1458年左右，乔瓦尼出席了两名刺客的女儿保拉的审判，而当时她被控告杀了一名城市卫兵。乔瓦尼用自卫进行辩护，并赢得了官司。后来，保拉也加入了刺客组织，而她的妹妹安内塔成为了奥迪托雷家族的家仆。

除了自己家族的国际银行外，他还在洛伦佐忙于政务时帮他照顾美第奇家族银行。而乔瓦尼最终也向洛伦佐透露了自己作为刺客的真实身份，并背着自己的孩子为洛伦佐完成了好几项任务。1476年，乔瓦尼在佛罗伦萨的一条小巷中跟踪到了意大利圣殿骑士的最高大师罗德里戈·波吉亚。

乔瓦尼设法杀死了他的几个护卫，并在罗德里戈逃走之后生擒了最后一个护卫。他接着把这名护卫交给了现任正义旗手乌贝托·阿尔贝蒂来进行审讯。

追杀罗德里戈·波吉亚

而那名护卫在严刑逼供下，吐露出米兰公爵加莱亚佐·马里亚·斯福尔扎将会被圣殿骑士所杀害，而乔瓦尼也很快被派去米兰去阻止此事发生。尽管他还是没能及时赶到救下公爵，但他还是和公爵的护卫们一同杀掉了其他的行刺者，除了有两人逃脱。

在其他的杀手都死掉后，乔瓦尼搜查了其中一人乔瓦尼·安德烈亚·兰普尼亚尼的尸体，并发现了一枚印有威尼斯飞狮图案的钱币，他在认出之后就立马赶往威尼斯去了。

乔瓦尼抵达了威尼斯之后，便潜入了圣马可教堂并窃听到了隔间一群人的对话。他们分别是马可·巴尔巴里戈以及西尔维奥·巴尔巴里戈，他们接着派出了一名信使，带着他们的信件前往罗马交给他们的主人。

乔瓦尼前去追捕信使，并最终在一个偏僻的角落现身攻击。经过一段激烈的战斗之后，乔瓦尼制服了信使，用袖剑抵着他的喉咙。然而这名信使拒绝回答他的问题，并用袖剑自己刺穿了喉咙自杀，让乔瓦尼很沮丧，而他之后发现信上有着巴尔巴里戈家族的戳印。在这之后，乔瓦尼回到了佛罗伦萨，并将信件交给了洛伦佐，然后他们发现信件被加密了。

当晚，乔瓦尼被叫去与洛伦佐以及乌贝托商谈。在离开之前，玛丽亚提醒他说他们的儿子艾吉奥正在干草堆后偷看着他们，并开始怀疑为什么乔瓦尼作为一名银行家经常要在晚上离家。乔瓦尼承诺说他之后会找机会和儿子交流，接着便离开了。

乌贝托到达会场后，谎称安东尼奥·马费伊神父没能解密信件，并称乔瓦尼唯一能知晓内容的方式就是重新将信件递送到罗马。乔瓦尼同意了这一方法，并拿着信件的附件前往了罗马。

到达罗马后，他将信件送达，并一路跟踪信件的去向，并追踪到了罗德里戈·波吉亚处。乔瓦尼接着跟踪罗德里戈进入了圣伯多禄大殿，而罗德里戈早已在此等候多时。罗德里戈表示了他对刺客技艺的高度欣赏，并主动提出要他加入圣殿骑士组织，而这也他就能有机会对“新世界”的实现贡献自己的力量。

乔瓦尼果断拒绝了，而此时罗德里戈的亲信们现身出来，与乔瓦尼交战。尽管乔瓦尼只身迎敌，但他还是打败了他们，随即他被罗德里戈扔出的一把飞刀刺中胸膛重伤，而罗德里戈抓住机会逃跑了。

回到家后，乔瓦尼的妻子为他处理伤口。在这段时间，他像妻子说他担心对米兰公爵的刺杀是一个更大的阴谋的开端。然而他还没来得及继续说下去的时候，他的长子费代里科进来警告说马费伊神父带着一群武装卫兵过来了。乔瓦尼让他的儿子拖延卫兵，而自己从壁炉中的秘密通道溜了出去。

被背叛和牺牲

“你就是那个叛徒，乌贝托——你是他们中的一员！你今天可以夺取我们的性命，但我发誓我们会血债血还！我们会——”

―乔瓦尼未尽的遗言

一段时间之后，乔瓦尼发现了弗朗切斯科·德·帕齐涉嫌谋杀的证据，于是他让乌贝托·阿尔贝蒂逮捕了他。结果，弗朗切斯科的儿子维耶里与他的儿子艾吉奥结下了仇，展开了激烈的争斗。

1476年艾吉奥与维耶里在老桥的那次街头斗殴之后，乔瓦尼训诫了儿子的不当行为，但同时也承认这让他想起了年轻时的自己。他随后让艾吉奥帮他为洛伦佐送一封信，结果惊讶地得知洛伦佐刚刚离开城市。尽管事情有些超出预料，他还是让艾吉奥去递送了更多的信件，并让他从领主广场附近的鸽笼中取一封信。

