九州地方环境事务所直辖；对马自然保护官事务所、佐贺自然保护官事务所、五岛自然保护官事务所、云仙自然保护官事务所、天草自然保护官事务所、海老自然保护官事务所、鹿儿岛自然保护官事务所、屋久岛自然保护官事务所；

福冈事务所；

阿苏自然环境事务所辖：苦汁自然保护官事务所；

那霸自然环境事务所辖：奄美自然保护官事务所、九重自然保护官事务所、冲绳南部自然保护官事务所、石垣自然保护官事务所、西表自然保护官事务所。