1989年8月，根据该所要求，决定对该所实行中国科学院和中华人民共和国水利部的双重领导，改名为“中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所”并一直使用至今。

1999年底，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所被认定为资源环境基地型研究所。

2002年4月，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所进入中国科学院知识创新试点工程序列。

2006年初，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所进入中国科学院知识创新工程三期。

2015年4月，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所进入中国科学院“率先行动”计划特色研究所建设首批试点。

2018年8月，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所通过验收正式运行。

截至2022年12月，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所拥有在职职工283人。其中科技人员166人，科技支撑人员59人，包括研究员及正高级工程技术人员61人，副研究员及高级工程技术人员84人。有中国科学院院士1人、国家杰出青年科学基金获得者2人、国家优秀青年科学基金获得者2人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人、国家人才计划入选者4人、全国“求是杰出青年成果转化奖”获得者1人；中国科学院杰出科技成就奖团队1个，中国科学院青促会优秀会员3人、中国科学院人才计划入选者11人，中国科学院关键技术类人才7人；四川省人才计划入选者13人，四川省学术和技术带头人7人，另有国务院政府特贴专家、四川省有突出贡献优秀专家等荣誉称号获得者9人，博士后在站47人。

中国科学院院士（专职）：崔鹏

国家杰出青年科学基金获得者：崔鹏、王根绪、陈晓清

国家优秀青年科学基金获得者：欧阳朝军、赵伟

据2023年10月研究所官网数据，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所拥有4个研究学科单元，设有2个关键支撑平台，建立了3个国家重点野外台站和其他6个院所级台站构构成的长江上游、西藏高原环境灾害与生态安全观测平台，参与共建国家工程实验室1个，参与共建国家测绘局工程技术中心1个。

中国科学院重点实验室：中国科学院山地灾害与地表过程重点实验室、中国科学院山地表生过程与生态调控重点实验室

国家重点野外台站：中国科学院东川泥石流观测研究站、中国科学院贡嘎山高山生态系统观测试验站、中国科学院盐亭紫色土农业生态试验站

所级野外观测台站：元谋干热河谷沟蚀崩塌观测研究站、万州典型区生态环境监测重点站、三峡库区水土保持与环境研究站、申扎高寒草原与湿地生态系统试验站、波密地质灾害观测研究站、王朗山地生态遥感综合观测试验站

国家工程实验室：陆地交通地质灾害防治技术国家工程实验室

据2023年10月公共技术中心官网数据，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所公共技术中心拥有实验室面积6867m2

据2023年10月科技信息与传播中心官网数据，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所图书馆馆舍面积600平方米，阅览座位30多个，除常规阅览设施外，还配有电子阅览设施，并配备了复印、打印等服务设施；拥有可利用的中外全文和文摘各类数据库达50多个，电子图书11万多册，电子期刊3万多份，学位论文90万篇，外文专利4200万条。

2018年4月23日，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所与四川省地质工程勘察院签署战略合作协议。

2019年4月11日，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所与中国人与生物圈国家委员会签署战略合作协议。

2020年6月24日，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所与重庆交通大学签署产学研战略合作协议。

2023年4月26日，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所与南江县政府签署协议，共建南江县（光雾山）研究生科学教学实习实践基地。

2022年3月，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所入选2021-2025年第一批全国科普教育基地。

在山地灾害领域，对泥石流、滑坡等山地灾害形成演化机理、危险性评价、灾害防治与预警等领域进行了深入持续研究。创立了泥石流学科，建立了较为完善的野外观测和室内模拟相结合的科学研究体系。提出了山区线性工程（公路、铁路、油汽管道等）、城镇和大型水利工程减灾防灾技术体系。完成了百余处泥石流滑坡防治示范样板工程，并在西藏干线公路、龙羊峡水电站、二滩水库、三峡库区、南水北调、西汽东输、西油东输、九寨沟和汶川灾区恢复重建等重大工程灾害防治方面得到成功应用。

