清初，明史馆就设在东厂胡同，乾隆年间，该胡同曾一度改名为东长胡同，镶白旗满洲军队曾在这里和附近的翠花胡同一带驻扎。到了道光、咸丰年间，东厂胡同成了大学士瑞麟的住宅。瑞麟由太常寺赞礼郎起家，咸丰年间升至丞相。这位财大气粗的丞相大人在此大兴土木。他把胡同的西部改建成富丽堂皇的宅邸，又在东部的空地上广植松柏和花草，并用几块造形各异的太湖石点缀其间，成为一座竹木苍翠、苔藓夹径的精巧园林。后来此园又经瑞麟后代的精心建造，园内景致更加别具一格。“邱壑无多，然甚闳敞，河流甚长，树土尤佳”，是此园的主要特点。人们取富贵有余之意，将园子命名为“余园”。

光绪年间，余园里住进了直隶总督荣禄。1900年义和团围攻西什库使馆，使馆中一洋人偷偷跑了出来，他被义和团吓得慌了神，在大街上一边快跑、一边高叫“救命”，后来被荣禄手下的人带到了东厂胡同，他自认为可以平安无事了。可是当时的荣禄为了不得罪义和团，便耍了个滑头，将这个洋人交给了义和团。

民国初年，袁世凯任中华民国大总统时，为了笼络住当时的副总统黎元洪，以便日后称帝时自己能得到他的协助，便从荣禄手中买下了余园，送给了黎元洪作为官邸。人称“黎菩萨”的黎元洪，早已察觉袁世凯的用心。1915年底，袁世凯准备称帝，当时的黎元洪从内心里讲是反对帝制的，但他为了不招惹麻烦，于是便一言不发，听之任之，从头到尾看着袁世凯演了一出复辟闹剧。袁世凯称帝后，封黎元洪为“武义亲王”，并亲笔书写了匾额，派人送到东厂胡同黎府门口。可待人刚走，黎元洪便吐了口唾沫，把匾摘下来，扔到了后院的马圈里。袁世凯死后，黎元洪继任大总统，上任仪式就是在东厂胡同里举行的。

日本占领北平后，将东厂胡同改名为东昌胡同，并在余园里设立了“东方文化事业委员会”。这个委员会是日本帝国主义对中国搞文化侵略的重要机构。中国社科院考古所和中国科学院文献情报中心所在的大院就是当年的余园，在东北有一座三层土黄色的书库楼，就是当年日本人盖的。

抗日战争胜利后，东昌胡同又恢复了原来的旧名——东厂胡同。胡适、邓广铭等人都曾在此居住。

2022年3月，入选《首都功能核心区传统地名保护名录（街巷胡同类 第一批）》。

东厂胡同，明朝属保大坊。明永乐十八年（1420），在此处设东厂署，与锦衣卫相表里。东厂成为在刑部、都察院、大理寺三个衙门之外的特设的“尸诏狱”特务机构。用它专门刺探臣民“谋逆妖言、大奸大恶”之事。朱棣不相信外臣，认为他们不能及时把实况直接向他报告，就特命他的亲信太监做东厂的提督。东厂在太监的把持下，残害忠良，制造冤案，无恶不作，成了明代特设的制度。清朝称东厂胡同。日本占领时改称东昌胡同，日本投降后复称东厂胡同。“文革”中一度改称人民路十条。

清时荣禄府第在胡同东口路北，他的住宅十分讲究，除皇宫外，荣宅是全北京城第一个装上电灯的宅院。大学士瑞麟、光绪年间礼部尚书怀塔布也曾住胡同东口。辛亥革命后，袁世凯以十万银元买下荣禄宅东半部，送给黎元洪。袁世凯称帝后，封黎元洪为“武义亲王”，并亲笔书写了匾额，派人送到东厂胡同黎府内，送匾的人刚走，黎元洪便吐了口唾沫，把匾摘下来，扔到后院的马圈内。黎任大总统时·叫直在此居住。后又成为日本文化事业总委员会所在地，日本人在里面造楼房，据说此楼房是北京城最早安装铁制门窗的建筑。抗日战争胜利后，沈兼士先生作为特派员来京接受敌伪文化教育单位时曾在此院内居住。1945年后为中国科学院图书馆，今为中国社会科学院近代史研究所、世界历史研究所等所在地。