协会有33个团体会员和部分个人会员。团体会员覆盖各主要工程领域全国性的行业协会和专业学会，个人会员包括来自教育部、人社部、住建部、中国科协、中国工程院的相关领导，以及部分高等学校、行业机构和企业的领导和专家。协会理事长由教育部原副部长吴启迪同志担任，副理事长由中国科学技术协会原副主席张勤、中国工程院原副院长谢克昌、教育部高等教育教学评估中心主任吴岩、人力资源和社会保障部专技司副司长李金生等同志担任。协会秘书处挂靠教育部高等教育教学评估中心，评估中心主任吴岩兼任协会秘书长，副主任周爱军同志兼任协会副秘书长。

认证协会致力于，通过开展工程教育专业认证，提高我国工程教育质量，为工程教育改革和发展服务，为工程教育适应政府、行业和社会需求服务，为提升中国工程教育国际竞争力服务。协会建立了国际实质等效的工程教育认证体系，认证工作得到了国际社会的广泛认可。2016年6月，我国正式加入国际上最具影响力的工程教育学位互认协议《华盛顿协议》，通过认证协会认证的工程专业，毕业生学位得到《华盛顿协议》其他组织的认可，极大地提高了我国工程教育的国际影响力。