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康熙元年（1662）置将军。详武职。
光绪二年（1876），兼管兵、刑二部及府尹，以兵部尚书、都察院右都御史衔行总督事。
光绪三十二年（1906），建行省，改将军曰总督，授为钦差大臣，随时分驻三省行台。
宣统二年（1910），兼奉天巡抚事。初建行省，置巡抚一人，至是省。
东北地区是满族的发祥地。清王朝建立后，即以东三省为行政特区，其行政体制与内地行省制度迥异。1644年清军入关，统一中国。出于统治需要，清政府把吉林，黑龙江，辽东作为“龙兴之地”实行封禁政策，禁止汉人出关移民垦殖，以关外为皇家禁地，自成体系。东三省的行政体制是以八旗驻防为主、州县民政为辅的旗民并治二元结构体制：一方面是八旗驻防系统，以盛京为陪都，设盛京将军为最高军政长官，置户、礼、兵、刑、工五部，各设侍郎主持，并在吉林、黑龙江设驻防将军，三省大部分地区设置各级驻防；另一方面是州县民政系统，设奉天府尹，管辖八旗驻防以外的州县民官，这些州县民官设置于三省部分移民垦殖地区。在清初，州县民政系统从属于八旗驻防系统；到清末，随着清政府封禁政策的松弛，流民陆续出关垦殖，移垦社会得以发展扩张，清政府不断地在移垦地区添设州县民官，使东三省原有的旗民并治体制逐渐趋向内地行省官僚行政体制。
社会经济的发展，为东三省改建行省制度奠定了基础。另一个重要的动因，是险恶的国际环境的压力。历经甲午战争、庚子事变尤其是日俄战争，东三省业已成为列强特别是日本与俄国争夺的重地，面临着被瓜分沦亡的严重危机，“名为中国领土，实则几无我国容足之地。”[26]为了挽救危亡，不使东三省沦为日俄的殖民地，清政府不得不力图加强统治，其重要举措便是将东三省在行政体制上与内地行省统一，使其成为中国不可分割的一部分。这样，新政时期，在官制改革的过程中，东三省改制便成顺理成章之事。[27]
光绪三十二年九月初二日（1906年10月19日），清廷谕令贝子载振、尚书徐世昌前往奉天查办事件。[28]历时近三个月，载振、徐世昌对日俄战争以后的东三省情形进行了详细的考查。十一月二十二日（1907年1月6日），载振、徐世昌将考查情形密奏清廷，痛切地指出东三省在日俄侵略下渐趋沦亡的危急形势及其政治窳败难以挽救的黑暗现实，认为其根本症结就在于东三省旗汉并治的双重行政体制运转不灵的问题。“现在三省办法虽有图新循旧之殊，行政用人亦复互有得失，而其不足以为起衰之剂与救亡之策则一也。何者？国家统治领土之法，莫要于行政机关有指臂相使之效。而我三省官制则以军署为之长官，以州县为之僚佐，夫以治兵之职而辖理民之官，所务不同，利害亦异，隔阂既甚，牵制斯多，其终乃无一利之能兴，无一弊之不出，所以数百年来有最良之殖民地，而曾不能一收殖民之效。”因而主张彻底改革旧的官僚行政体制，以为补救之法。“必须大加改革，于用人行政诸大端，破除成例，以全国之人力财力注重东陲，乃可望补救挽回于万一。”[29]随后，清廷又多次召见载振、徐世昌，征询东三省改制的具体办法。载振、徐世昌再次密奏，提出“化散为整，挈领提纲，得人而理”即将东三省统一治理的策略，认为：“目下三省情形，铁路贯注，商埠同开，举凡内政外交，均有利害相因之势，若各分疆域，各为风气，无论势涣力薄，于控驭之方多所未便，且彼此政策不能一致，尤恐失外交之平衡，卒之散漫支离，同归于尽。故必联合三省属诸一人，乃可收统一之效。”他们主张特设东三省总督一员，“予以全权，举三省全部应办之事悉以委之，除外交事件关系重要者，仍令与外务部咨商办理外，其财政兵政及一切内治之事，均令通筹总揽，无所牵制。”另在总督之下设奉天、吉林、黑龙江巡抚各一员，“专理三省民事吏事，仍受督臣节制，其权限应略视内地各省巡抚为轻，不得与督臣并行，凡有奏件均须由督臣领衔方许入告。所有三省用人行政，悉听总督主持。”并建议在日俄驻军尚未尽撤之前，当先期切实预备，以便“克日施行”。[30]
光绪三十三年三月初八日（1907年4月20日），清廷以“东三省吏治因循，民生困苦，亟应认真整顿，以除积弊而专责成”为由，谕令改盛京将军为东三省总督，兼管三省将军事务，随时分驻三省行台，增设奉天、吉林、黑龙江三省巡抚，并以徐世昌补授东三省总督，唐绍仪补授奉天巡抚，朱家宝署理吉林巡抚，段芝贵署理黑龙江巡抚。[31]东三省正式改为行省制度。
