其功其过，不也就此定论。似乎无须后人沉钩钓鱼。只不过是潮人在谈史时，只说韩愈治潮八月，只说肖端蒙，只说状元林大钦，只说翁万达、丁日昌等。而对方耀功过，却是噤若寒蝉，这岂不是多少也有历史内忌之虞乎！

方耀故居在广东省普宁市洪阳镇东南，为清朝广东水师提督方耀府第。始建于清同治七年（1868年），陆续用二十年时间才建成，包括老寨、中寨、新德安里、绍园等四部分。老寨建筑格局为“百鸟朝凰”，中寨和新德安里为“四马拖车”，三寨相连，房屋773间，外置护寨河，总面积4万多平方米，是广东省内罕见的大型府第式建筑组群。