万历三十三年（1605年）东林党人杨时乔与左都御史温纯主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期间爆发了“伪楚王案”，形成沈一贯与沈鲤两大集团的斗争，沈鲤借机贬谪浙党官员给事中钱梦皋、钟兆斗及御史张似渠、于永清，沈一贯则称病闭门家居，最后内阁只剩朱赓一人，叶向高曾说“廊庙空虚一也；上下否隔二也；士大夫好胜喜争，三也；多藏厚积必有悖出之衅四也；凤声气习日趋日下莫可挽回，五也”。

万历三十九年（1611年）辛亥京察，由年届八十的吏部尚书孙丕扬主持，徐绍吉、周永春等策划倾覆东林，被吏部右御郎王图制止。这时期朝廷的党争形成南党和北党之争，互相攻击，京畿道御史徐兆魁说：“东林所至，倾动一时，能使南北交攻，角胜党附”。

日后阁部大臣，长久缺员，万历帝亦置之不理，《资治通鉴三编发明》说：“楚宗事至是几十年矣，而廷臣犹以世卿右王之故，相继论劾，借端攻击，报复相寻，朝事已不可问”。叶向高先后上疏百余次，力陈：“今自阁臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下万事不理，以为天下长如此，臣恐祸端一发不可收也”。吏部尚书孙丕扬曾推荐沈鲤、郭正域、顾宪成、赵南星、高攀龙等，神宗一概不理。

万历四十五年（1617年）浙党吏部尚书郑继之主持丁巳京察，是神宗朝最后一次京察，齐（亓诗教、周永春）、楚（官应震、吴亮嗣）、浙（姚允文、刘廷元）三党大肆斥逐东林党人。至此朋党之争，愈演愈烈。

泰昌元年（1620年）的移宫案中，杨涟、左光斗等东林党人拥立太子朱由校继位有功，赵南星、高攀龙、顾大章、夏嘉遇、周宗建、袁可立等重新启用。1623年（天启三年）东林党人主京察，又逐齐楚浙党，明末考核京官的制度成为党争的工具。明末国子祭酒倪元璐说：“其始天子静摄，听臣工群类之自战而不为之理，所谓鼠斗穴中，将勇者胜耳。故其时其血玄黄，时胜时败”

天启三年（1623年）京察，赵南星掌吏部，力斥浙党、齐党、宣党等三党官员亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等“先朝结党乱政”，议当罢黜。

明熹宗时，政治极度腐败，宦官魏忠贤独揽大权，自称“九千九百岁”；实行血腥镇压，他控制卫厂特务机构，爪牙遍及各地，随意杀人，施行刑罚。他又拆毁全国书院，许多东林人物被迫害致死，朝野忠良尽去，还殃及边防将帅，如熊廷弼、孙承宗、袁可立等。明思宗继位后，对东林党的迫害才告停止，东林党在崇祯初年暂时抬头，但明思宗又说：“朕御极之初，撤还内镇，举天下大事悉以委大小臣工，比者多营私图，罔恤民艰，廉谨者又迂疏无通。”在处斩袁崇焕后，东林党的声势又告衰落，皇帝最后只能信任宦官，阉党势力复起。

东林诸人，多数是知直不知曲的“君子”，对个人声名之看重甚于国家利益，争意气而不争是非，君臣之间尤喜意气用事，明神宗则因为立储一事与大臣反复较量，最终虽屈服于众意，但深居后宫不问国事达三十年之久。黄宗羲《明儒学案》说：“天下君子以清议归于东林，庙堂亦有畏忌。”“东林中亦多败类，及攻东林者，亦间有清操之人。”“方东林势盛，罗天下清流，士有落然自异者，诟谇随之矣。”凡不合东林人士法眼者，就被视为小人，齐楚浙党不一定服气魏党，但一时走投无路，大多投靠魏忠贤门下。魏忠贤的助手魏广微之父魏允贞生前和赵南星、顾宪成是好友。魏广微当了大学士后，以子侄辈的礼数三次登门拜访，赵南星硬是闭门不纳，逢人便说“见泉无子”，魏广微深恨不已，怂恿魏忠贤残酷镇压东林党人。高阳批评赵南星“正气可敬，却微嫌刚愎，行事直道而行，不说后果，因而把一些游离分子都逼到阉党那面”。

甚至是到了清初都还有明末党争的阴影，如顺治时期冯诠与陈名夏的北党与南党之争，冯诠原是依附魏忠贤的阉党，而陈名夏是东林党之后。清初大量引用明朝旧宦，明末党争的弊端在清初政局立即反映，顺治二年（1645年）七月，浙江御史吴达上疏弹劾阉党余孽冯铨及其党羽孙之獬等，给事中许作梅、庄宪祖等纷纷上疏支持吴达。多尔衮最初未表态，终于决定支持冯铨一派，公开申斥龚鼎孳，并将李森先革职。孙之獬也被革职，永不叙用。

康熙时，党争与满族权贵内部矛盾纠缠在一起，康熙时期的朋党主要有鳌拜党、明珠党、索额图党、皇子党等。康熙帝深知党争之害，但鉴于满汉之间的矛盾，却也不加以整顿，他与满人贵族谈话总称汉人官员为“蛮子”，甚至骂道：“蛮子哪有一个好人!”

美国学者贺凯(Charles O.Hucker)在《明末的东林运动》一文说：“明末东林运动的失败，代表传统儒家价值观念与现实恶劣政治势力斗争的一个典型，他们是一支重整道德的十字军，但不是一个改革政治的士大夫团体。”

美国学者费正清与赖肖尔《中国：传统与变革》一书中论及东林书院时，写道：东林书院“以一场道德的改革运动重新确立儒家行为的传统准则”，“他们强调道德完善的极端重要性”。