1962年2月，上海市政府根据当时国家财政困难状况和报考生源减少等原因，决定撒销农学院，加强农科院。裁撤工作从1962年6月开始，到1963年8月结束，历时15个月。上海农学院裁撤工作的重点是安排好在校学生。具体安排是：1961年秋入学的270名一年级学生，全部转到上海财经学院。1960年秋入学的290名二年级学生（作物栽培24人、植保46人、土化30人、果蔬49人、畜牧29人、兽医27人、农机85人），将4年制改为3年制，到1963年暑假作专科毕业；1959年秋和1960年春入学的145名三年级学生（农学42人，畜牧兽医49人，农机54人），也将4年制改为3年制，提前于1962年暑假作为专科毕业，少数来自农村的学生，直接动员回乡参加生产劳动。农学院撤销后，56名专业教师调上海市农业科学院，公共基础课教师由市高教局重新分配工作，干部、职工由市农委统一安排。72449台（件）设备家具，35126册专业图书，有价（63.09万元）无偿拨给市农科院。学校校舍交市有关部门处理。在松江建校的上海农学院，办校3年，共培养了两届、443名专科毕业生（根据教育领导部门规定，1985年全部换发本科毕业文凭）。

1978年10月，上海市革命委员会决定在七宝上海市农业学校校址恢复重建上海农学院，并参加当年全市扩大招生。第一届招生309名，于1979年1月8日报到，2月开学上课。当时设农学、植保、农机、牧医、园艺5个系，有农学、育种、土化、植保、畜牧、兽医、农机设计与制造、农业经济管理8个专业，第二年又增设了园林专业。

1978年底，农学院复校时有教职工266人，其中教师89人，干部48人，工人89人。1979～1985年，从全国各地引进教师140人，其中教授2人，副教授5人，讲师36人。同时，逐年从本校选留、外校分配了一批高校毕业生和硕士研究生。1985年前，主要从数量上充实；1985年后，通过进修、考核、职称改革和职务聘任，着重结构改善和素质提高。1980年5月8日，国务院正式批准上海农学院恢复建校（5月8日因此定为校庆日），学校规模定为800人。同年秋，学校对部分专业进行调整，即将农学、土化、育种3个专业合并为农学专业，同时在农学专业内设蔬菜、育种班，农机设计与制造专业停办。

1984年5月，上海市人民政府根据上海农村经济和社会发展对人才的需求情况，重新核定上海农学院的发展规模为1100人，其中本、专科学生1070人，研究生30人。1984—1990年，学校先后增设了农村金融（专科）、蔬菜（本科）、果树（本科）、农田水利（专科）和农业设施与机械（专科）5个新专业。

复校以后，根据“小而精、有特色、高质量”的办学要求，贯彻“面向农村、主动适应、积极服务”的办学指导思想，对各系科进行了一系列改革。一是为适应农村经济结构变化和发展外向型经济需要，调整专业方向。作物（农学）专业增设了创汇农业内容；蔬菜、果树专业增加了对特种作物和设施农业的研究与教学；园林专业从以植物栽培为主转为设计与栽培并重；植保专业扩展为植保与环保结合；畜牧、兽医专业相互渗透，并各自转移教学重点；农业经济管理专业从单纯的农业管理转向整个农村经济的综合管理。二是与郊区产业结构相配套，并利于专业导向和筹建新专业，对原有几个系进行改建。1988年，撤销农学、植保、园艺3个系，重新组建2个新系，即将作物、蔬菜、果树专业组建成植物科学系；植保和园林专业组建成园林环境科学系；将畜牧兽医系改名为动物科学系；农业经济系改名为农村经济系；还新建农村工程系。经过改革，全校11个专业、272门课程（142门主要专业课程）、35个主干学科，组成了一个基本适应城郊型农牧业生产和农村经济管理的高等农业教育体系。1990年有教授4人，副教授53人，讲师116人，助教56人，未评定职称的教师3人，具有讲师以上职称的教师占专任教师总数的75%，相当于研究生毕业学历的教师43人。

上海农学院复校后，边建设，边教学与科研，教育设施逐步完善。1990年，校园面积面积377.023亩，校舍建筑面积40134平方米。建成38个教学、科研实验室，拥有仪器设备6052台（件）。基础课、专业基础课、专业课实验的平均开出率达97%。图书馆藏书218958册，中外文期刊有1000多种。实验实习场耕地132亩，畜舍3082平方米，温室1848平方米，大棚6300平方米，投资金额312万元，下设综合、种植、园林、养殖4个分场。植物科学系的“植物遗传育种”，1985年被列为全市第一批重点学科之一。动物科学系的“传染病与预防兽医学”，1990年被批准为全市第二批重点学科之一。

