（东京站为线路端点站者以粗体字标示）

本站可搭乘JR新干线与在来线各线（后述）、东京地铁丸之内线。JR东日本车站的3字母简写为“ TYO ”，而丸之内线车站编号为“M 17”。另外，本站JR线与东京地铁大手町站之间仅有东西线可进行联络运输。

JR的正式线路名称分别为新干线的东海道新干线与东北新干线2线路，在来线的东海道本线、东北本线、总武本线、京叶线4线路（详细参见线路条目以及“铁道线路名称”）。东海道本线是本站在来线的所属线。管辖公司方面，东海道新干线由JR东海管理，东北新干线等其他线路由JR东日本管理。所有线路皆以本站为起点，站内亦设有0公里里程标。

旅客信息使用的是后述的运行系统名称。旅客信息上的“东北（本）线”意指中长里程列车，过去因在上野站开出，本站并不使用。上野东京线通车后，多使用在东海道新干线车内广播的换乘信息中。而中央本线过去虽以本站为正式起点，但为了解除本站－神田间与东北本线重复的双重户籍路段，JR成立后将中央本线起点改为神田站。但站内依然有0公里里程标。

JR东日本新干线站台的运行系统如下。

此外，在来线有多个相关的运行系统在本站到开；各线路当中，除了宇都宫线─高崎线和常磐线、京叶线和武蔵野线有共用轨道的状况，其他系统都有专用轨道。还有，除了驶入东北本线和中央线的列车之外，每天所有列车都会和东海道本线直通。

另外，中央新干线东京侧起点非东京站，而是品川站。

1889年，国铁东海道本线新桥～神户全线通车，私铁日本铁道也以上野为始发站建设往青森的线路。随后，日本政府订立东京城市规划，规划建造连接新桥与上野的高架铁道。1896年第9回帝国议会决议在新线的中段建设中央停车场。建设计划因受到甲午战争与日俄战争影响，直到战争结束后的1908年才全面动工。1914年12月18日完工启用，同时命名为“东京站”。

JR将本站视为“中央车站”，从其前身日本国有铁道（国铁）时代起，列车行进方向的“上行、下行”就是以本站为基正点。而做为“中央车站”的本站也是东京都区内与东京山手线内各站计算JR线长里程乘车券车费的里程数基准站（前者：201km以上，后者：101～200km）。

东京站兴建时，站房位置不选择于江户时代起就发展成繁华街的京桥侧，而是在当时尚未开发的丸之内侧。朝向皇居正面的丸之内中央口，设有皇室专用之出入口。

车站站房由辰野金吾与葛西万司设计，是座使用深谷市生产的钢筋砖造3层西式建筑，总建坪9,545平方米，长330米。南北各自有圆顶形屋顶，当时将丸之内南口做为乘车口、丸之内北口做为下车口。中央玄关为皇室专用，与东西一般出入口之间各有一个出入口以搬运行李。

东京站原始的设计是由赴日协助建设东京市区铁道路网的德国工程师法兰兹·巴尔泽负责。对日本传统建筑怀有兴趣的巴尔泽，将车站建筑（丸之内站房）设计为带有入母屋破风与唐破风屋顶的和式建筑；但该设计在当时日本崇尚欧风的氛围下饱受批评，最后不被采用。后来车站建筑的设计工作由辰野金吾等人接手主导，转为以西洋式设计为基调，现今所见之丸之内站房，即为辰野经过三次设计后所定案的结果。惟东京站整体的场站布局，仍一定程度沿用巴尔泽等德国工程师的规划。