东三省改为行省制度后，其实与内地各省在体制上并不尽相同，最重要的一点就是总督职权异常专一与庞大。据新定东三省官制规定，奉天、吉林、黑龙江三省各设行省公署，以总督为长官，巡抚为次官，“凡奏咨批札稿件，厅司皆以次呈督抚核定。总督在他省时，日行公事皆呈抚核，重要事件先呈抚核，电商总督定夺。督抚如京部尚书侍郎，三省公事皆由督抚联衔具奏。至例行之事与迫不及待者，如总督出省，仿内地兼辖省份之例，列总督前衔，由该巡抚一面办奏，一面电商总督，以期迅速而免贻误。贺谢各折仍循例专奏。三省皆仿京部规制，铸行省公署堂印，文曰奉天省印、吉林省印、黑龙江省印。……凡三省公署堂印，应由总督佩带。总督在他省时，则本省印信由巡抚佩带，回省则仍交之总督。”[32]东三省总督是高于三省巡抚之上的总揽行政、军事、财政等各项大权的最高长官。正如后人评价说：“盖除封建时代割据一方之诸侯，殖民地镇压异族之总督外，权任未有若此者。”[33]
值得注意的是，东三省总督原则上应在奉天、吉林、黑龙江三省的行省公署办公，但事实上则是常驻奉天，这样便与奉天巡抚同城，发生新的督抚同城问题。光绪三十四年十一月十六日（1908年12月9日），翰林院侍读荣光奏请核议奉天官制，以督抚不能同城为由，建议裁撤奉天巡抚，认为：“向来外省官制，督抚不宜同城。今奉天为三省总督驻节，足资控驭，又有左右参赞，筹办一切事宜，已绰有余裕。此巡抚一缺，几同虚设，”理应裁撤。清廷谕令东三省总督徐世昌体察情形，酌议办理。徐世昌上奏表示反对。他认为，东三省总督与奉天巡抚的关系，与内地督抚同城情形不同，因为内地督抚属平行关系，职权交叉重叠，难免矛盾冲突，而东三省督抚则是从属关系，巡抚是总督的属官，督抚各有职权，总督统管三省军政外交，巡抚专管本省内政，总督驻奉天只是暂时的，并非经制，所谓“总督应驻三省之中权，以扼军政外交之枢纽，而专为筹边治蒙之计画，其省内一切政令，皆任之以巡抚，是巡抚不应裁，非仅为总督之入觐阙廷、出巡边塞也。”如果裁撤奉天巡抚，则东三省总督将囿于奉天一隅，仅办奉天巡抚之事，与吉林、黑龙江两省隔膜，不能统管三省全局，“三省开创重要之政，必至延搁不办；又显然以东清南满铁路界限划境而治，此中机括，关系甚大，万难裁撤。”[34]宣统元年三月初四日（1909年4月23日），御史齐忠甲又奏请改定东三省官制，认为：“现今内省督抚同城者，均巡抚裁缺，奉天似宜仿照归并，以专责成。”清廷谕令新任东三省总督锡良体察情形，妥筹办理。锡良上奏表示赞同。他认为，东三省总督驻署奉天，同时在吉林、黑龙江各有行署，本为统管三省外交内政要务，并有移驻长春以便控驭三省之议，驻扎奉天原非久制；但事实上，东三省总督巡历吉林、黑龙江为时甚少，移驻长春也不太可能，主要还是驻在奉天。因此，他建议：“遵照外省官制通则，总督所驻省份不另置巡抚，即以总督兼管巡抚事宜，将奉天巡抚一缺裁去，以专责成。惟该抚臣程德全现甫奉旨补授，应否裁撤之处，恭候圣裁。”奉朱批：“奉天巡抚事宜另候谕旨。”[35]宣统二年三月十七日（1910年4月26日），清廷调奉天巡抚程德全为江苏巡抚；三月十九日（4月28日），即裁撤奉天巡抚，以东三省总督锡良管奉天巡抚事。[36]
[26]徐世昌：《密陈考查东三省情形折》，《退耕堂政书》卷5，第2页，1914年刻本。
[27]关于清末东三省改制及其新政的一般研究，参见赵中孚：《清末东三省改制的背景》，《中央研究院近代史研究所集刊》第5期，台北，1976年；张守真：《清季东三省的改制及其建设》，《中国近代现代史论集》第16编，台湾商务印书馆，台北，1986年；赵云田：《清末新政期间东北边疆的政治改革》，《中国边疆史地研究》2002年第3期。
[28]中国第一历史档案馆编《光绪宣统两朝上谕档》第32册，第167页。
[29]徐世昌：《密陈考查东三省情形折》，《退耕堂政书》卷5，第8-9、10页。
[30]徐世昌：《密陈通筹东三省全局折》，《退耕堂政书》卷7，第13-15页。
[31]中国第一历史档案馆编《光绪宣统两朝上谕档》第33册，第31页。
[32]徐世昌：《拟定东三省职司官制及督抚办事要纲折并单》，《退耕堂政书》卷8，第22、25-26、29页。
[33]沈乃正：《清末之督抚集权、中央集权与同署办公》，《社会科学》第2卷第2期，国立清华大学，北平，1937年1月。
[34]《翰林院侍读荣光奏请核议奉天官制折》、《东三省总督徐世昌奏酌核奉天官制详陈办理情形折》，《政治官报》第504号，宣统元年闰二月初五日。
[35]《御史齐忠甲奏东三省冗员太多用款太巨亟宜改定官制折》、《东三省总督锡良奏遵旨考查东三省情形裁并差缺撙节经费折》，《政治官报》第641号，宣统元年六月二十五日。
[36]金毓黻辑《宣统政纪》卷21，第15、16页，辽海书社，1934年。
日期为由农历换算后的公历日期
徐世昌(1907年6月12日-1909年2月8日)
锡良(1909年2月8日-1911年4月20日)
赵尔巽(1911年4月20日-1912年2月12日)