20世纪50年代初期，地理研究所分为南京、北京两部分，南京是地理研究所，北京是中华地理志编辑部和地理研究所北京工作站。中华地理志编辑部于1952年秋成立，办公地位于东城区干面胡同。1953年10月，中华地理志编辑部根据院部要求于迁入中关村，成为中国科学院在中关村的第一批研究机构，也是中关村的第一批居民，人员不到二十。

1956年8月，经中国科学院院务会议讨论并经国务院同意，大地测量组独立成为测量制图研究室，任命方俊为主任，1957年迁往武汉，1958年改名为中国科学院武汉测量制图研究所。

1958年国务院决定，地理研究所南京部分迁京集中，11月，地理研究所正式由南京迁到北京西郊中关村生物楼，当时全所100余人。第一副所长、代理所长黄秉维，党委书记李秉枢。部分人员留南京另行组建中国科学院南京地理研究所（后改为中国科学院南京地理与湖泊研究所）。

1964年4～5月间，地理研究所由中关村迁到北京市朝阳区大屯路甲3号917大楼办公。1963年，地理研究所协助西南分院筹建地理研究所西南地理研究室，1965年经国家科学技术委员会批准，由地理研究所自然地理、地貌、经济地理、地图等方面的部分研究人员调整到成都，与西南地理研究室合并组建了“中国科学院地理研究所西南分所”（后独立为“中国科学院成都地理研究所”，90年代改名为“中国科学院成都山地灾害与环境研究所”），同年以地理研究所沙漠和冰川冻土方面的研究力量为基础，成立了“中国科学院兰州沙漠、冰川冻土研究所”（后分别建立“中国科学院兰州沙漠研究所”和“中国科学院兰州冰川冻土研究所”，现合并为“中国科学院寒区旱区环境与工程研究所”）。

1972年中国科学院自然资源综合考察委员会并入地理研究所，1975年又从地理研究所分出。

1978年以航空像片判读利用研究室和地图研究室制图自动化组为基础成立“地理研究所二部”，1979年底经国务院批准地理研究所二部独立，成立“中国科学院遥感应用研究所”。1986年地理研究所改由中国科学院和国家计划委员会双重领导。1997年2月，地理研究所不再实行中国科学院、国家计划委员会双重领导，完全由中国科学院领导。

中华人民共和国成立后，国家最早组织的科学考察始于1951年，即西藏工作队对西藏的自然条件、自然资源及社会人文等进行了考察研究。1952年与1953年，广东省与中国科学院组织了华南热带亚热带生物资源综合科学考察队。1953年中国科学院会同黄河水利委员会及其他有关部门在黄河中游地区进行了调查研究。1955年，由中国科学院组织院内外数十个单位的十多个专业，正式组建了黄河中游水土保持综合科学考察队。同年，还组建了中苏合作云南紫胶工作队。1955年4月为了更好地组织领导中国综合科学考察工作，中国科学院成立“综合调查工作委员会”。1955年6月2日，郭沫若院长正式提出中国科学院将成立“综合科学考察工作委员会”，以适应全院日益繁重的综合科学考察任务。1955年7月，成立“综合调查委员会”，领导综合性的资源调查研究工作。1955年11月，在中国科学院报送国务院陈毅副总理《关于调整和改善科学院院部直属机构的请示报告》中，提出了“拟成立综合科学考察工作委员会，协助院长、院务会议统一领导此项综合科学考察工作”的建议。1955年12月，经国务院批准，中国科学院成立“综合科学考察工作委员会”，竺可桢兼任主任。至1957年底中国科学院已有7个考察队同时开展工作，即新疆综合科学考察队、盐湖调查队、黄河中游水土保持考察队、黑龙江流域综合科学考察队、红水河生物资源综合科学考察队、云南热带生物资源综合科学考察队和土壤队。

1957年制定的自然资源综合考察委员会的任务范围：（1）明确通过国家计划委员会接受国家的任务，由国家计委与中国科学院双重领导；（2）主要工作是从国家远景计划出发，进行科学的综合科学考察，收集自然条件、自然资源、社会经济情况等资料，综合成自然区划、经济区划，包括农（林牧）业区划，并提出合理配置生产力的方案。在积累各地区资料的基础上配合有关方面进行全国性的各种区划工作和全面的综合。