东京站的地上主体建筑，大致分为站区西侧的丸之内侧站房（丸之内口），与站区东侧的八重洲侧站房（八重洲口），JR的高架轨道与站台区即位于两座主体建筑间的广大腹地，约略呈南北向并排分布。高架轨道与站台区之下，则有位于一楼的三条东西向通路—北通路、中央通路与南通路，于付费区内连结丸之内侧站房、八重洲侧车站大楼与各高架站台；另外，北通路北侧也有位于付费区外，单纯供民众通行于两座主体建筑间的北自由通路。出入口部分，丸之内口与八重洲口又各自分为北口、中央口与南口三个出入口；另外还有位于站区东北侧，设有乘客进出新干线站台专用验票闸门的日本桥口。

丸之内侧站房为辰野式“赤炼瓦”红砖造建筑，为三层楼高之建物。在第二次世界大战末期遭轰炸毁损后复建为两层楼高，南、北两侧的八角状屋顶，以及中央部分加上三角梯形屋顶则维持为三层楼高，至2012年修复工程竣工后恢复旧貌（详见“再开发事业”段落）。现已拆除的八重洲侧车站大楼，则为地上十二层、地下两层的高楼建筑。

三处地下车站间皆透过位于地下第一层的自由通路，于付费区外相互连结，该自由通路亦与位于一楼北自由通路底下，连结丸之内侧地下车站、八重洲侧车站大楼地下一楼的北地下自由通路（同样位于付费区外），以及大手町一带的地下通路连通；同楼层的JR总武线、横须贺线车站付费区内，也有位于一楼中央通路底下，连结两侧地下付费区的中央地下通路。八重洲侧车站大楼地下一楼付费区外，也与位于车站大楼前方（东侧）广场地下第一层的八重洲地下街相连通。

连通东西站房的付费区内通道分为北、中央、南共三条通道，分别对应丸之内侧、八重洲侧的地上3处剪票口。丸之内侧地下与八重洲中央口亦有剪票口，丸之内侧通往东京地铁丸之内线与丸之内大厦、新丸之内大厦方向，八重洲侧通往八重洲地下街方向。

此外，在高架轨道与站台区之下的一楼付费区内，较接近八重洲侧车站大楼的新干线南换乘口验票闸门南侧，也有同样位于付费区内，长度约500米的八重洲（地下）连络通路，连结主要站区与JR京叶线车站；该连络通路还设有一条电动步道，通路两端也都设有电梯和自动扶梯。

再开发事业

东京站的再开发事业由JR东日本推动。2007年3月，位于日本桥口的摩天大楼“萨皮亚塔”（Sapia Tower）完工启用，JR东日本与此同时将东京站站区的整体开发计划命名为“东京车站城”（東京ステーションシティ），并以“东京站，成为都市。”（東京駅が、街になる。）做为宣传口号。东京车站城以丸之内侧站房复旧计划、以及八重洲口再开发计划为两大主轴，加上站内既有空间的改建工程组成。以下为各项开发项目：

整个再开发计划于2017年底，随着丸之内口的站前广场、以及丸之内口地下空间的整建计划竣工后全部完成。

JR东日本站区共设9座18线站台，是JR各公司车站中站台数目最多的车站。

JR东日本站台为多层立面布局，分为地上部分和地下部分。地上部分站台均位于高架上，为贯通、尽端混合布置。其中，在来线部分面积30000平方米，新干线部分（含JR东海）面积46000平方米。地下部分包括位于主要站区南边较远处，锻冶桥通（接近有乐町）地下第三、四层，呈东西向的JR京叶线车站；丸之内侧站房前方（西侧）广场地下第四、五层，呈东北—西南向的JR总武线、横须贺线车站（第四层为穿堂层，第五层为站台层）。另外车站于地下第二层连接呈南北向的东京地铁丸之内线车站。

新干线换乘口（中央、南。附换乘窗口、精算所业务）、丸之内地下北口、京叶地下丸之内口、日本桥口业务已经委托给JR东日本车站服务管理。除此之外，新干线还有日本桥等剪票口。