1990年11月，上海市人民政府根据国家教委对全日制高校办学的总体要求，组织专家对上海农学院进行合格评估。

1993年5月，上海农学院被国家教委验收后批准为合格院校。

1996年，上海农学院在校学生1600余人。1979—1996年，培养全日制本专科学生、硕士研究生、成人专科生等各类毕业生5100多人，培训各级领导干部和各类农业科技人员18800余人；1978—1996年，先后建立了农业生物技术、农村社会经济和天然健康食品三个院属研究所，办有植物遗传育种、农业环保、农业螨类、长毛兔研究、城郊经济和动物生物技术6个研究窒。

1999年9月1日，举行上海农学院并入上海交通大学暨上海交通大学农学院成立大会。

合并后，学院亦在上海交通大学闵行校区东北部拥有学院大楼、试验田和温室等设施。位于闵行区七宝镇七莘路2678号的原上海农学院校址成为上海交通大学七宝校区（占地面积328亩，建筑面积78570平方米，拥有多个上海市历史文物保护景点）。

2002年3月，更名为上海交通大学农业与生物学院。

2003年11月，上海交通大学农业与生物学院顾问委员会成立。

2005年4月25日，依托于农业与生物学院的上海交通大学陆伯勋食品安全研究中心成立。

2006年7月，挂靠学院的上海交通大学新农村发展研究院成立。

2007年7月，随着农生大楼的正式启用，农业与生物学院完成主体转移，学院教学、科研和行政工作重心从2007年9月起转移至上海交通大学闵行校区。

2009年5月，教育部、农业部合作共建上海交通大学农业与生物学院；同月，举行上海交通大学农业与生物学院成立五十周年庆典大会。同年起，学院全部实现提前批次招生；与上海市农委签订联合培养农科人才协议。

2013年12月19日，教育部、科技部批准建设国家级上海交通大学新农村发展研究院。

2015年起，学院的食品科学与工程、园林专业与化学化工学院、生命科学与技术学院、环境科学与工程学院、药学院等6个专业在“生命与环境交叉平台”联合招生。

截至2018年4月，学院下设4个系，有4个全日制本科专业。

截至2018年4月，学院建有博士后科研流动站2个，拥有学术学位一级学科博士点6个、学术学位二级学科博士点6个、学术学位一级学科硕士点6个、学术学位二级学科硕士点14个、专业硕士学位授权类别3个、上海市重点学科1个；农业科学、动植物科学和环境科学与生态学三个学科入选ESI全球前1%学科行列。

博士后科研流动站：蔬菜学、生态学

学术学位一级学科博士点：园艺学、生态学、植物学、动力工程及工程热物理、生物医学工程、环境科学与工程

学术学位二级学科博士点：预防兽医学与畜禽产品安全、生物技术、食品冷藏工程、植物学、蔬菜学

学术学位一级学科硕士点：园艺学、畜牧学、生态学、食品科学与工程、植物保护、农业工程

学术学位二级学科硕士点：蔬菜学、果树学、植物病理学、农药学、动物营养与饲料科学、动物遗传育种与繁殖、草业科学、食品科学、农产品加工及储藏工程、预防兽医学、园林植物与观赏园艺、作物遗传育种、生态学、植物学

专业硕士学位授权类别：农业推广、兽医推广、风景园林

上海市重点学科：蔬菜学

截至2018年4月，学院共有教工人数243人，其中，专任教师155人，占教职工总数的64%。教师中，具有正高职称的教师占35%（55人），副高职称教师占45%（69人）；具有博士学位的教师占97%（150人），海外博士占28%（43人）；有一年以上海外学习经历的教师占78%（121人）。拥有冠名讲席教授4人，“万人计划”领军人才1人，特聘教授2人，上海交通大学名誉教授3人，新世纪优秀人才支持计划获得者2人，上海市优秀学科带头人4人，美国康奈尔大学唐氏基金获得者3人，国家现代农业产业技术体系岗位专家3人，国家公益性科研（农业）专项首席专家3人，国家优秀青年基金获得者2人。

学院确立了“通识教育、精英教育、创新教育”的教育理念；坚持“宽厚型、复合型、开放型、创新型”的人才培养目标，逐渐实现人才培养的四个转变，即由“应用向研究，专才向通才，教学向教育，传授向学习”的转变。

