1981年，中国农业科学院计算中心筹建。

1983年1月，中国农业科学院计算中心正式成立，是中国农口第一个计算机应用研究机构，有职工44人。

1992年，中国农业科学院宏观研究室开始创建，其研究方向是：开展粮食和农村经济发展的理论、政策与宏观战略的研究，承担国家和有关部门的软科学研究项目，为领导决策提供科学依据和咨询服务等。

1987年9月，经农牧渔业部和国家科委批准中国农业科学院将院属科技情报研究所、图书馆、中国农业科技出版社三个单位合并，成立中国农业科学院科技文献信息中心。

1995年11月，中国农业科学院宏观研究室整建制并入科技文献信息中心。

1996年12月，中国农业科学院计算中心整建制并入科技文献信息中心。

2005年1月，中国农业科学院科技文献信息中心正式更名为中国农业科学院农业信息研究所。

据2017年1月研究所官网显示，研究所共有人员编制319人。拥有在职职工享受政府特殊津贴专家2人、农业部有突出贡献的中青年专家1人、863计划现代农业技术领域主题专家组专家1人、全国农业科研杰出人才1人；拥有高级专业技术职务人员108人，研究人员中有博士学位人员66人、硕士学位人员81人。

全国农业科研杰出人才：许世卫

863计划现代农业技术领域主题专家组专家：许世卫

农业部有突出贡献的中青年专家：诸叶平

据2017年1月研究所官网显示，研究所设22个处室，其中有6个研究室和信息分析评估室、食物与营养信息室、农业监测预警研究中心、数字图书馆研究与建设部等。建有金农工程农业科技数据分中心，1个农业部重点实验室、1个中国农业科学院重点开放实验室、1个中国农业科学院野外科学观测与试验站，另有3个学术学会挂靠研究所。

农业部重点实验室：农业部农业信息服务技术重点实验室

中国农业科学院重点开放实验室：中国农业科学院智能化农业信息预警技术与系统重点开放实验室

中国农业科学院野外科学观测与试验站：中国农业科学院信息农业野外科学观测与试验站

研究所研究室：智能农业技术研究室、多媒体技术研究室、网络技术研究室、知识工程研究室、数据库研究室、国际情报研究室

学术学会：中国农学会计算机农业应用分会、中国农学会农业图书馆分会、中国农学会科技情报分会

北京市工程技术研究中心：北京市农业监测预警工程技术研究中心

国家农业图书馆

截至2013年1月，国家农业图书馆有馆藏文献210万余册，33万余种。其中图书31万余册，20万余种；古农书、地方志等15000余册，3494种；中外文资料12万余册，11万余种；期刊164.7万余册，1.4万余种；订购中外文科技期刊4100余种，其中1100余种外文期刊是全国的孤本。电子文献资源方面本馆引进了国际农业与生物科学中心的CABI、联合国粮农组织的AGRIS、美国国家农业图书馆的AGRICOLA等100余种国内外电子数据库。自研自建的中国农业科技文献数据库、国外农业科技文献数据库、中国农业图书馆馆藏文献目录数据库、农牧渔业科技成果数据库、世界农业发展动态数据库、中国食物与宏观农业数据库、中国农业经济分县基础数据库等各类实用型数据库50余个，数据量1500万条，每年新增记录50余万条。

国家农业科学数据共享中心由中国农业科学院农业信息研究所牵头，有中国农业科学院作科所、中国农业科学院畜牧所、中国水产科学研究院、中国热带农业科学院、中国农业科学院资划所等单位参加。2012年新增农业科学数据50.32GB，修订和更新数据45GB，使得农业科学数据中心数据总量达到448.93GB。

据2017年1月研究所官网显示，建所以来，研究所在农业信息技术、农业信息管理、农业信息传播、数字化图书馆、农业情报与信息分析、农业宏观战略研究领域取得70项国家与省部级科研成果，所属的国家农业图书馆馆藏210万册。

2013年度，研究所获得中国农业科学院科学技术成果奖一等奖7项，二等奖13项。

2009年，研究所共发表论文176篇、出版著作18项。2010年，研究所共发表论文172篇、出版著作12项。2011年，研究所共发表论文187篇、出版著作33项。2012年，研究所共发表论文209篇、出版著作4项。

《中国农业科学》中文版是农业多学科学术性刊物，包括作物科学、畜牧兽医科学以及农业经济与管理等。前身是1950年创刊的《农业科学通讯》，1960年正式改刊名为《中国农业科学》。1999-2012年间多次获得“国家期刊奖”、“国家期刊奖提名奖”、“双高期刊”以及中国期刊协会“新中国60年有影响力的期刊”称号；2002-2012年先后10次获得中国科技信息研究所“百种中国杰出学术期刊” 称号和两次“中国精品科技期刊”称号；2004年、2006年连续两届获得中国农学会全国农业优秀期刊评比特等奖；2012年获中国学术期刊（光盘版）电子杂志社、清华大学图书馆、中国科学文献计量评价研究中心“2012中国最具国际影响力的学术期刊”称号。北京大学图书馆1992-2011年连续6次遴选为综合性农业类核心期刊；武汉大学中国科学评价研究中心2008—2012年连续3届遴选为权威期刊。