在来线空间十分宽广。1楼有丰富的付费区内商业设施。多年以来，地下1楼设置许多投币式置物柜而缺乏商业设施，但在2007年10月25日JR东日本商业设施“GRANSTA”（グランスタ）开幕后人潮爆增。知名会面地点“银之铃”也进行更新，并新设自动扶梯连接1楼与地下1楼；相对地，新干线空间就不够宽裕，仅有站台上有商业设施。

方向指示看板在以前是使用绿底配上各在来线线路色表示“站台编号、线路名、方向”，自2005年12月10日改点起，仅使用站台编号表示20～23号站台，同时剪票口、站台的信息显示器全面改用全彩LED（部分LCD）显示“列车名、发车时刻、目的地、下班列车、停靠站与现在时刻”。

站厅多由JR东日本管辖，店铺与餐厅等可使用Suica以及互通的交通系IC卡。

在来线高架站台

在来线部分为岛式5面10线高架站台，从丸之内侧起为3号站台。中央线的1、2号站台在3、4号站台上方，相当于三楼。2号站台下方为3号站台。该站台与一楼穿堂间，除了站台两端的楼梯外，皆以长型自动扶梯连结。9、10号站台的电梯可至地下1楼。南侧虽有电梯，但不开放一般人使用。

5、6号站台可见保留开业当时样貌的支柱。2014年度进行整修，更换开业时保留的14根支柱与屋顶。

1・2号站台设有售票机销售中央Liner、青梅Liner的Liner券与特急“梓”号、特急“甲斐路”号的自由席特急券，7～10号站台则设有售票机销售Suica绿色车厢券与特急“踊子”号自由席特急券（仅9、10号站台），9、10号站台另设有销售湘南Liner普通车Liner券的自动售票机。此Liner券自动售票机与品川站等同样投入500日圆以上现金就可自动印票。发车前1分钟停止贩售。Liner券售票机不可使用Suica等交通系IC卡。

发车音乐方面，1号站台为《JR-SH1》，2号站台为《JR-SH2-1》，3、6号站台为《JR-SH5》，4、5号站台为《JR-SH3-1》，9、10号站台为《ドリームパーク》。7、8号站台使用发车铃。3～6号站台的发车音乐在每次播放时重复4次旋律，是东京站所独有。

新干线站台

JR东日本东京站新干线部分为岛式2面4线高架站台。20号站台位于10号站台东侧。最初，东北、上越新干线延伸至本站时，仅停靠22、23号站台（当时为12、13号站台），部分定期列车与临时列车在上野站发车。但在1997年北陆新干线高崎～长野通车后，1、2号站台在3～10号站台上的丸之内侧“再高架化”，当时的9、10号站台（东海道线）重编为20、21号站台，成为现在的2面4线构造，供定期列车全列车与大半临时列车停靠本站。1日超过300班列车停靠此2座岛式站台。

能直接进入新干线站区的剪票口只有八重洲北侧的日本桥口剪票口。各站台8号车附近有电梯通往中央剪票口。另外站台中央还设有货梯。

总武地下站台

总武地下站台为位于地下5楼的岛式2面4线地下站台。从中央通路往丸之内侧下楼即可抵达，换乘东京地铁丸之内线较近，要站内换乘京叶线则里程较远。此站台与京叶地下站台不与地上、高架站台一同编号。站台上有电梯与自动扶梯通往付费区。发车音乐分别为1、2号站台的《JR-SH2》，3、4号站台的《JR-SH5》。

各站台设有Suica绿色车厢券自动售票机，安全设备在2004年2月29日由ATC-5型更新为ATS-P。

此站台在构造上有#地下水上升问题。

京叶地下站台

京叶地下站台位于地下4楼的岛式2面4线地下站台。位于新干线八重洲南换乘口往南约500米处、锻冶桥通地下，是东京站中唯一的东西向站台。地下3楼是总武地下通道，横须贺线盾构隧道穿越都道402号下方。由于里程其他站台较远，八重洲口侧设有自动步道。