据2018年9月学院官网显示，学院拥有上海市实验教学示范中心1个，食品工程原理、遗传学与社会是上海市精品课程，植物育种学原理是上海市重点课程。

上海市实验教学示范中心：上海交通大学农业与生物学院实验与实践教学中心

学院的《现代农业科学创新人才培养模式的研究与实践》课题获得上海交通大学教学成果特等奖、上海市教学成果一等奖；《食品工程原理》、《都市农业导论》被评为上海市普通高校优秀教材二等奖。

据2018年9月学院官网显示，学院拥有1个农业部重点实验室、1个科技部研究中心、1个上海市工程技术研究中心、1个上海市重点实验室、1个国家林业局观测研究站、6个国际联合研究中心。

农业部重点实验室：农业部都市农业重点实验室

科技部研究中心：科技部中美食品安全联合研究中心

上海市工程技术研究中心：上海食品安全工程技术研究中心

上海市重点实验室：上海市兽医生物技术重点实验室

国家林业局观测研究站：国家林业局上海城市森林生态系统国家定位观测研究站

国际联合研究中心：科技部中美食品安全研究中心、上海交通大学保加利亚中心、交大-复旦-诺丁汉植物生物技术研发中心、上海交通大学-耶路撒冷希伯来大学现代农业联合研究中心、上海交通大学-普渡大学惠斯特勒碳水化合物联合研究中心、上海交通大学陆伯勋食品安全研究中心

1978—1996年，上海农学院取得科研成果234项，其中获上海市、部级科技成果奖72项；组织科教兴农、支农服务活动，进行农业科技成果推广开发工作，先后在上海市郊和其他省区建立了30多个产、学、研基地。上农蜜脆豌豆、上农玉芹、上农珍珠菜、欧亚种葡萄、脱毒草莓等一批成熟的科技成果，分别在有关基地大面积推广。嘉定区安亭镇猕猴桃基地培育的4个优良品种，品质均超过进口的新西兰品种。

2013-2017年，上海交通大学农业与生物学院到位科研经费总计3.8亿元；获国家自然科学基金资助项目97项，其中重点项目3项；发表SCI论文761篇，获发明专利授权341件，实用新型专利授权21件、授权软件著作权25件，新品种审定31项。以学院为第一完成单位获国家科技进步二等奖1项、教育部科技进步一等奖1项和技术发明一等奖1项、上海市科技进步奖一等奖1项、上海市科技进步奖二等奖4项以及上海市技术发明二等奖1项。

学院在青蒿“基因密码”破译、根域限制栽培、农业废弃物变废为宝、人兽共患病、马铃薯主食化等领域取得重要进展，抗白叶枯病水稻入选全国农业十大进展。

《上海交通大学学报（农业科学版）》原名《上海农学院学报》，创刊于1983年；是中国学术期刊综合评价数据库和中国科学引文数据库来源期刊、中国科技论文统计源期刊，被Agrindex、CABI、中国生物学文摘等列为文献信息源，已加入《中国学术期刊》光盘版，为《中国核心期刊（遴选）数据库》收录，并被认定为2004－2006年度中国科技核心期刊；曾获全国高等农业院校优秀学报一等奖、全国优秀农业期刊奖、首届《CAJ—CD规范》执行优秀奖。

截至2018年4月，近十年来，学院与美国康奈尔大学、罗格斯大学、普渡大学、英国诺丁汉大学、荷兰瓦格宁根大学、日本东京农业大学、千叶大学、澳大利亚墨尔本大学、阿德莱德大学、以色列耶路撒冷希伯来大学、香港大学、台湾大学等30多个世界知名高校和科研机构建立了合作关系。

2010年至2018年4月，学院有35位本科生通过2+2双学士学位项目赴康奈尔大学、普渡大学和罗格斯大学进行联合培养，顺利获得双学位后赴耶鲁大学、宾夕法尼亚大学、康奈尔大学等学校继续攻读硕士和博士学位；近三年来，教师年均出国学术交流和进修人数达到75人次、国际学术期刊编委和重要国际学术组织任职达到年均30余人次；本科生和研究生的海外游学率达到10%。

学院标识取“上”和“农”二字的汉语拼音首字母“S”、“N”组合而成的艺术图案，圆环内侧为齿轮的形状。

圆环上半部分和“S”为蓝色，代表生物，“S”内的淡蓝色的小长条也寓意基因。圆环下半部分和“N”为绿色，代表农业。

学院传统：艰苦朴素、甘为人梯