1998年5月，根据《中国林科院改革与发展总体方案》，森林生态环境研究所和森林保护研究所合并成立中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所。

1999年，根据国家林业局林人发[1999]68号文件，森林生态环境与保护研究所定级为副司局级单位，2005年林人发199号。

2005年，根据中央机构编制委员会办公室批复，中央编办复字[2005]143号文件，森林生态环境与保护研究所正式成为独立法人单位。

2022年9月5日，成为国家林业和草原局森林认证国家创新联盟第一届联盟理事长单位和秘书处所在单位。

2023年4月3日，中国林业科学研究院森林生态环境与自然保护研究所携手无锡太科园（新安街道）大溪港湿地公园共建的江苏省首个“昆虫多样性监测研究科普基地”正式揭牌。

据2017年1月研究所官网显示，研究所共有职工179人，其中离退休职工63人，在职职工116人。在职职工中，有研究员26人，副研究员、高级工程师等42人，中国科学院院士1人，全国政协委员1人，国务院参事1人；78人具有博士学位，12人具有硕士学位。博士生导师19人，硕士生导师44人。

中国科学院院士：蒋有绪

百千万人才工程：肖文发、杨忠岐、刘世荣、张星耀

国家杰出青年科学基金：王贵成、李天生、蒋有绪、杨忠岐

据2017年1月研究所官网显示，研究所拥有2个国家林业局重点实验室、1个国家级台站、6个森林生态定位研究站、7个国家林业局科研平台及其他3个国家级研发和管理中心，建有林业微生物资源平台、自然保护区生物标本标准化整合平台。

国家林业局重点实验室：国家林业局森林生态环境重点实验室、国家林业局森林保护学重点实验室

国家级台站：江西大岗山森林生态系统定位研究站

森林生态定位研究站：湖北秭归定位站、山东昆嵛山定位站、宁夏六盘山定位站、河南宝天曼定位站、海南霸王岭固定样地、新疆库尔德宁森林生物多样性监测大样地

国家林业局科研平台：国家林业局生物防治工程技术研究中心、国家林业局虎保护研究中心、国家林业局有害生物检验鉴定中心、国家林业局生态环境监测总站、国家林业局碳汇计量与研究中心、国家林业局全国野生动植物研究与发展中心、国家林业局森林防火研究中心

其他国家级研发和管理中心：全国鸟类环志中心、中国林业微生物保藏管理中心、环境影响评价中心

据2017年1月研究所官网显示，研究所拥有TRL 总有机碳测定仪、LI-COR 4300S DNA序列与遗传分析系统、ALPHAMOS Heracles 便携式电子鼻等仪器设备。

国家林业局森林生态环境重点实验室还拥有森林生态学研究方面的大量仪器设备合计97台套，仪器原值共计1326余万元，其中，10万元以上的大型仪器设备合计42台套，原值共计1180余万元。实验室配置了光合仪、导水率仪、年轮仪、叶面积仪、冠层仪、水势仪、多通道土壤碳通量自动测定系统、间断化学分析仪以及植物生长培养箱等生态仪器设备；配置了高压液相色谱仪、等离子发射光谱仪、气相色谱仪、光合测定仪、离子色谱仪等大型化学分析精密仪器。

国家林业局森林保护学重点实验室拥有从事森林保护学领域研究的大量仪器设备，共计84台（套），仪器价值1286万元，如气-质联用仪、液-质联用仪、气相色谱仪、高压液相色谱仪、全自动氨基酸分析仪、离子色谱仪及有机化学处理间；原子吸收光谱仪、等离子体发射光谱仪、紫外-可见分光光度仪、全自动凯氏定氮仪、全自动原子荧光光度仪及三个设施齐全的化学与物理处理间；温度梯度PCR仪、普通PCR仪、高端凝胶成像系统、酶标仪、各种高倍体视、倒置、荧光及一般生物显微镜、高压灭菌装置、超速及高速冷冻离 心机、二氧化碳临界点干躁仪、超净工作台、多台植物生长培养箱及设施完备的养虫间和组培间等。

据2017年1月研究所官网显示，研究所建立有植物标本、动物标本、森林昆虫标本和森林病害及线虫标本的标本馆，馆内涵盖森林植物、昆虫、病害、森林鸟类与动物标本。

标本馆新馆收藏腊叶标本约12万份、约212科、1370属，8000多种，以中国的木本植物为主，西南、秦岭和华南地区标本较多。昆虫标本馆有成虫标本22个目、220余科、23.5万号、7700余种；另外，还有模式标本600种、生活史标本243套、幼虫标本3000余种以及植物病害标本16000余份。