1966年，“文革”期间，科学考察工作基本停顿。经国务院批准，1972年自然资源综合考察委员会撤销，除部分人员分散到院内各研究所及省市单位外，大部分人员对口合并到中国科学院地理研究所。1974年12月，中国科学院决定恢复自然资源综合考察委员会：机构名称为“中国科学院综合科学考察组（简称综考组）”，主要任务是：根据中央的统一计划，组织、协调自然资源（农、林、牧、水等）的综合科学考察。并指出筹建新机构，要切实贯彻“精兵简政”、“精简机构”的原则，综考组暂定编制不超过160人。1980年8月，自然资源综合考察委员会报请中国科学院改名为“中国科学院自然资源综合研究委员会”。1980年9月经国务院批准，在自然资源综合考察委员会能源研究室的基础上，建立由国家经委、中国科学院共管的能源研究所（后改为国家发改委能源研究所）。

1982年11月，中国科学院、国家计划委员会发出《关于对中国科学院自然资源综合考察委员会实行双重领导的通知》。1998年1月1日起，自然资源综合考察委员会不再由中国科学院和国家计划委员会双重领导，完全由中国科学院领导。

1999年9月，经中国科学院批准，中国科学院地理研究所和自然资源综合考察委员会整合成中国科学院地理科学与资源研究所，并纳入中国科学院知识创新工程建设体系。

2018年10月，被评为全国中小学生研学实践教育基地。

2024年8月，中国科学院地理资源所地理标志研究中心成立。

截至2021年底，中国科学院地理科学与资源研究所共有在编职工669人，包括“两院”院士12人，发展中国家科学院院士4人，欧洲科学院院士1人，研究员及正高级专业技术人员183人，副研究员及副高级专业技术人员296人。

中国科学院院士（专职）：孙鸿烈、刘昌明、石玉林、郑度、陆大道、周成虎、崔鹏、于贵瑞

中国工程院院士（专职）：孙九林

国家杰出青年基金获得者：邵明安、崔鹏、康跃虎、周成虎、张林秀、于贵瑞、陈同斌、葛全胜、黄河清、岳天祥、刘卫东、赵艳、王训明、邓祥征、汤秋鸿、兰恒星、裴韬、郭庆军、张扬建、牛书丽、葛咏、吴朝阳、高扬、王姣娥、廖晓勇

国家优秀青年基金获得者：秦承志、卢宏玮、吴朝阳、王姣娥、马泽清、陈明星、高扬、唐荣林、刘小莽、杨宇、贾小旭、刘文彬、付晓莉、刘玉洁、陈智、寇亮、王江浩、孙思奥

截至2022年6月，中国科学院地理科学与资源研究所科研系统由7个实验室、3个台站组成（包括1个国家重点实验室、5个院重点实验室和1个所重点实验室），并设有1个综合分析中心和6个专业实验室构成的所级公共技术服务中心。拥有4个国家野外科学观测研究站、3个中国科学院生态系统研究网络（CERN）野外站。建成中国物候观测网、中国陆地生态系统通量观测研究网络（ChinaFLUX）和水循环实验网络3个全国性观测研究网络，共同构成了研究所野外观测研究平台。建成完整的数据共享平台，拥有2个国家数据中心。

国家重点实验室：资源与环境信息系统国家重点实验室

国家级数据中心：国家地球系统科学数据中心、国家生态科学数据中心

国家野外科学观测研究站：禹城综合试验站、拉萨高原生态试验站、千烟洲地球关键带与地表通量观测研究站、西藏那曲高寒草地生态系统野外科学观测研究站

中国科学院重点实验室：陆地表层格局与模拟院重点实验室、区域可持续发展分析与模拟院重点实验室、生态系统网络观测与模拟院重点实验室、陆地水循环及地表过程院重点实验室、资源利用与环境修复所重点实验室