根据中国科技信息研究所2015年公布的数据，该刊2014年核心影响因子为1.229，总被引频次达到9518，综合评价总分在农业综合类科技期刊中排名第一，在全国2312种核心科技期刊中排名第8位。根据“中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术2016版）”，《中国农业科学》的影响力指数（CI）为1337.512，在综合性农业科学类目、基础研究层次的96种期刊中列第1位；复合影响因子（复合JIF）为2.188、他引5年影响因子为2.545，在同类目期刊中学科排序位列第一。

该刊除被国内所有检索系统收录以外，还被美国化学文摘CA、俄罗斯《文摘杂志》、英国国际农业与生物信息中心CABI、联合国粮农组织AGRIS等国际检索系统收录。

《中国乳业》创刊于2002年，是全国首家为乳业产业提供全方位信息服务的专业性期刊。主要栏目有：特别关注、热点追踪、本刊专访、奶业经济、牧场建设、繁殖育种、饲养管理、疾病防治、质量安全、科技进展、乳品加工、营销管理、新闻简报等。

《中国食物与营养》创办于1995年，由农业部主管，中国农业科学院、国家食物与营养咨询委员会主办的食物与营养领域相结合的综合性月刊。

2008-2014年入选中国科技核心期刊，2006、2010、2014年入选中国农业核心期刊。是中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科技期刊数据库收录期刊、中国学术期刊全文数据库全文收录。

主要栏目有：专题论坛、食物安全、资源与生产、食品工业、消费与流通、新技术新产品、营养与保健、膳食营养调查等。

《农业网络信息》创刊于1986年，原刊名为《计算机农业应用》，1996年更名为《计算机与农业》（月刊），2004年更名为《农业网络信息》。主要栏目有综述与专论、研究与开发、信息资源建设与管理、网络与电子商务/政务、农业信息化、信息教育等。

《生物技术通报》是中国农业部主管、中国农业科学院农业信息研究所主办的学术期刊。

《生物技术通报》被美国化学文摘（CA）、中国生物医学文献服务系统（SinoMed）中的《中国生物医学文献数据库》（CBM）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中国学术期刊综合评价数据库（CNKI）等国内外重要数据库收录。入选全国中文核心期刊（2008、2011、2014年版）、中国科技核心期刊（2014年版）、中国农业核心期刊（2006、2010、2014年版）、RCCSE中国核心学术期刊（A）。

《生物技术通报》设有综述与专论、研究报告、技术与方法、信息交流等栏目。

《农业科技通讯》杂志由农业部主管，中国农业科学院主办，中央级农业实用综合、技术、信息期刊，创刊于1972年，五次获得全国农业优秀期刊。主要栏目有人物风采、专题论述、工作研究、试验研究、粮食作物、经济作物、蔬菜、果树、西甜瓜、林木花卉、良种荟萃及市场信息等。内容丰富翔实、信息量大、技术实用等。

《农业图书情报学刊》创刊于1984年，是由农业部主管、中国农业科学院农业信息研究所主办的行业学术期刊，国内外公开发行。是中国学术期刊综合评价数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、中国期刊全文数据库、中文科技期刊数据库来源期刊。开设信息论坛、资源建设、网络技术、文献研究、工作研究、信息教育、编辑出版、管理服务、人力资源等栏目。

《中国园艺文摘》是中华人民共和国农业部主管、中国农业科学院农业信息研究所主办、中国园艺学会协办的国家级学术期刊，是中国核心期刊（遴选），万方、维普、知网等数据库全文收录期刊。主要栏目包括：试验研究、研究综述、产业论坛、园林绿化、景观设计、菜园技术、果园技术、花卉苗木、种质资源、行业经纬（包括生态环境、农业气象、土、肥、水、药等）。

《中国畜牧兽医文摘》（月刊）创刊于1985年，是农业部主管，中国农业科学院农业信息研究所主办的国家级畜牧、兽医类综合性科技期刊。期刊被国家新闻出版总署、维普网、万方数据库、知网数据库收录，被MARC数据、DC数据收录，被国家图书馆、上海图书馆馆藏，被评为全国优秀畜牧、兽医科技期刊。

《中国猪业》创刊于2006年，是服务于猪产业的综合指导与技术相结合的期刊。主要栏目有专家论坛、对话猪业、政策法规、猪业经济、品种资源、 饲养管理、 疫病防制、 猪场建设、肉品加工、交流园地、海外猪业、行业动态等。