“十二五”期间，森环森保所共主持承担395项科研项目，每年新增项目平均保持80项，内容广泛涉及森林生态和森林保护两大研究领域的各个方面，协作机构达20多个省（区）60多家科研单位。五年来，共鉴定验收科研项目76项；制定行业标准9个；获得国家科技进步二等奖1项，省级科技进步一等奖1项，梁希林业科学技术奖一等奖2项、二等奖7项；授权发明专利20项；出版学术著作20余部；发表论文800余篇，其中：SCI论文180多篇；在国际会议上做小组报告42个。编制了《中国森林保与可持续经营标准与指标》、《中国森林可持续经营指南》、《森林生态系统定位观测指标体系》、《森林生态系统定位研究站建设技术要求》等多项林业行业标准。

研究所主持完成的中国森林生态学科第一个国家自然科学基金重大项目——中国森林生态系统结构与功能规律研究，是中国首次运用森林生态长期定位观测的联网资料，对森林生态系统开展的综合性研究。项目成果发展了生态系统生态学的理论与方法，推进了生态系统研究的标准化、规范化和网络化。

研究所完成了中国森林生态系统的碳贮量估算、国家森林碳清单和清洁发展机制下的碳计量方法学研究等。2005研究提出的“CDM退化土地再造林”方法学，是世界上第一个获得CDM执行理事会批准的方法学。

研究所首次在森林类型、区域和全国三个尺度上对比分析了森林水文生态功能特点以及随自然地理、气候与土壤环境以及植被条件变化规律以及生态水文过程耦合机理。

研究所首次全面、系统地完成了三峡库区动植物系统及土壤系统的本底调查，开展了三峡水库对陆生动植物影响监测，主持参与三峡库区生态保护规划及防护林体系建设试验示范。

研究所构建了中大尺度区域动植物濒危程度数量化评价指标体系和珍稀濒危物种快速评估系统，针对中国珍贵、特有、稀有和濒危的动植物，开展了保护、扩繁和可持续利用方面的理论和应用研究。在青海三江源自然保护区，提出了典型珍稀濒危目标物种野生种群及其遗传多样性恢复与保育技术体系；提出了濒危种群核心种质保护技术和解濒技术与方法。

据2017年1月研究所官网显示，研究所累计环志的鸟类达到720种198万余只，位居亚洲之首。对青海湖禽流感疫源地重要候鸟的迁徙动态与预警机制研究。“保护亚洲白鹤及其它迁徙水鸟并建立迁徙地点网络”项目在中国选定了鄱阳湖盆地、扎龙国家级自然保护区等地通过开展合法保护、管理计划、利益相关者参与、能力建设、公众意识项目和替代性产业发展项目等来实现国际重要湿地的保护与管理。还先后开展了崖柏资源调查及扩繁技术研究、濒危植物刺五加调查和保护对策研究等项目。

研究所研究了群落内生态位、种间关系和斑块镶嵌体系，阐明了热带林群落类型分化和群落内物种多样性协同进化关系的形成规律。开展了杨树天然林的人工更新技术、银灰杨有性繁殖技术、盐桦种群的保育与恢复技术以及花楸、银灰杨、大叶冬青、海南粗榧等珍贵物种的扩繁技术等。

研究所按国际标准建立了长期监测样地并开展了树种抗酸试验、污染环境生物的生物化学转化过程及植物修复机理等研究，建立从超积累植物的繁育技术及筛选、合理施肥增加植物生物量技术、施用螯合剂及表面活性剂以增加重金属的植物可利用性的技术等一整套植物修复集成技术体系。

研究所研究了森林草原火灾发生机理、全球气候背景下林火趋势和碳释放、森林植被中的火干扰与火生态、森林火灾卫星监测与损失评价指标体系研究。建立了防火树种数据库、森林火灾中长期趋势分析预测系统。

研究所对泡桐丛枝病植原体染色质和染色质外DNA进行了结构与功能分析，提出了脱毒苗应用为主的病害综合管理策略。率先建立了组织培养与低温长期保藏植原体病原技术、松材线虫活体保藏技术以及微生物菌种长期保藏技术体系。据2017年1月研究所官网显示，菌种保藏中心保藏包括真菌、细菌、病毒、植原体、线虫等生物活体共4100余株。

研究所开展了松材线虫病生态适宜分布格局研究，红脂大小蠹和光肩星天牛生态地理水平的适生区预测和风险预警图式等。对松材线虫病流行规律和防治新途径、线虫重要生防菌生物学、生态学、遗传学特性、规模化生物杀线虫剂生产等研究。引进红脂大小蠹天敌大唼蜡甲，利用释放大唼蜡甲防治红脂大小蠹。解决了花绒寄甲的人工大量繁殖技术，通过林间大量释放花绒寄甲防治松褐天牛、光肩星天牛等。

据2017年1月研究所官网显示，研究所研制出美国白蛾、春尺蠖、舞毒蛾等8种害虫的人工饲料及其室内大量饲养技术，并进行了病毒感染机理和病毒生产研究，研制出了松毛虫等9种害虫病毒杀虫剂的工厂化生产工艺，并进行了林间应用和大量推广，病毒杀虫剂的当代防治效果可达80%以上，持续控制效果可达3年以上。从11个森林立地带24个自然保护区分离出214个Bt菌株，发现79株新的Bt资源，鉴定出20多个对害虫有效的基因。应用辐射不育技术开展了防治松褐天牛的研究。

