1954年5月20日，总参谋部颁发《军医中学整编方案》，学校改称为“中国人民解放军第十一军医学校”，第二陆军医院也随同整编改称“中国人民解放军第216医院”。1956年1月28日，学校由原属东北军区领导转由总后勤部领导。1958年6月6日，国家卫生部、总后勤部发出《关于交接医务学校和医院的决定》，学校移交国家卫生部，具体由黑龙江省人民政府领导。

1958年7月20日，学校集体转业，移交黑龙江省人民政府领导，第十一军医学校与第2164医院合并，改名为“齐齐哈尔医学院”，学制由原来的3年改为5年。1962年1月3日，为适应军队培养训练军医干部的需要，国务院决定将齐齐哈尔医学院（原军队第十一军医学校）移交给军队领导，归属总后勤部领导；1月22日，举行重归军队建制的交接仪式，学校番号确定为“中国人民解放军齐齐哈尔医学院”，进入全军高等医学院校的行列。

1966年10月21日，根据总参谋部、总政治部指示，学校改称为“中国人民解放军军医学院”。1969年9月19日，学校迁至湖南省长沙市。1970年2月3日，国务院、中央军委决定，将广州暨南大学校舍和营房拨给总后勤部军医学院使用。学校建制仍属总后勤部并统一组织招生，其余工作由广州军区领导。

1975年7月24日，中央军委同意将原由广州军区代管的军医学院改为总后勤部领导，其番号改称为“中国人民解放军第一军医大学”。1978年2月13日，总参谋部批复：决定将103医院调给第一军医大学作为教学医院，称“第一军医大学第二附属医院”。4月19日，中央军委批复，同意第一军医大学校址定在广州市东北郊沙河镇麒麟岗；9月10日，总后勤部通知：同意第一军医大学第二附属医院在广州市珠江南岸工业大道庄头新建，对外称“珠江医院”。

1979年4月30日，教育部和总政治部联合通知：经中央军委批准，第一军医大学等23所军事技术院校列入中国重点高等院校；8月31日，总后勤部批准，一附院对外正式启用“南方医院”名称及印章。1980年2月18日，叶剑英为学校题写“中国人民解放军第一军医大学”校名。1981年11月16日，经国务院批准，学校成为中国首批硕士学位授予单位。1985年12月6日，经国务院批准，学校成为中国第三批博士学位授予单位。

2004年8月24日，整体移交广东省，更名为南方医科大学。2006年2月24日，广东省委、省人民政府《关于建设中医药强省的决定》明确提出：“支持南方医科大学发挥中西医结合学科群优势，建设一所投资主体多元、医教研一体、国内一流水平的南方中西医结合医院”。医院于2006年10月开业，新住院楼于2010年6月启用。2007年4月23日，隶属广东省电信实业集团公司的广州邮电医院整体划归到南方医科大学，其主体发展成为“南方医科大学第三附属医院”。

2012年11月9日，入选第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，承担“拔尖创新医学人才培养模式改革试点”和“五年制临床医学人才培养模式改革试点”两项改革试点项目。

2014年9月22日，学校与深圳市政府正式签约合作共建“南方医科大学深圳医院”，医院由深圳市政府投资兴建，委托南方医科大学全面管理。2015年6月30日，学校入选广东省高水平大学建设计划中的“高水平大学重点建设高校”。2016年6月8日，广东省首家省级骨科医院落户南方医科大学第三附属医院，当天举行了“广东省骨科医院”挂牌仪式；12月30日，广东省机构编制委员会办公室印发《关于省口腔医院、省皮肤病医院、省深圳牙科医疗中心成建制划转南方医科大学管理的函》。

2017年1月1日，广东省口腔医院、广东省皮肤病医院、广东省深圳牙科医疗中心成正式交由学校进行管理，分别更名为南方医科大学口腔医院，南方医科大学皮肤病医院和南方医科大学深圳口腔医院。2月28日，顺德区人民政府与南方医科大学正式签约，双方将合作共建“南方医科大学顺德医院”，顺德区第一人民医院交由学校负责运营管理，更名为南方医科大学顺德医院；12月28日，深圳市卫生健康委员会（原深圳市医管中心）、南方医科大学、坪山区人民政府签署三方协议，携手打造南方医科大学深圳口腔医院（坪山），填补深圳东部尚无市属公立口腔专科医院的空白。

2018年8月6日，肾脏损伤与修复的机制及临床诊断学科创新引智基地入选国家“111计划”引智基地。2019年9月6日，学校与深圳市坪山区人民政府签订《合作共建坪山区医疗健康集团协议》，双方共建“坪山区医疗健康集团”。有助于坪山区全力推进医疗卫生事业高质量发展，建设深圳市东部特色医疗中心。

2020年12月29日，学校与东莞市政府签订了合作共建南方医科大学附属东莞医院协议。根据协议，双方在东莞市人民医院的基础上，共建“南方医科大学附属东莞医院”。

2021年2月5日，学校“基础医学拔尖学生培养基地”入选国家基础学科拔尖学生培养计划2.0基地。

2022年10月28日，南方医科大学与广东省人民医院（广东省医学科学院）达成深度战略合作，根据协议，双方将在全方位的深度合作中建立更加密切、融洽的战略合作伙伴关系，力争建成“双一流”医科大学，建成国内一流、世界领先高水平医院。