京叶线所使用的这两座站台，原本是为了供成田新干线（建设计划已于1987年随着日本国有铁道分割、民营化而失效）使用才兴建的，为了将来延伸新宿而选择里程其他站台较远的南侧。但由于成田新干线在沿线居民的反对之下宣告失败，于是将现行站台等地下部分转由京叶线使用。

1、2号站台与3、4号站台各有一座电梯。全站台的发车音乐皆为《Verde Rayo V2》。

站台配置

JR东海站区站台为高架设计，位于JR东日本新干线东侧（八重洲侧），只有东海道新干线停靠。站区的标识、广告等都采用JR东海的样式。采岛式站台3面6线设计。14、15号站台在设计时预定连接东北、上越新干线，因此近神田一段向丸之内侧方向弯曲，但连接计划最终没有实现。

JR东海直营的绿色窗口与JR东日本不同，直接标示为“新干线、JR全线售票处”。站内也有JR东海系列的东海KIOSK。专用剪票口有八重洲剪票口以及与JR东日本新干线并排的日本桥剪票口等。丸之内侧可经由JR东日本在来线付费区进入。包含八重洲口在内的出口、站房皆属JR东日本所有，呈现两方共用的型态。部分剪票口没有自动验票闸门。

新干线中央换乘口、新干线南换乘口包含窗口业务在内已委托给东海新干线维护执行。

站内北端可透过地下通道前往东京地铁东西线。

站台配置

JR东海站区全部为新干线站台，为岛式3面6线高架站台，编号14～19号站台。14号站台在JR东日本23号站台东侧。14、15号站台神田侧部分往丸之内方向弯曲。该站台的弯曲形状是计划与东北、上越新干线直通所设计。

14、15号站台在2008年9月17日起、16～19号站台在2008年12月12日起采用“希望号”2003年以前使用的车内始发终停用铃声作为发车音乐。这是JR东海首次使用发车音乐（313系搭载的车外音乐除外）；18、19号站台8号车乘车位置附近的站台中央有标示起点与方位的浮雕，同站台南端有十河信二浮雕与刻上座右铭“一花开天下春”的建设碑，该站台下、中央换乘口（新干线付费区内）的东端墙壁上有写上“东海道新干线 这段铁道是结合日本国民的睿智与努力所完成”（東海道新幹線 この鉄道は日本国民の叡智と努力によって完成された）的铭版。

各剪票口、站台的发车标与信息显示器采用全彩LED式，各站台上亦设有全彩LED式乘车位置显示器。剪票口上方的发车信息显示器，分为“希望号”专用显示器与“光号、回声号”共用显示器。

直通山阳新干线的“希望号”主要停靠16号站台。但早晨常在18号站台，中午12～13点多在17号站台，傍晚时段多在19号站台；往新大阪的“希望号”：中午前主要在15号站台，下午主要在14号站台，傍晚主要在17号站台；“回声号”早晨主要在17号站台，午间主要在14、18号站台，傍晚主要在15、16号站台。

丸之内线的岛式站台位于地下第二层，共有1座月台、2线轨道。深度较浅。若要前往八重洲须由北侧自由通道通过JR站区。1990年12月中正式导入自动验票闸门。1993年11月，将御茶之水站的定期券售票处移至本站。

2008年春季，站台侧壁加上由2名女子美术大学兼任讲师所设计的艺术墙“自由行走的丸之内线””（自由に走る丸ノ内线）。该艺术墙以“融合历史与自然的潮流”为概念，在下方重现营团500形电车使用的银色正弦波。

站台配置

1921年11月4日，日本第19任首相原敬在东京站被曾任职铁路职员的右翼青年中冈艮一用匕首刺杀，当场死亡，终年65岁。

1930年11月14日，日本第27任首相滨口雄幸在东京站被日本右翼团体成员佐郷屋留雄开枪打伤，至1931年8月26日不治，终年61岁。