《农业展望》创刊于2005年，是综合性农业科技刊物，是国内外重要数据库收录的重点期刊。设有产品预测、农业经济展望、农业生产展望、农业科技展望、农业贸易展望、农业消费展望和数据信息等主要栏目。

《中国畜禽种业》创刊于1985年，是中文期刊全文数据库全文收录期刊，2005年由《中国农业文摘——畜牧》更名而来。主要栏目设置有种业研究、畜禽良种、技术交流、产业经济等。

《Journal of Integrative Agriculture》（《农业科学学报》）创刊于2002年，是农业综合性学术刊物，全英文，月刊。被SCI、CA、AJ、FSTA、ZR等国内外重要检索机构收录。获得的荣誉有：2006年中国农学会“第五届全国农业优秀期刊金犁奖”一等奖、2008年中国科技信息研究所“中国国际化精品科技期刊”、2008年国家新闻出版总署“英文版期刊出版质量评比前10名”、2013-2014国家自然科学基金委重点学术期刊专项基金资助、2012年中国学术期刊（光盘版）电子杂志社/清华大学图书馆/中国科学文献计量评价研究中心“2012中国最具国际影响力学术期刊”称号。2012年JCR（汤森路透期刊引证报告）首度公布的影响因子为0.449。

据2017年1月研究所官网显示，研究所有4个博士学位授予点和4个硕士学位授予点，建立了博士后流动站。

博士学位授予点：农业信息分析学（自主设置）、农业经济管理（二级学科）、农业信息管理（自主设置）、作物信息科学（自主设置）

硕士学位授予点：农业信息分析学（自主设置）、农业经济管理（二级学科）、情报学（二级学科）、管理科学与工程（不分一、二级）

据2017年1月研究所官网显示，研究所每年在读硕、博士研究生80多人，包括近10个国家的留学生；近10年共招收硕士生165人、博士生71人、博士后17人、外国留学生10人。

研究所2011年开始招收国际留学生，截至2012年，共招收10名留学生，其中8名博士留学生、2名硕士留学生。

2015年11月，研究所1名博士研究生、1名硕士研究生获得国家奖学金。

2016年12月，研究所1名博士研究生、2名硕士研究生获得中国农业科学院研究生学业奖学金一等奖，2名博士研究生、9名硕士研究生获得中国农业科学院研究生学业奖学金二等奖。

据2017年1月研究所官网显示，研究所与世界40多个国家和地区的180多个单位建立了信息交流与书刊交换的友好关系国际合作与交流。先后与美国、英国、加拿大、荷兰、韩国、日本、俄罗斯、FAO等10多个国家和国际组织进行了农业信息科技合作，签订科技合作协议20余份。承担完成多项国际合作项目，获得国际合作经费千万余元。

研究所的国际战略合作伙伴主要有：在信息分析方向，国际合作机构主要有联合国粮食及农业组织（FAO）、亚洲开发银行（ADB）、世界粮食计划署（WFP）、国际农业发展基金（IFAD）、经济合作与发展组织（OECD）、温洛克国际开发中心（Winrock）、国际食物政策研究所（IFPRI）、美国农业部经济研究局、美国衣阿华州立大学、美国普渡大学、美国圣地亚哥大学、加拿大马尼托巴大学、加拿大圭尔夫大学、英国诺丁汉大学、澳大利亚昆士兰大学等；在信息管理方向主要有国外图书馆、信息服务机构（如联合国粮食与农业组织（FAO）、国际应用生物科学中心（CABI）、国际食品信息研究机构（IFIS）、美国国家农业图书馆、德国农业图书馆），以及印度、韩国、日本等国家级农业图书馆；在信息技术方向，有美国、荷兰、澳大利亚等在作物模型研究和3S技术研究方面具有影响的国家，有在虚拟植物研究方面具有影响的法国，亚洲还有日本中央农业研究中心农业情报研究部、韩国农业振兴厅图书馆等。

研究所标识为研究所的英文简称AII构成，绿色的部分构成英文“i”上的一点，其他部分为蓝色。

据2017年1月研究所官网显示，研究所举办的文化活动有：纪念“七一”主题党日活动、参观平西抗日战争纪念馆活动、赴延安开展主题党日活动、庆祝建党90周年歌咏会、迎新茶话会、职工扑克牌比赛、职工趣味运动会、羽毛球比赛等。

2011年4月，研究所职工在中国农业科学院2010年度读书征文活动中获得二、三等奖各1项。10月，在农业部“我为党旗添光彩”演讲征文比赛中，获得三等奖1项。

2012年4月，研究所团支部在团委“两优一先”和“青年之友”评选中获中国农业科学院“先进基层团组织”称号。9月，在中国农业科学院第六届职工运动会上获得团体总分第三名。

研究所在2015年5月底至7月初举办的2015年首届中国农科院“跨越杯”青年足球友谊赛上，获得季军。

2021年9月26日，被认定为“2021年度农业农村信息化示范基地”。