1932年7月，国立中央大学医学院被国民政府批准独立建院，更名为国立上海医学院；中国红十字会总医院更名为中国红十字会第一医院，作为学校的实习医院。

1933年1月，设澄衷肺病疗养院（今上海市肺科医院），为上医第二所实习医院。

1936年，新院舍和附属中山医院在枫林桥落成。

1937年，抗日战争爆发，枫林桥上海医学院校舍沦陷，学校移至海格路红十字会医院（现华山路华山医院）进行教学；全院师生在颜福庆院长带领下参加前线救护和伤兵医院工作，同时内迁滇渝，护校办学，先后在云南昆明白龙潭和重庆歌乐山办学，继续维系医学教育的同时，也协助了大后方的疾病控制与医学科研实践。

1946年8月底，抗战胜利后，在重庆的上医师生员工全部返沪。

1950年，中法大学药科并入上海医学院药科。

1952年，浙江大学理学院药学系并入上海医学院药学院；同年，创办药物化学专业；同年10月8日，学校更名为上海第一医学院，隶属卫生部领导；同年全国高校院系调整，学校相继成立公共卫生学院、上海医学院药学院、内科学院、外科学院、妇产科学院、儿科学院、耳鼻喉科学院。

1955年，浙江医学院药学系部分师生并入上海第一医学院；同年4月，根据卫生部指示学校派出406名教师、医师、干部赴渝，组建重庆医学院（今重庆医科大学前身）。

1959年，被认定为全国十六所重点高校之一，进入国家重点建设大学之列。

1978年2月，国务院批准教育部《关于恢复和办好全国重点高等学校的报告》，上医再次被确定为全国重点高校。

1981年，国家实行学位制度，上医获准为首批硕士、博士学位授予单位。

1985年，经卫生部党组批准，正式更名上海医科大学。

1994年，成为全国首批“211工程”高校。

2000年4月27日，复旦大学与上海医科大学组建新的复旦大学。

2012年，新的上海医学院成立，作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限。

2017年，中共复旦大学上海医学院工作委员会成立，是学校党委的派出机构。

2018年12月21日，教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府正式签约，共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院；上海市赋予复旦大学上海医学院统一社会信用代码，将其纳入上海高水平地方高校建设。

2019年6月14日，复旦大学上海医学院领导班子宣布会议举行。上海市委决定，建立中共复旦大学上海医学院委员会和中共复旦大学上海医学院纪律检查委员会；复旦大学上海医学院高水平地方高校试点建设正式启动。

2024年4月13日，晋江市人民政府与复旦大学上海医学院正式签署合作协议，将合作共建晋江市第二医院，并挂牌成立复旦大学上海医学院晋江医学发展中心。

据2024年5月学校官网显示，学院设有直属院所平台14个，开设10个本科专业。

直属院系：基础医学院、临床医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、实验动物科学部

本科专业：临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、临床医学（六年制）、口腔医学、基础医学、法医学、预防医学、公共事业管理、药学、护理学.

据2024年5月学校官网显示，学院拥有专任教师753人、专职科研人员206人，其中高级职称631人。有中国科学院院士10人，中国工程院院士5人。

中国科学院院士：王正敏（专职）、段树民（双聘）、杨雄里（专职）、葛均波（专职）、金力（专职）、徐国良（专职）、樊嘉（专职）、黄荷凤（双聘）、马兰（专职）、贺福初（兼职）

中国工程院院士：汤钊猷（专职）、闻玉梅（专职）、顾玉东（专职）、周良辅（专职）、陆道培（兼职）

国家级教学团队：医学微生物教学团队、细胞与分子医学教学团队等

国家杰出教学奖：闻玉梅

上海市教育功臣：闻玉梅等

上海市教书育人楷模：闻玉梅等

据2024年5月学校官网显示，学院现有博士学位授予权的一级学科9个（医学门类6个，非医学门类3个），专业学位博士授权点3个，设有博士后科研流动站8个。

博士后科研流动站：生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、公共管理（医）、护理学

一级学科博士学位授权点：生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、公共卫生与预防医学、公共管理（医）、临床医学、护理学

一级学科硕士学位授权点：生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、公共卫生与预防医学、公共管理（医）、临床医学、护理学、口腔医学

专业博士学位授予类别：生物与医药、临床医学

专业硕士学位授予类别：工程、公共卫生、药学、护理、临床医学、口腔医学

据2022年4月学院官网数据，学院有一级学科国家重点学科3个，二级学科国家重点学科12个，首轮国家“双一流”建设学科4个，上海高峰学科建设计划3个。

一级学科国家重点学科：生物学、基础医学、中西医结合

二级学科国家重点学科：内科学（心血管病、肾病、传染病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、妇产科学、肿瘤学、流行病学与卫生统计学、药剂学、社会医学与卫生事业管理

