努尔哈赤认为家丑外扬也有失体统，并未予追究。阿巴亥与代善相好，无非是想依靠大阿哥在家族中的政治地位，给三个小儿子铺开以后的生路。与此同时，她也留有一先告发说大福晋送食物给代善和四贝勒皇太极吃，皇太极心机深沉，他接受而未食但代善接受而食之；

小福晋德因泽和阿济根又告发说大福晋经常深夜出宫到代善家去；还告发说举行聚会时，大福晋精心打扮和代善眉来眼去。

努尔哈赤派人调查属实，但由于家丑不可外扬，即以私藏金银的罪名而将阿巴亥“离弃”。后世有人认为，德因泽和阿济根告发是受到皇太极的指使，以达到排挤代善，打击乌喇那拉氏的目的。

总之，阿巴亥带着儿子过了一年多被休弃的日子，住在小木屋里自己煮饭吃。

关于私藏金银，她为了给亲生儿女奠定经济基础，暗下把家中的银两、绸缎、首饰及古玩等物，分别藏匿在大儿子阿济格和乌拉城娘家家中。努尔哈赤先是派大臣额尔德尼等四人抄了阿济格的家，后又到乌拉城抄了娘家，索回了全部私藏财物。为了惩罚，努尔哈赤给阿巴亥制定了约法三章：一是不准她再与任何人来往，二是不准她听信谗言，三是与她隔房。

阿巴亥失宠，告发有功的庶妃德因泽和阿济根的地位迅速上升。然而，阿巴亥毕竟是阿巴亥，史书记载她“嫉妒、有机变”并非空穴来风，努尔哈赤占领辽阳之后，立即做出了一个重要决定，就是召回离异了一年的阿巴亥，将其重新立为大福晋。由此可见，努尔哈赤仍旧对她有留念，他需要她为自己的事业助阵。

阿巴亥复位后，历史上关于众福晋活动的笔墨也开始出现。努尔哈赤的女人们逐渐从闺阁走上政殿，从京城走向野外，她们不再是帝王的附庸，开始有组织地从事一些政务，比如出席东京城的奠基典礼，奔赴广宁前线慰问，随大汗为垦地开边出行等，这一切与众妃之首阿巴亥的作用息息相关。

后金天命十一年（1626年）正月，68岁的努尔哈赤亲率13万大军攻打由明朝重将袁崇焕镇守的宁远城（今辽宁省兴城市），因身受重伤，大败而归。伤势稍好后，又亲率大军出征蒙古，半个月后胜利回师，不久因病势加重住在清河温泉处疗养。努尔哈赤自知大限已到，命人去请大福晋阿巴亥乘船由太子河顺流而下，到浑河见面。几天后，努尔哈赤因毒疮突然发作，医治无效，与世长辞。

但接下来缤纷缭绕、瞬息万变的时局，就不是阿巴亥这样一位势单力薄的女人可以左右的了。努尔哈赤尸骨未寒，年仅35岁的皇太极就抓住时机，乘乱率几位大贝勒闯入阿巴亥的后宫，传达所谓的“帝遗言”，强迫阿巴亥从先帝之命而殉葬。皇太极再清楚不过，治死阿巴亥，既可以牵制代善，又可以控制她的三个儿子。阿巴亥坚决不从，但又如何能够抵挡住膨胀到极限的图谋继位的野心。

阿巴亥当时37岁，正值盛年，她的三个儿子：阿济格22岁已经成年、多尔衮只有15岁、多铎13岁。出于对尘世的留恋和对爱子的牵挂，阿巴亥百般支吾，希望事情能有转机。但诸王寸步不让，阿巴亥在被逼无奈、山穷水尽的情况下，自缢殉死。《太祖武皇帝实录》较为详细地记述了阿巴亥被逼殉死的情景：