中国科学院地理科学与资源研究所重点实验室：院黄河三角洲现代农业工程实验室

综合试验台站：禹城综合试验站、拉萨高原生态综合试验站、千烟洲生态试验站

中国科学院生态系统研究网络（CERN）野外站：禹城站、拉萨站、千烟洲站

全国性观测研究网络：中国物候观测网、中国陆地生态系统通量观测研究网络（ChinaFLUX）和同位素观测网

截至2020年底，中国科学院地理科学与资源研究所的实体馆藏总量93.63万册（件），形成了基本覆盖地理科学、资源科学、环境科学、生态学等学科，包含丰富文献类型和载体形式的综合性馆藏体系。按照书刊、图件和数据三大资料类型，以资料类别-学科系列化层级方式建设、管理与维护。各类资料依据学科领域划分为二百多个系列。其中一些特色馆藏规模已排在中国国内图书馆前列，如全国、省级、省会城市、地县统计年鉴（5600册），县级以上新版方志（7800册），全国水文资料（6100册）。除中外文书刊外，读者可使用的文献资源还包括上世纪50年代以来本所或所外科研机构未公开发表的研究成果、阶段报告、野外科学考察报告、实验数据、专业会议资料、内部期刊等（61036册）；古籍资料15989册；本所博、硕士论文3286篇；外文图册500多本；民国资料600册（件）；缩微资料1500种。拥有AGU、Elsevier、Nature、OUP、PNAS、Proquest、Science、SPIE、Springer、Wiley、中国知网、超星百链、超星读秀、维普等各类数据库94个；电子图书460万册；中国国内学位论文16万篇；该所电子版学位论文4001篇；自建全文数据库等各类特色数据库5种，完成数字化资源200万页。

截至2022年6月，中国科学院地理科学与资源研究所设有国际地圈生物圈计划中国全国委员会秘书处、国际全球环境变化人文因素计划中国国家委员会秘书处、全球碳计划亚洲区域办公室、全球土地计划北京节点办公室和国际生态系统管理伙伴计划等13个国际组织或科学计划的相关分支机构。

据2023年3月研究所官网显示，该所历年举办的国际会议有：中德城市与区域可持续发展国际研讨会、“第三次过去全球变化——亚洲两千年气候重建”国际研讨会、森林联盟之关键带生物地化循环及地下生态学联网研究2014国际研讨会、“中国超大城市健康风险”国际会议、气候变化与适应性水管理国际研讨会等。

截至2021年底，地理资源所新争取各类项目563项，其中主持国家重点研发计划/科技基础资源调查专项项目3项、课题10项，新疆三次科考项目2项、课题13项；获批国家自然科学基金96项（面上34项，青年26项，外青3项，创新研究群体1项，杰青1项，优青2项，重点基金4项，联合基金重点支持项目1项，碳中和专项项目3项，组织间国际合作项目3项）；新增先导A类专项项目2项、课题10项，院重点部署项目1项，院STS项目2项，院科研仪器设备研制项目1项。主持在研的重大项目包括：国家重点研发计划/科技基础资源调查专项项目32项，课题97项；国家重大科技专项课题1项；第二次青藏高原综合科学考察研究任务2项、专题13项；第三次新疆综合科学考察研究任务2项、专题18项；基金重点项目20项，重大项目课题8项，杰青5项，优青10项，创新群体1项，仪器研制项目1项；院先导专项项目8项，课题38项；院新疆特别专项项目2项；院重点部署项目2项；STS计划项目3项。

2021年，地理资源所发表论文合计2979篇，其中SCI/SSCI论文1938篇。出版著作（地图集）68部，完成各类规划17项、标准7项，获各类授权专利242件，登记计算机软件著作权132件。共有11份咨询报告与建议得到中国共产党和中国国家领导人批示。

2022年5月30日，由中国科学院地球化学研究所作为牵头单位，联合中国科学院地理科学与资源研究所等多家单位组成的中国科学家团队研制完成的世界首幅1:250万月球全月地质图，在线发表在国际综合性期刊《Science Bulletin》上。