2024年3月，由南方医科大学发起的健康医疗数据治理联盟在广州正式成立。8月24日，南方医科大学空天医学工程研究中心正式揭牌成立。中国“数字人之父”、中国工程院院士、南方医科大学教授钟世镇担任该中心名誉主任。9月4日，广州市白云区人民政府与南方医科大学签订战略合作框架协议。

截至2024年4月，南方医科大学是唯一开设八年制医学教育的独立医科院校。该校设有22个教学机构，开设本科招生专业29个。

截至2024年4月，南方医科大学有5个国家重点及培育学科、6个国家中医药管理局重点学科、10个广东省重点学科；13个学科入围ESI全球前1%，其中临床医学入围全球前0.5‰、药理学与毒理学入围ESI全球前1‰，ESI总体排名位居中国第47。学校有10个博士学位授权一级学科，15个硕士学位授权一级学科，2个博士专业学位授权点，15个硕士专业学位授权点，10个博士后科研流动站。

截至2024年4月，学校有国家级人才项目入选者330人次，省级人才项目入选者373人次，其中：两院院士4人，国家级教学团队3个，全国高校黄大年式教师团队2个，国家教学名师6人，国家海外高层次人才26人，国家“杰青”28人，国家特支计划25人（青年拔尖人才7人），“百千万人才工程”国家级人选24人，科技部中青年科技创新领军人才10人，国家“优青”25人。

截至2024年4月，学校有国家特色专业7个、广东省特色专业16个、广东省名牌专业6个、省级一流专业建设点5个。获批国家级一流本科专业建设点23个、国家级一流本科课程40门，入选数量均位居中国医药院校第1。现有国家级规划教材16部、国家级精品课程17门、国家级课程思政示范课程（教学名师和团队）2项、国家级实验教学示范中心4个，获首届全国优秀教材建设奖2项、首批国家临床教学培训示范中心1个、入选教育部“一站式”学生社区综合管理模式建设自主试点单位。建成1个国家级研究生培养示范基地、25个广东联合培养研究生示范基地。

南方医科大学还建有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学中心，1个国家临床教学培训示范中心，3个国家虚拟仿真实验教学项目，1个国家级大学生校外实践基地；已建成20门国家品牌课程。

截至2024年4月，学校先后作为第一完成单位获国家级教学成果奖12项、省级教学成果奖49项，其中国家级教学成果一等奖2项。近年来，毕业生中先后涌现出侯凡凡、夏照帆、高天明、刘超等多名两院院士。中国执业医师资格考试中，该校临床医学通过率最高排名全国第4，中医学3次排名全国第1。“互联网+”“挑战杯”系列竞赛成绩稳居中国医药类院校前两位，共获国家级奖项48项，其中国赛特等奖1项、一等奖4项、金奖12项。

截至2024年4月，南方医科大学有非直属附属医院41所；附属医院15所，其中三级甲等医院11所，展开床位数约22000张，年诊疗服务人次约2200万人次；拥有国家级临床重点专科43个、广东省临床重点专科97个、广东省医疗质量控制中心23个。南方医院、附属广东省人民医院、珠江医院、第十附属医院（东莞市人民医院）进入广东省高水平医院建设行列，7所附属医院获国家公立医院绩效考核A以上等级。

南方医院牵头建设国家创伤区域医疗中心、国家区域中医（风湿病科）诊疗中心、国家紧急医学救援基地，入选国家疑难病症诊治能力提升工程、中西医协同“旗舰”医院试点项目建设单位，附属广东省人民医院牵头建设国家心血管区域医疗中心。

截至2024年5月，南方医科大学共有国家级科研平台5个、省部级实验室，研究中心81个、厅局级研究机构6个、校级机构27个。

截至2024年4月，南方医科大学共获国家科技三大奖29项，省部级一等奖55项，获国家科技奖数量位居广东省属高校第一。2023年，获国家自然科学基金438项，立项数位居全国高校第16位、全国独立医科院校首位、广东省高校第2位，连续8年跻身全国30强。附属南方医院国家基金立项数连续3年位列全国医疗机构前10，其中最好成绩为全国医疗机构第3位、广东省医疗机构第1位。2023年获中国博士后科学基金115项，位列全国高校第13、独立医科院校第1。《南方医科大学学报》入选“中国科技期刊卓越行动计划”梯队期刊类项目，荣获“百种中国杰出学术期刊”称号。

截至2024年4月，南方医科大学图书馆文献资源累积量477万册；拥有SCIE（科学引文索引）、Science、Nature、JAMA（美国医学会杂志）、NEJM（新英格兰医学杂志）、Lancet（柳叶刀），BMJ（英国医学杂志）等世界权威综合医学杂志、各医学学科外文核心期刊、电子图书、实验室指南、临床医师考试题库及手术视频、解剖图谱等数据库；自建了南医院士文库、南医学位论文库、南医专业课程电子教材库、南医机构知识库和学科资源网等。