在山地环境领域，围绕三峡工程、长江上游生态建设、西藏国家生态屏障等国家重大生态工程，在山地环境退化与坡地侵蚀机理、退化环境恢复重建、山地生态系统良性循环的调控模式等领域取得重要突破。建立了大型水利工程环境评价体系、长江上游防护林生态工程体系、流域生态功能评价方法与体系、生态脆弱区生态恢复模式、坡面水土流失与面源污染控制试验示范。

在山区发展领域，围绕山区资源环境承载能力和山区面临的挑战、山区发展战略思路等方面进行了深入研究，对中国山区的战略目标定位、产业战略定位、空间发展定位进行了深入剖析，提出了中国山区发展分类指导、因地制宜，生态建设对策和综合协调推进等战略。

据2023年10月研究所官网数据，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所围绕山地灾害、山地环境和山区发展三大领域，开展了长期的观测、实验、理论研究、技术开发与工程示范，完成了千余项国家和地方重大科研项目，解决了国家在山区建设和社会发展中的环境灾害与工程安全的重大科学问题，百余项科研成果得到国家和省部委科技奖励。

《山地学报》是以弘扬山地科学为传播目标的多学科综合性学术刊物。学报创立于1983年（原名《山地研究》，1998年改为现名），由中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所和中国地理学会联合主办。是《中文核心期刊目录总览》（中国知网、中国学术期刊网和北京大学图书馆期刊工作研究会）、《中国科技核心期刊》（科技部中国科学技术信息研究所）、《中国科学引文数据库（CSCD）核心库》（中国科学院文献情报中心、《中国核心期刊（遴选）数据库》（北京万方数据股份有限公司）、《国家哲学社会科学学术期刊数据库》（中国社会科学院）等自然与社会科学评论体系来源和入选期刊，被GeoRef Preview Database、JSTChina等国外数据库收录。

《Journal of Mountain Science》（山地科学学报，简称JMS）是专门报道山地科学研究的国际性全英文期刊，由中国科学院主管，中国科学院成都山地灾害与环境研究所主办，科学出版社和Springer出版发行。于2004年创刊，2007年起被SCI收录，是全世界专门关注山地研究并被SCI收录的5种学术期刊之一。

据2023年10月研究所官网数据，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所是1981年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一。拥有4个一级学科学术型博士培养点、4个一级学科学术型硕士培养点、5个二级学科学术型博士培养点、6个二级学科学术型硕士培养点、2个专业型领域硕士培养点，并设有1个博士后科研流动站。

博士后科研流动站：地理学

一级学科学术型博士培养点：地理学、生态学、土木工程、农业资源与环境

一级学科学术型硕士培养点：地理学、生态学、土木工程、农业资源与环境

二级学科学术型博士培养点：自然地理学、人文地理学、生态学、土壤学、岩土工程

二级学科学术型硕士培养点：自然地理学、人文地理学、生态学、土壤学、岩土工程、地图学与地理信息系统

专业型领域硕士培养点：环境工程、土木工程

据2023年10月研究所官网数据，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所培养了共计900余名硕士、博士研究生，10余名国际学生，博士就业以高校、科研院所、政府部门和其它事业单位为主，硕士就业以设计院、政府部门、科研院所、大型国企等为主。

中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所所徽整体呈园形，园润而又有亲和力。中间构图由“Mountain”的首字母“M”变形而成，似“山”形，既是意义上的“山地”，又形似“山地”“M”的延长部分代表平原，巧妙地表现了山地与平原、高地与低地的构架特征，以及研究所致力于山地灾害、山地环境与山区发展研究的事业主体。所用绿色象征自然、生态、环保；外环由形似“日”“月”的图形符号构成，亦是字母“I”的巧妙变形，与中间象征山川的“M”共同组成研究所的识别符号。日月山川交相辉映，既寓意地域上的广袤，又喻指成都山地所事业的永恒、研究领域的宽阔，以及实施可持续发展战略的特质。所用蓝色象征科学、创新。

2023年7月16至22日，由中国科学技术协会、中华人民共和国教育部主办，中国科学院、水利部成都山地灾害与环境研究所承办的2023年青少年高校科学营山地科学专题营举办。