2017年6月19日起，上海地铁16号线龙阳路站早高峰实行双侧站台交替折返模式。

2019年11月26日，上海地铁16号线增购列车中的首列列车抵沪。

2020年3月23日起，上海地铁16号线新购6编列车投运；9月29日起，上海地铁16号线启用新图，改为全部由6节编组列车载客运营。

2021年11月12日起，上海地铁16号线逢工作日平峰时段试行“3+3”在线“拆、并”（解挂编）的行车组织方式。

2023年3月，上海地铁16号线工作日晚高峰增加一班由滴水湖站始发至龙阳路站的直达车，滴水湖站发车时间为18:00。

据上海地铁官网信息显示，上海地铁16号线共设13座车站，其中10座高架站、3座地下站（截至2024年4月）。（车站具体信息可查询参考资料）

上海地铁16号线西北起浦东新区龙阳路站，沿罗山路、罗山南路（S3沪奉高速公路）、航三路、人民西路、拱极路、穿川南奉公路、G1503上海绕城高速、折向平行浦东铁路东侧南行、跨越大治河、折向临港大道，终点止于南汇新城滴水湖站。

据上海地铁官网信息显示，上海地铁16号线各站点的首末班车时间信息如下表所示（截至2024年4月）：（上海地铁最新的首末班车时刻请访问申通地铁官方应用软件Metro大都会或申通地铁集团官方网站→获取）

据上海地铁官网信息显示，上海地铁16号线列车运行间隔信息如下表所示（截至2024年4月）：（最新信息请查询参考资料）

在2013年年底开通初期，上海地铁16号线曾推出“大站车”运行模式，经过一段时间的试点，结合16号线当时的客流特征及乘客需求，缩短普通车间隔，暂时取消“大站车”。

2016年3月21日，上海地铁16号线开行“大站车”（即部分列车越站运行），仅停靠龙阳路站、罗山路站、新场站、惠南站、滴水湖站5座车站上下客。“大站车”开行时段覆盖工作日、节假日，龙阳路至滴水湖双向运行，但工作日早高峰往龙阳路方向的列车除外。“大站车”均为3节编组列车，单程运行时间比普通车缩短12分钟左右。

2018年10月1日，每逢节假日及双休日，增加临港大道站为上海地铁16号线大站车停靠点。

2018年11月16日起，上海地铁16号线大站车工作日增停临港大道站。

2020年6月18日起，上海地铁16号线工作日开行直达车，仅停靠龙阳路站、滴水湖站，直达车较普通车省时约20分钟，较大站车省时约9分钟。

备注：滴水湖站与龙阳路站始发的“大站车”与“普通车”候车站台位置不同，以上两座车站的“大站车”候车站台均为指定的2号站台，而其他“大站车”途经车站与“普通车”在同一站台候车。

据上海地铁官网显示，上海地铁16号线大站车、直达车时刻表如下（截至2024年4月）：

2018年3月9日，上海地铁16号线单日客流量达23万。

上海地铁16号线采用了接触网和第三轨双受流供电的列车，正线采用第三轨时，列车会把底部的电源信号接收线打开，当到出入段线及入库采用接触网时，列车会打开受电弓进行供电，但离开出入段线时，列车会关掉受电弓。

上海地铁16号线列车采用2列3节编组A型列车重联以及6节编组A型列车，每节额定载客260人左右。

考虑到长途乘车的舒适安全，上海地铁16号线列车在上海地铁全线列车中首次采用了“2+2”的横排座椅布局方式，也兼顾了上海郊区乘客大件行李通行的需求。在车厢两端车门两侧还首次设置了可翻转的座位，灵活应对客流变化，提高车厢空间利用率。此外，在每节车厢的端头部也设计了无障碍区域，具有可供轮椅固定的安全固定带，避免高速行驶中出现轮椅打滑、溜车的情况。

上海地铁16号线列车空调具有强风功能，加大空调风量，进一步提升了车厢舒适度；同时，全列车采用LED照明，灯光柔和舒适，达到节能降耗的功效；并采用了LCD动态地图，给予乘客更为清晰的线路指导。