首轮国家“双一流”建设学科：基础医学、临床医学、药学、中西医结合

上海高峰学科建设计划：基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合

据2024年5月学校官网显示，学院有国家儿童医学中心（上海）、国家神经疾病医学中心、国家传染病医学中心；教育部前沿科学中心1个。

国家级一流本科专业：临床医学、基础医学、预防医学、药学、公共事业管理、护理学

教育部基础学科拔尖学生培养计划2.0基地：基础医学、药学

国家级一流本科课程：药物设计学、人脑解剖与影像结构虚拟仿真实验教学系统、医学微生物学、妇产科学B、内科学A、儿科护理学等

“十三五”期间，学院共出版本科代表性主编教材41本，其中主编国家级规划教材23本。

据2022年4月学院官网数据，学院有附属医院18所（含筹）：复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心、复旦大学附属华东医院、复旦大学附属浦东医院、复旦大学附属静安区中心医院、复旦大学附属闵行医院、复旦大学附属质子重离子医院、复旦大学附属青浦区中心医院、复旦大学附属徐汇医院、复旦大学附属精神卫生中心（筹）、复旦大学附属口腔医院（筹）。

据2024年5月学校官网显示，学院有国家老年疾病临床医学研究中心、国家放射与治疗临床医学研究中心、有国家重点实验室1个、教育部重点实验室5个、国家卫健委（卫生部）重点实验室9个，上海市重点实验室14个。

国家医学研究中心：国家老年疾病临床医学研究中心、国家放射与治疗临床医学研究中心

国家医学中心：国家儿童医学中心（上海院区）、国家神经疾病医学中心、国家传染病医学中心

国家重点实验室：医学神经生物学国家重点实验室（复旦大学）

教育部重点实验室：医学分子病毒学教育部卫生部重点实验室、分子医学教育部重点实验室、智能化递药教育部重点实验室（复旦大学）、公共卫生安全教育部重点实验室（复旦大学）、癌变与侵袭原理教育部重点实验室

教育部前沿科学中心：复旦大学脑科学前沿科学中心

国家卫健委（卫生部）重点实验室：卫生部糖复合物重点实验室、卫生部抗生素临床药理重点实验室、卫生部手功能重建重点实验室、卫生部卫生技术重点实验室（复旦大学）、医学分子病毒学教育部卫生部重点实验室、卫生部听觉医学重点实验室、卫生部近视眼重点实验室（复旦大学）、卫生部病毒性心脏病重点实验室、卫生部新生儿疾病重点实验室

上海市重点实验室：周围神经显微外科重点实验室、医学图像处理与计算机辅助技术重点实验室、器官移植重点实验室、女性生殖内分泌相关疾病重点实验室、肾脏疾病与血液净化重点实验室、视觉损害与重建重点实验室、乳腺肿瘤重点实验室、出生缺陷防治重点实验室、老年医学临床重点实验室、学表观遗传学重点实验室、肺部炎症与损伤重点实验室、脑功能重塑及神经再生重点实验室、传染病与生物安全应急响应重点实验室、放射肿瘤学重点实验室

复旦大学上海医学院2000年以来累计以第一完成单位获得国家自然科学奖二等奖2项、国家技术发明奖二等奖3项、国家科学技术进步奖一等奖1项和国家科学技术进步奖二等奖21项。

2020年8月26日，在第十八届上海医学科技奖上，学院共有15个项目获奖，其中，上海医学科技奖一等奖2项、二等奖7项、三等奖4项、成果推广奖2项。

据2022年4月学院官网数据，学院与境外47所院校开展了短期境外交流项目，合作院校遍布加拿大、美国、日本、新加坡、澳大利亚、英国、德国、奥地利等；开设多个面向外国留学生招生的本科、硕士和博士专业，其中以2008年开设的MBBS全英语授课临床医学六年制本科专业为特色，该项目是中国国内顶尖高校中最早开设全英文授课临床医学本科专业的高校之一，在读医科专业外国留学生共300余人。

学院院徽由上海医科大学原校徽演化而来，图案由盾牌和阿斯克勒庇俄斯蛇杖组合而成，蛇杖为医学传统象征，盾牌有上下两部，分别为字母M及U，在组成盾牌象征捍卫健康、保卫生命的同时又与图案中间S形蛇身结合为学院的英文缩写。

学院院训是“正谊明道”，出自《汉书·董仲舒传》：正其谊不谋其利，明其道不计其功。