2023年5月27日，由中国科学院青藏高原研究所、地理科学与资源研究所领衔完成的《人类活动对青藏高原生态环境影响的科学评估》对外发布。

2021年，地理资源所获省部级以上科技奖励19项。其中，作为第一完成单位获得中共中央、国务院颁发的全国脱贫攻坚先进集体表彰1项，获得中国科学院科技促进发展奖1项，省部级特等奖1项，省部级一等奖1项，省部级二等奖1项，作为第二完成单位获省部级一等奖2项，二等奖4项，三等奖1项。

截至2023年4月，地理资源所主办的刊物有《地理学报》（中、英文版）、《地理研究》、《地理科学进展》、《自然资源学报》、《资源科学》、《地球信息科学》、《资源与生态学报》（英文版）、《全球变化数据学报》（中英文版）、《全球变化数据仓储（电子刊）》（中英文）、《中国生态旅游》等12种学术期刊，以及《中国国家地理》、《博物》和《中华遗产》3种科普杂志。

2018年3月，科睿唯安发布了基本科学指标数据库（Essential Science Indicators，以下简称“ESI”）数据。据统计，中国科学院地理科学与资源研究所有5个学科进入ESI全球排名前1%行列，位居中国科学院院属单位前列。5个学科分别是“地球科学”“环境科学与生态”“农业科学”“社会科学”及“工程学”。

截至2022年6月，中国科学院地理科学与资源研究所设有2个一级学科博士研究生培养点、2个二级学科博士研究生培养点、8个学术硕士研究生培养点，3个专业硕士培养点。2个博士后科研流动站。

博士后科研流动站：地理学、生态学（含自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、自然资源学4个二级学科）

一级学科博士研究生培养点：地理学、生态学

二级学科博士研究生培养点：环境科学、区域经济学

学术硕士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、自然资源学、气象学、生态学、环境科学、区域经济学

专业硕士培养点：农业管理（农业硕士）、农业工程信息技术（农业硕士）、资源与环境（工程硕士）

截至2022年6月，中国科学院地理科学与资源研究所共有在读研究生1019人（博士生705人、硕士生314人，其中外国留学生37人），在站博士后216人。

2018年12月20日，江西师范大学与中国科学院地理科学与资源研究所战略合作框架协议签署仪式在北京举行。

2019年1月10日，中国科学院地理科学与资源研究所与中国地质大学（武汉）深化战略合作座谈会及战略合作协议签署仪式在武汉市举行。

2020年7月19日，中国科学院地理科学与资源研究所、江西省水利科学研究院、共青城市人民政府签订框架协议，三方在共青城市共建无人机遥感应用科技创新基地。

整个徽标呈正圆形。圆的外层上半部为中文“中国科学院地理科学与资源研究所”，对应的下半部为英文“INSTITUTE OF GEOGRAPHIC SCIENCES AND NATURAL RESOURCES RESEARCH，CAS”（中国科学院地理科学与资源研究所）。图案中心以旋转的“G”、“地球”、“绿叶”等为主要元素，象征地质学（GEOGRAPHIC）和自然资源学（NATURAL RESOURCES），象征两大一级学科的紧密结合。

求是精神

关于“求是”的涵义，竺可桢曾作过多次阐述，他在《求是精神与牺牲精神》的演讲中说：“所谓求是，不仅限为埋头读书或是实验室做实验。求是的路径，中庸说得最好，就是‘博学之、审问之、慎思之、明辨之、笃行之。’单是博学审问还不够，必须审思熟虑，自出心裁，独著只眼，来研辨是非得失。既能把是非得失了然于心，然后尽吾力以行之，诸葛武侯所谓‘鞠躬尽瘁，死而后已’，成败利钝，非所逆睹。”他所倡导的求是精神就是科学精神、牺牲精神、革命精神、奋斗精神和开拓创新精神。

该所自2003年起成立研究生会，组织开展了形式多样的活动，如一年一度的新年联欢晚会，公益宣传日活动、趣味运动会、登山比赛等，丰富了研究生的业余生活。该所于2005年创建了“全国地理学研究生联合会”（简称地研联），该社团着力于搭建全国地理学及相关领域研究生的学术交流平台，发展了理事单位50多个，覆盖全国地理学相关领域的高校和研究机构，是全国地理科学领域具有较大影响力的研究生学术团体。

2023年5月，被设立为“文化和旅游研究基地（2023—2025年）”。