研究所设有3类支撑平台，分别是资源类平台（基因工程动物创制平台、感染性疾病实验平台、实验动物质保平台、北方实验动物资源平台、悉生动物资源平台、实验动物手术平台），模型分析平台（实验动物影像分析平台、实验动物病理分析平台、实验动物行为分析平台、实验动物免疫分析平台），药物转化平台（药物临床前评价平台、干细胞临床前评价平台）。

研究所设有传染病模型北京重点实验室、实验动物质量检测中心（卫生部）、国家实验动物质量检测中心、国家中医药管理局人类疾病动物模型三级实验室、国家卫生健康委员会人类疾病比较医学重点实验室。

据2019年4月研究所官网资料显示，研究所共有职工278人，包括高级研究人员50名（包括30位PI和20位高级科学家），研究生48名。

职工中有享受政府特殊津贴5人，卫生部有突出贡献中青年专家1人，“全国三八红旗手”1人，大学本科以上学历65人，45岁以下青年骨干占科技人员总数的70%。

从国内外引进各类专业人才28人。拥有博士生导师6人，硕士生导师12人，自建所以来已培养研究生98人，其中博士生26人，硕士生72人。

特聘院士：夏咸柱。

全国三八红旗手标兵：秦川。

全国优秀科技工作者：秦川。

据2019年4月研究所官网资料显示，研究所建立了无菌兔、无菌小鼠、悉生兔、悉生小鼠的生产群，已形成年供应1000只悉生动物的能力。制备两个品系的无菌小鼠120只，无菌兔5批20只，无菌豚鼠50批70只，无菌大鼠20批225只形成一定规模生产种群。

据2019年4月研究所官网资料显示，研究所已经建立和社会共享的心脏病、高血压、痴呆症、帕金森症等基因工程模型500多种。每年为100个以上的实验室提供基因工程动物资源。是国家主要的基因工程动物品系资源研制和供应基地之一。

据2019年4月研究所官网资料显示，研究所拥有传染病、药物诱导和手术动物模型约170余种，是中国唯一的人类疾病模型动物资源研制和供应基地。每年为200个以上机构提供疾病模型创制服务。建立了一些用于治疗和预防重大传染性疾病的药物和疫苗研发所需要的动物模型，包括艾滋病动物模型、SARS动物模型、高致病性禽流感动物模型、肝炎动物模型等，其中SARS非人灵长类动物模型得到世界卫生组织（WHO）的认可。

2016年，研究所共申报科研项目71项，获批35项，人类疾病动物模型平台项目，获得国家医学与健康创新工程项目资助，建设国家级的疾病动物模型资源平台。《重大传染病动物模型资源库的建立及应用》获教育部科技奖二等奖。

2017年，研究所在研纵向项目共计102项（包括参与外单位项目），获得科研项目经费达到1.5亿左右。其中2017年立项以及中标项目共计32项（包括参与外单位项目），主要包括：科技部重大专项3项，科技部国家重点研发计划4项，国家自然科学基金11项等。

2018年，研究所在研的纵向项目共计92项（包括参与外单位项目），获得的科研项目经费达到5500万元左右。其中2018年中标的项目共计21项。研究所《人类重大传染病动物模型体系的建立及应用》获中华医学会二等奖；《基于CRISPR-Cas9的大鼠精确基因编辑技术体系的建立及应用》获得中国实验动物学会一等奖、北京市科学技术奖。

2016年，研究所共发表SCI期刊论文49篇，总影响因子216，其中影响因子5分以上的17篇。专利新申报3项。

2017年，研究所共发表论文共计71篇。其中SCI文章共计45篇，影响因子共计154。中文核心期刊文章共计29篇。

2018年，研究所共发表论文共计41篇。其中SCI文章共计31篇，影响因子共计210，影响因子5分以上的SCI论文共计17篇，申请专利3项，已授权专利2项。

《中国实验动物学报》创刊于1993年，双月刊，大16开，90页，ISSN 1005-4847，CN 11-2986/Q。是中国科学技术协会主管，中国实验动物学会、中国医学科学院医学实验动物研究所主办的国家级学术刊物。是中国实验动物科学领域唯一的学报级期刊。

期刊为中国知识基础设施工程（CNKI）中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）统计刊源，被《中国学术期刊文摘》、中国科学引文数据库收录收录为源期刊，被《中国生物学文摘》、中国生物学文献数据库、《中国核心期刊（遴选）数据库》收录，《中国科技论文统计源期刊》（中国科技核心期刊）、《中文生物医学期刊文献数据库-CMCC》、《中国生物医学期刊引文数据库-CMCI》、美国化学文摘社期刊收录。

2007年1月获中国科协第四届中国科协期刊优秀学术论文优秀推荐奖证书。2008年12月，推荐的“Cx43基因敲除鼠胚心脏近端流出道组织中Galpha13信号通路基因的差异表达”论文，荣获第六届中国科协科技期刊优秀学术论文三等奖。

《中国比较医学杂志》原名《中国实验动物学杂志》（1991.3～2002年），创刊于1991年3月，月刊，大16开，80页，ISSN 1671-7856，CN 11-4822/R。是中国实验动物学会主办的学术刊物。

杂志先后获国家级火炬计划项目中国科学引文数据库来源期刊证书、国家级火炬计划项目中国学术期刊综合评价数据库来源期刊证书、国家级火炬计划项目国家重点新产品《中国期刊网》《中国学术期刊（光盘版）》全文收录证书，中国知识基础设施工程（CNKI）中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）统计刊源证书。

杂志是《中国生物学文摘》、中国生物学文献数据库、《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国科技论文统计源期刊》（中国科技核心期刊）、《中文生物医学期刊文献数据库-CMCC》、《中国生物医学期刊引文数据库-CMCI》、美国化学文摘社期刊收录期刊。

《动物模型与实验医学（英文）》（Animal Models and Experimental Medicine，AMEM）主管单位是中国科学技术协会，由中国实验动物学会、中国医学科学院医学实验动物研究所共同主办，与国际著名出版集团Wiley合作出版，于2018年3月创刊。

AMEM期刊全文开放获取（Open Access）。2018年7月26日，AMEM正式被国际著名开放存取期刊目录数据库DOAJ（Directory of Open Access Journals）收录。

据2019年4月研究所官网资料显示，研究所在动物学、生理学、细胞生物学、病原生物学、病理学与病理生理学、比较医学等学科招收研究生。

自1985年起先后培养了研究生200名，其中，博士研究生63名，硕士研究生132名，博士后5名。每一位硕士研究生研究经费不少于8万，博士研究生不少于50万。

除国家奖学金之外，研究所还设立了效益津贴、实验室补助、过节补助及保健费补贴等各项津贴，同时免收研究生住宿费及三餐费用，为研究生提供了免费的淋浴、宿舍上网、空调等条件。

研究所所徽主色调为绿色。

所徽主体分为上下两部分，上部分形似鱼头，象征着研究所从事实验动物学的研究方向。

下部分为研究所的英文简称“ILAS”。

所长：秦川

党委副书记兼纪委书记：邓巍

副所长：刘江宁

2022年3月，入选2021-2025年第一批全国科普教育基地。

2022年7月4日，体育总局办公厅公示为2021年全国体育事业突出贡献奖拟表彰对象。