然而就在艾吉奥外出的时候，乌贝托派出的武装卫兵突然开到了奥迪托雷宅邸。最后乔瓦尼和其他两个儿子被逮捕，并被监禁在了领主宫的高塔之中。

不久之后，得知消息的艾吉奥设法爬上了钟楼，见到了乔瓦尼，而父亲告诉儿子让他进入藏在壁炉后面密室，并驱除箱子中的事物，将其中证明家族无罪的证据交给乌贝托。艾吉奥照做了，并在当晚将证据送到了乌贝托处。

可是第二天，乔瓦尼震惊地发现乌贝托和罗德里戈·波吉亚在一块，并且乌贝托否认他收到过任何证据。之后，乔瓦尼和他的儿子们以叛国罪被处以死刑。艾吉奥在刑台下目睹了这一惨行，他惊恐万分，大喊乌贝托在撒谎，但还是没能阻止父亲兄弟被绞死。

几个小时后，乔瓦尼的尸体将被处理在亚诺河中，而艾吉奥及时赶来设法收回了他父亲和兄弟的尸体，并将他们放在船上火葬漂流，为他们举行了一个正式而简短的葬礼。

“我亲爱的儿子，黑暗正降临到佛罗伦萨的天空，时间已经不多了。敌人比我想象的更接近，现在，最终的战役很快就要开始了。人皆有一死，每条生命最终都会走向终结，但总有事物不会被改变。费代里科，艾吉奥，我的孩子，你们永远要记得：我们是佛罗伦萨的奥迪托雷家族，我们是刺客。”

―乔瓦尼·奥迪托雷

尽管乔瓦尼已经牺牲，但他的言行对他幸存的家庭成员，特别是艾吉奥·奥迪托雷产生着深远持久的影响。

处于对类似变故的准备，乔瓦尼安排了他的家仆安内塔将他的妻女带到她姐姐的处所，而她们会安全留在那里。而安内塔的姐姐，乔瓦尼之前从法庭上解救下来并让她加入了刺客组织的交际花保拉，为艾吉奥提供了一些融入的基础性训练，并教给他一些必要的技能来让他在离开城市之前去对乌贝托·阿尔贝蒂复仇。

当艾吉奥抵达蒙特里久尼后，他的叔叔马里奥惊讶的发现乔瓦尼从来没有告诉艾吉奥任何有关他们此刻血统的事情，或者乔瓦尼自己作为刺客的身份。尽管如此，艾吉奥还是很快接受了事实，并发誓要接过父亲未竟的事业，包括寻找剩下的手札，以及向波吉亚以及他的圣殿骑士盟友们复仇。

1503年8月，乔瓦尼的另一个活下来的孩子克劳迪娅·奥迪托雷也加入了刺客组织，而他的儿子艾吉奥则晋升成为了意大利刺客兄弟会的导师。

1510年，艾吉奥发现了乔瓦尼在1458年的一封书信，其中提到了阿泰尔图书馆，于是艾吉奥开始了他的求知之旅，并最终来到了马斯亚夫。

“总有一天，人们会停止相互欺骗，到那一天，我们才能够看到人类的智慧和能力到达了怎样的境界。”

―乔瓦尼·奥迪托雷

乔瓦尼和兄弟马里奥一同从小接受刺客的训练。尽管两人受到相同的教育，但他们还是因为生活方式的意识形态上的分歧而分道扬镳。

接受过银行业指导的乔瓦尼，更想过上平静的生活，而马里奥啧更多付诸行动。这样的不同点最终让兄弟俩在某种程度上互相断开了联系；以至于到了1476年艾吉奥抵达蒙特里久尼的时候，都还不知道他的叔叔具体是个什么人。

这样的分歧同样影响了乔瓦尼抚养孩子的方式，孩子们都不明确知晓他们自己身上具有的先祖传承；然而，尽管孩子们并没有知晓他自己的真实身份，但乔瓦尼还是允许一些其他人知道此事，相信他们会守密。其中乔瓦尼在的有雇佣兵、交际花以及盗贼公会都有联系人，而他们也知道刺客的名字，这说明他们之间也有着相互的信任。

尽管乔瓦尼没有对孩子们透露真相， 他还是为他们的刺客生涯作了准备。到他死前一段时间，他已经用刺客的方式开始训练他的长子费代里科，同时也准备开始对艾吉奥进行训练了。虽说乔瓦尼是一个严厉的家长，但他还是尝尝对孩子们表现出自己的喜爱之情。又是也会从孩子们的胡闹中看到自己年轻时代的影子。

乔瓦尼是一个熟练的战士，仅仅用一把袖剑、一把剑、一把短刀以及至少两把飞刀武装自己就能让自己能够在战斗中一对多不落下风。他也是一个出色的自由奔跑者，他的孩子亦是如此。他在追踪目标时经常会使用这种技能。

在《刺客信条：兄弟会》中，乔瓦尼使用过并传给艾吉奥的那套袖剑护腕，在蒙特利久尼陷落之后被替换掉了，之后再也没有出现。可是，在现代，戴斯蒙德·迈尔斯却得到了一个几乎一模一样的袖剑护腕。