“后饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。留之恐后为国乱，预遗言于诸王曰：“俟吾终，必令之殉。”诸王以帝遗言告后，后支吾不从。诸王曰：“先帝有命，虽欲不从，不可得也。”后遂服礼衣，尽以珠宝饰之，哀谓诸王曰：“吾自十二岁事先帝，丰衣美食，已二十六年，吾不忍离，故相从于地下。吾二子多尔衮、多铎，当恩养之。”诸王泣而对曰：“二幼弟，吾等若无恩养，是忘父也。岂有不恩养之理！”于是，后于十二日辛亥辰时自尽，寿三十七，乃与帝同柩。”

天命十一年（1626年）八月十二日辰时，阿巴亥自尽而死。

皇太极即皇帝位以后，于崇德元年（1636年）追谥其生母孟古为“孝慈昭宪纯德真顺承天育圣武皇后”，并将神牌供放于太庙内。孟古是努尔哈赤的大妃，是皇帝的生母，皇太极这样做，无可厚非。但阿巴亥同样是努尔哈赤的大妃，与孟古哲哲地位相同，却没有被追谥为皇后，也没有设神牌，显然是被有意贬低。

1650年8月，重权在身的多尔衮为生母阿巴亥追封为“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”之号，一并将牌位放置在太庙之中，算是为冤死的母亲昭雪。然而，仅仅四个月过后，多尔衮因病逝去，顺治皇帝废阿巴亥封号，其神牌也从太庙撤出，从此修史者不再提及有关阿巴亥。

《太祖高皇帝实录》：饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。

《清史稿· 列传一·后妃 》记载：

大妃，纳喇氏，乌喇贝勒满泰女。岁辛丑，归太祖，年十二。孝慈皇后崩，立为大妃。天命十一年七月，太祖有疾，浴于汤泉。八月，疾大渐，乘舟自太子河还，召大妃出迎，入浑河。庚戌，舟次叆鸡堡，上崩。辛亥，大妃殉焉，年三十七。同殉者，二庶妃。妃子三：阿济格、多尔衮、多铎。顺治初，多尔衮摄政，七年，上谥孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后，祔太庙。八年，多尔衮得罪，罢谥，出庙。

《星源集庆》记载：

大妃，乌喇纳喇氏，满泰贝勒之女，庚寅年生，辛丑年来归，癸卯年立为大妃，天命十一年丙寅八月十一日太祖遗命以殉，十二日薨，年三十七岁，顺治七年八月追谥孝烈武皇后，升祔太庙，八年二月因摄政王获罪夺谥号庙享。

关于多尔衮生母阿巴亥的死，在清朝的官修史书中就有不同说法。

在成书最早的《清太祖武皇帝实录》中，阿巴亥被描绘成容貌艳丽，却心怀嫉妒的人，因此屡屡引起努尔哈赤不悦。努尔哈赤令她殉死。在努尔哈赤死后，代善、皇太极等告诉阿巴亥，按照父亲遗言，她必须自尽。阿巴亥只有37岁，丰姿绰约，正值盛年。基于对人生的留恋和对爱子的牵挂，她不愿殉死。代善、皇太极坚持必须遵从先帝遗命。阿巴亥被逼无奈随即在辰时（早晨7—9时）自尽。但这种有意丑化阿巴亥的说法，似乎有些牵强，因而有研究者推测，这部编写于清太宗时代的《实录》企图隐瞒历史上的某些真相。

根据朝鲜史籍《春坡堂日月录》记载，努尔哈赤临终时，曾遗命由幼子多尔衮继承汗位，代善为摄政。但努尔哈赤死后，代善支持皇太极登基。为确保多尔衮母亲不加反对，必须逼迫其自尽。此后，关于多尔衮生母的记载，在清朝官修史书《实录》中几经修改。

清朝入关后，顺治帝福临年幼，多尔衮总摄朝政，权势达到顶点，他追谥其母为“孝烈武皇后”，并配享太庙。他还命令编写本朝历史的史官，从《实录》中删除不利于其母的记载。然而，一旦多尔衮逝世，在诸王罗致他的诸多“罪状”中，就包括篡改历史、使其母配享太庙。随即，“孝烈武皇后”的谥号被追夺，并重新恢复了《实录》中已被删除的有关阿巴亥的内容。最后，在乾隆年间编纂的《清太祖实录》的最后定本中，关于阿巴亥的死，做了新的解释。