《南方医科大学学报》（原第一军医大学学报）为高级综合性医药卫生期刊；该刊已被美国《医学索引》（PubMed）、美国PubMed Central（PMC）、美国《化学文摘》（CA）、荷兰《医学文摘》（EMBASE）、荷兰Scopus收录期刊、《中文核心期刊要目总览（2020年版）》、中国科学引文数据库（CSCD）、中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、RCCSE中国权威学术期刊等中国国内外重要数据库收录；2019年入选“中国科技期刊卓越行动计划”；9次获得“百种中国杰出学术期刊”（2013-2020，2022）；连续7年获得“中国国际影响力优秀学术期刊”（2016-2022）；是中国高校杰出科技期刊；是“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊；并获得广东出版政府奖。

《南方医学教育》是南方医科大学（原第一军医大学）主办的以宣传高等教育理论研究和医学教育改革成果，探索医学教育规律及教育管理方法，交流教学体会、传播临床带教经验和指导学习方法的学术性出版物。主要栏目：教育探索、教学研究、高教视阈、杏林文苑、学子园地、院校管理、医学研究与实践等。

《分子影像学杂志》（ISSN1674-4500;CN44-1630/R）是南方医科大学学报编辑部管理的国家正式期刊，月刊，中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）。

根据《南方医科大学2018-2019学年本科教学质量报告》显示，学校制定“因公出国（境）培训中期（2018-2020年）计划”，选派专业技术人员及管理干部赴国际高水平医学教研机构进修；2018年以来，先后与美国哈佛大学医学院合作申报学科创新引智计划基地项目，与澳大利亚昆士兰卫生部开展“全科医师核心能力构建与发展项目”，与意大利锡耶纳大学医院开展“专业人员中期培训项目”，累计选派687人次教师出国（境）交流互访、专题培训。

校名

学校中文名称为南方医科大学，英文名称为Southern Medical University。

校徽

校徽整体呈盾牌形，由多元素巧妙组成，各设计元素内涵如下：

学校得大学精神是诚信务实、自强不息、敢为人先、追求卓越。释义：诚信务实，代表了南方医大精神的内在品质，体现了南方医大人诚信为本、脚踏实地的理念；自强不息，代表了南方医大精神的刚性气质，表达了南方医大人百折不挠、勇往直前的气概；敢为人先，代表了南方医大精神的傲然风骨，表现出南方医大人解放思想、开拓创新的勇气；追求卓越，代表了南方医大精神的优秀品格，阐释了南方医大人永不满足、超越自我的气势。

校歌

南方医科大学的校歌为《爱在南方》，由陈道斌作词，胡平、绍章作曲。

南方医科大学的教风是品正、学高、敬业、爱生。

南方医科大学的学风是德能双修、学以致用。

截至2024年4月，南方医科大学学校有广州校本部和顺德校区两个校区，两校区实行教学一体化。

南方医科大学广州校区位于广东省广州市沙太南路1023-1063号。广州（校本部）校区有实验教学楼、生命科学楼以及曲解楼等各种楼层，在这些楼层会开展和学习一些公共性的实验课程，比如实验教学楼的实验诊断学、解楼的系统解剖学以及局部解剖学等课程，其中，生命科学楼不仅是学校的病理诊断中心，同时也是中心实验室。此外，有南方大道上的公共卫生学院、药学院、第一临床医学院；位于桃李路上的中医药学院、法学院、护理学院、研究生学院、马克思主义学院以及外国语学院等，紧挨中药学楼的有图书馆、位于桃李路右侧的教学馆、位于桃李路两侧教学馆对面有学生住宿楼、学生食堂、体育馆以及操场、文化艺术中心。

南方医科大学顺德校区位于广东省佛山市顺德区（原顺德市）容桂街道马岗大道33号，占地面积120万平方米（1800亩）。其中建筑面积约22.5万平方米，绿化面积42万平方米。校区教学生活设施配套有教学楼5栋，面积2万多平方米；实验楼5栋，面积约3万平方米；图书馆1栋，面积2万多平方米；学生宿舍11栋，面积为7.6万平方米，可容纳8000多名学生居住。

顺德校区共有四个书院：由公共卫生学院、第一临床医学院和外国语学院组成德风书院；由卫生管理学院、第二临床医学院和国际教育学院组成博雅书院；由护理学院、中医药学院、药学院和法医学院组成尚进书院；由检验与生物技术学院、基础医学院和生物医学工程学院组成知行学院。

顺德校区有陶然轩（学生食堂）、如意坊（生活服务中心），陶然轩总共分为三层，一楼主要是自选餐厅，种类繁多；二楼三楼为特色餐饮档口。陶然轩旁是如意坊，如意坊共分为两层，包含餐饮、生活服务店铺。顺德校区教学区为春华堂和秋实堂，春华堂一般以理论课为主，秋实堂一般以实验课为主，春华堂和秋实堂各有五栋。