1998 年 ， 基因中心作为中国大陆的参与单位，加入由政府和其它公共资金支持的国际水稻粳稻（ Oryza sativa ssp japonica ）基因组测序计划（ International Rice Genome Sequencing Project ， IRGSP ），承担了第四号染色体的精确测序任务。该项目在国家人类基因组南方研究中心和中科院遗传与发育生物学研究所等单位的协作下顺利完成。

自2007年以来，新一代 DNA 测序方法的诞生和技术逐渐成熟为大规模发现和利用水稻遗传资源开辟了有效的新途径。 基因中心及时利用高通量分析新技术，率先开发了高通量基因型鉴定的方法。这种新方法集低时耗、高性价比、高密度和高精度等众多优点于一身。采用这一方法完成了一组籼、粳稻重组自交系的基因型鉴定，与广泛应用的分子标记相比，新方法在速度上加快了 20 倍，在精度上提高了 35 倍。分析这种高分辨的遗传重组图谱直接将控制株高的著名 “ 绿色革命 ” 基因精确定位到了 100kb 的范围内。