研究所对气候变化对林业的影响及适应对策的研究，涉及气候变化对森林类型和树种地理分布、森林生产力、木本植物生长发育以及气候变化影响下中国森林树种的经济损益分析等诸多方面，并以此为基础，提出了气候变化影响下的林业适应对策，被国家计委、国家科委和财政部联合认定为 “八五” 国家科技攻关重大科技成果，并于1998年12月获国家科技进步二等奖。

研究所发现了生物防治美国白蛾的重要寄生性天敌——白蛾周氏啮小蜂新属新种，以及其他9个寄生蜂新种，攻克了小蜂人工大量繁殖的技术难关和利用小蜂大面积生物防治美国白蛾的成套技术。项目获2006年度国家科学技术进步二等奖。

据2017年1月研究所官网显示，研究所共主持国家自然科学基金项目73项，总经费2759万元。其中重大项目1项，经费540万，重大项目课题2个，经费300万，专题2个，经费42万；重点项目4个，经费565万，重点项目课题2个，经费15万；重大研究计划项目1个，经费50万；杰出青年基金项目2个，经费160万。

据2017年1月研究所官网显示，研究所主持的973项目1个，经费1218.7万元；973项目课题7个，经费1370万元，973项目专题2个，经费90万元。

据2017年1月研究所官网显示，研究所承担“九五”科技攻关项目课题11个，经费1165万元。“十五”科技攻关项目1项，2560万元；10个课题，经费856万；子课题17个，经费635万元，总经费3753万元（扣除重叠部分）。“十一五”科技支撑项目1项，经费1500万；7个课题，经费4088，专题20个，经费3104万元，子专题14个，经费448万元，经费总计4522万元。

据2017年1月研究所官网显示，研究所拥有国家科技基础条件平台建设项目子项目3个，3529.66万元；国家科技基础条件平台工作重点项目3个，课题3个，经费453万元；科技部基础性工作专项8项，经费1127万元；科技部公益性研究专项重点项目1项，一般项目11项，经费1090万元；科技部林业公益性行业科研专项重点项目课题2个，经费958万元，一般项目6项，经费1224万元。

据2017年1月研究所官网显示，研究所主持948项目37项，经费2339万元。

据2017年1月研究所官网显示，研究所主持863项目4项，经费175万元。

据2017年1月研究所官网显示，研究所承担院基金项目31项，经费55万元，其中重点项目3项，经费17万元。另外，2007-2008年共获得院中央公益型科研院所基本科研业务费专项资金项目11项，经费547万，其中重点项目5项，经费435万元。

据2017年1月研究所官网显示，研究所设有博士后流动站2个、一级学科博士点1个、二级学科博士点3个、一级学科硕士点1个、二级学科硕士点5个。

博士后流动站：林学、生物学

一级学科博士点：生态学

二级学科博士点：森林保护学、野生动植物保护与利用、林业环境与能源工程

一级学科硕士点：生态学

二级学科硕士点：植物学、森林保护学、林业环境与能源工程、野生动植物保护与利用、环境科学

据2017年1月研究所官网显示，研究所每年在所学习的博士和硕士研究生100-120人左右。

研究所拥有以森林生态学、昆虫生态学、动物生态学、森林保护学、野生动植物保护与利用、环境科学、生物化学与分子生物学七个二级学科为主体的学科群，包括植物病原与病害管理、森林病理、昆虫生态与害虫管理、天敌昆虫与生物防治、昆虫病原微生物、森林防火、生态系统长期观测与网络管理、功能生态与野生植物保育、植被与恢复生态、森林生态、森林水文及水土资源管理、环境与污染生态、植物检疫与外来有害生物、气候变化与生态系统管理、鸟类及湿地、自然保护区与生物多样性共16个学科组。

2009年，6名研究生被中国林业科学院研究生院评为优秀研究生，2名研究生被评为优秀研究生干部。2015年，研究所2名博士研究生获得中国林科院研究生国家奖学金、1名硕士研究生获得中国林科院研究生国家奖学金，有22名2014级全日制非定向研究生获得一等学业奖学金。

据2017年1月研究所官网显示，研究所与17个国家、地区和国际组织的著名林业机构建立了合作关系，平均每年接待来所访问、考察和项目合作的国外专家达50人次左右，出访达30人次左右。

研究所标识主色调为右到下，由绿色渐变为蓝色。

上方为研究所英文缩写RIFRRP字样，圆环中央为一颗大树。

据2017年1月研究所官网显示，研究所参加或举办的文化活动有：院趣味运动会、庆祝国际“三八”妇女节活动、“健步走向全面小康”健步走活动、两学一做征文活动、院职工乒乓球比赛、院职工羽毛球比赛、院职工篮球比赛等。

原中国林科院森林生态环境研究所所长：王文芝

原中国林科院森林保护研究所所长：周淑芷