上海地铁16号线增购列车共15列，将逐一上线替换正在运营的3节编组列车。新购列车的第一、第二、第五、第六节车厢采用全纵排座椅，并加长了第三、第四节列车，进一步提升人员搭载量。相比既有的6节编组列车，增购列车在载客量上将提高近200人。除了增加运能，上海地铁16号线增购列车配置有车底无线传输、背靠背显示屏、能耗记录、USB充电等设施。列车采用变频空调搭配复合出风设计，多点分散出风，均衡各风口直出风量。

上海地铁16号线增购列车采用四动二拖6辆编组，第1、2、5、6节车厢采用全纵排座椅排布，第3、4节列车中间加长，整列车长143.2米。

上海地铁16号线设治北车辆段1座，川杨河停车场1座，控制中心1座。

上海地铁16号线地下段工程存在着工程线路长，基坑开挖深度深，隧道区间距离长，工程施工涉及多种类型地基加固、深基坑开挖、结构施工、泥水处理、大型泥水盾构掘进施工、隧道内结构同步施工等诸多工程问题。建设者在保证施工过程中的安全、质量控制的同时，先后克服了工程工期紧张、环境保护要求高、工区较为分散导致的管理难度较大、超深地下墙施工难度大、浅覆土层盾构施工变形沉降控制、大直径盾构长距离推进对同步组织施工要求高等种种考验，完成了隧道盾构推进任务。

在轨道铺设上，上海地铁16号线应用了多项高铁工程技术。承建单位采用高铁CPⅢ测量技术建立了地铁轨道基础控制网、引进了进口固定焊轨机、150米长轨换铺等高铁工艺技术，有效保证了钢轨焊接质量、钢轨顺直度、轨道精度和线路平稳度，提高了运营安全系数。

上海地铁16号线在中国国内首次采用“单洞双线”隧道，采用直径11.58米的大型泥水平衡盾构机施工，中间由中隔墙将圆隧道分隔为列车来去两个方向。“单洞双线”隧道能进一步缩短轨道交通建设周期，降低地铁隧道建设成本。

2012年5月28日，上海地铁16号线“单洞双线”圆隧道中隔墙结构全线贯通。

上海地铁16号线大治河矮塔斜拉桥于2011年11月16日合龙。全桥采用悬臂挂篮施工，共分63块节段，具有结构体系复杂、施工环境复杂、安全风险高、工期紧的特点，施工中先后创造了轨道交通领域同类型桥梁跨度最大的矮塔斜拉桥和上海市轨道交通领域首次应用矮塔斜拉桥桥型的“两项第一”。

上海地铁16号线是一座145米大跨径桥梁，不仅创造了中国国内轨道交通同类型桥梁中跨度最大的记录，而且也是V型墩连续刚构桥型在中国国内轨道交通领域的首次成功应用。采用一跨过河的桥型，与既有公路桥梁成“品”字形布置，除了有利于提高河道航运等级外，还充分利用了已建公路中央隔离带的有限土地空间进行建设，具有重大的经济和环保效益。

2012年5月10日，泐马河大桥合龙。

上海地铁16号线串联起多个景点：新场古镇、上海野生动物园、南汇桃花村、古钟园、南汇书院人家、上海鲜花港、滴水湖，被乘客称为“郊游专线”。

上海地铁16号线车站遵循“功能为主、风格统一、一线一景、突出重点”的理念，并充分融入地铁人文精神，体现了江南水乡传统建筑形式“廊桥”的建筑风格，体现对江南古镇文化的传承。结构上充分考虑车站的位置和特点，采用多种形式的车站结构，方便乘客的乘降和换乘。

滴水湖站：由于位于东海之滨，整座车站以蔚蓝色为主色调装饰，犹如置身于“海洋世界”。

惠南站：站厅内融入桃花、喜鹊等图案。

1、“市域轨道交通建设关键技术”获得2014年度上海市科技进步二等奖；

2、“地铁快线建设关键技术研究”获得2015年度华夏建设科学技术奖励委员会华夏建设科学技术奖二等奖；

3、 2015年度中国勘察设计协会全国优秀工程勘察设计奖‘市政公用工程’一等奖。

上海地铁16号线缩短了南汇新城与中心城区的距离，将南汇新城与中心城区快速联系起来，为解决上海市东南地区的居民出行提供了一条重要的交通干线，同时推动和促进了南汇新城的开发建设。（上海申通地铁集团有限公司 评）