2014年，东海水产研究所福建福鼎养殖试验中心投入使用。

2017年12月，研究所被评选为全国中小学生研学实践教育基地。

自2005年起就开展了深水抗风浪网箱等一系列深远海养殖装备研究，取得了一系列成果。大黄鱼抗流、优质新品系已培育至第二代，建立了大黄鱼蓝色食品认证体系与标准。

据2018年1月研究所官网显示，研究所拥有2个农业农村部重点实验室、1个农业农村部野外台站、2个农业农村部质量监督检验测试中心、1个农业农村部风险评估实验室、1个农业农村部生态环境检测中心、2个中国水产科学研究院重点实验室、2个中国水产科学研究院工程技术研究中心；参与了国家渔业科技创新联盟、联合发起南极磷虾产业科技创新联盟、牵头成立海洋渔业资源捕捞与养护产业技术创新战略联盟；设有科研部门9个、4个试验基地。

农业农村部重点实验室：农业农村部远洋与极地渔业创新重点实验室、农业农村部东海渔业资源开发利用重点实验室

农业农村部野外台站：农业农村部东海与长江口渔业资源环境科学观测实验站

农业农村部质量监督检验测试中心：农业农村部水产品质量监督检验测试中心（上海）、农业农村部绳索网具产品质量监督检验测试中心

农业农村部风险评估实验室：农业农村部水产品质量安全风险评估实验室（上海）

农业农村部生态环境检测中心：农业农村部东海区渔业生态环境检测中心

中国水产科学研究院重点实验室：中国水产科学研究院渔业资源遥感信息技术重点实验室、中国水产科学研究院长江口渔业生态重点实验室

中国水产科学研究院工程技术研究中心：中国水产科学研究院盐碱水域渔业工程技术研究中心（上海）、中国水产科学研究院海洋捕捞工程技术研究中心

研究所科研部门：捕捞与渔业工程实验室、水产养殖技术实验室、渔业生态环境实验室、水产品质量安全与加工实验室、渔业资源实验室、渔业遥感信息技术实验室、遗传育种与生物技术实验室、河口渔业实验室、信息与战略研究中心

研究所试验基地：海南琼海研究中心、福建福鼎研究中心、江苏赣榆试验基地、浙江宁海试验基地

据2018年1月研究所官网显示，全所在职职工编制人数450人，在编人员284人，其中科研人员225名，包括研究员30名，副研63名；国家新世纪百千万人才工程国家级人选2人、享有国务院政府特殊津贴的专家29人、农业农村部有突出贡献的中青年专家5人、中国水产科学研究院首席科学家4人、上海市领军人才3人。

享受国务院特殊津贴专家：陈雪忠、庄平、王鲁民、沈新强、章龙珍、程家骅

首批国家新世纪百千万人才工程国家级人选：庄平、程家骅

全国农业科研杰出人才：王鲁民

农业农村部有突出贡献的中青年专家：陈雪忠、庄平、王鲁民等

上海市领军人才：陈雪忠、庄平、程家骅

中国水产科学研究院首席科学家：陈雪忠、庄平、王鲁民、沈新强

截至2012年底，全所固定资产总额达1.65亿元，共有各类科学仪器设备2302台（套），总价值达到1.11亿元。截至2016年10月，研究所拥有3000吨级海洋渔业综合科学调查船、300吨级渔业资源调查船（东海海域） 、300吨级渔业资源调查船（长江口）、“东江”科学调查艇等科学调查船。

据2018年1月研究所官网显示，研究所拥有微生物生长测定仪、多功能包装及监控系统、超高速离心机、荧光定量PCR仪、变性梯度凝胶电泳仪、微生物致病菌药敏鉴定系统、活细胞工作站、微生物细胞脂肪酸测定与鉴定系统、双螺杆挤压机、激光扫描共聚焦显微镜、蛋白纯化系统-1、蛋白纯化系统-2、双向电泳仪、多功能酶标仪、遗传分析仪、液质联用仪（LC-离子肼）、立式冷冻离心机、全自动固相萃取仪、快速萃取仪、微波消解仪、原子吸收分光光度计、水质分析仪、紫外分光光度计、气相色谱仪、液相色谱仪、液质联用仪（LC-MS TOF）等科研设备。

据2018年1月研究所官网显示，研究所图书馆收藏水产科学各专业中、外文期刊 400 多种，图书5万余册。文献主要涉及鱼类学、水产养殖、海洋渔业及资源、水生生物学、渔业环境保护、水产品加工等专业和学科。

截至2016年12月，研究所鱼类标本馆拥有鱼类标本1700余种，其中模式标本50余种，馆藏标本20000余瓶，录制标本（包括骨骼标本）200余件。

1978-2008年，研究所先后获得国家各级科研成果奖励200余项，其中国家级奖励17项、省 部级成果奖励96项；发表学术论文、报告3000余篇；主编、参编学术专著150余部；获授权发明专利16项、实用新型专利36项、软件著作权8项。

《海洋渔业》主要刊载水产生物学、海水养殖与增殖、水产生物病害与防治、水产生物营养与饲料、渔业生态与渔业水域生态环境保护、海洋水产资源开发利用与保护、渔具与渔法、水产品保鲜与综合利用、渔业机械与仪器等方面的水产基础理论研究和水产应用基础研究的论文、综述和简报。2006年被中国科协评选为“内容质量较好的期刊”，2009年被中国科协列为“中国科协示范精品科技期刊”，2011年获“上海市期刊编校质量优秀奖”（排名为水产类科技期刊首位），2012年被评为“华东地区优秀期刊”，2015年获科学出版社“期刊出版质量优秀奖”，2016年获第一届中国水产学会期刊集群（联盟）“优秀期刊奖”。该刊被中国科技论文统计源期刊、中国科技核心期刊（A级）、北京大学《中文核心期刊要目总览》、院中国科学引文数据库（CSCD）、清华大学中国知网（CNKI）《中国学术期刊综合引证报告》、《万方数据—数字化期刊群》、重庆维普《中文科技期刊数据库》（维普网）、联合国《水科学和渔业文摘》（ASFA）、英国《动物学记录》（ZR）等收录。

《渔业信息与战略》是以渔业信息与发展战略为主要研究内容的综合性学术期刊，被中国期刊全文数据库、中国核心期刊遴选数据库、万方、知网、维普等收录，获第一届全国水产系统优秀报刊一等奖、第二届上海市优秀期刊三等奖、全国优秀水产科技期刊三等奖;、全国水产系统和上海市科技优秀期刊等荣誉。

据2018年1月研究所官网显示，研究所拥有1个博士后科研工作站。

博士后科研工作站：中国水产科学研究院东海水产研究所博士后科研工作站

据2018年1月研究所官网显示，研究所与上海海洋大学、华东师范大学、中国海洋大学、中国科学院海洋研究所、大连海洋大学建立联合招收培养研究生机制；共有博士生导师5人、研究生导师57人。

2012年，研究所在培研究生有100余名。

所徽主体为鱼的艺术图案，颜色为象征科学的蓝色；背景为简易经纬网构成的地球，右下角为研究所英文简称ECSFRI CAFS。

2022年3月，入选2021-2025年第一批全国科普教育基地。