亨利一世·德·波旁是路易一世·德·波旁和埃莱奥诺尔·德·鲁瓦的长子。亨利的父母一共育有八名子女，但只有亨利和弟弟孔蒂亲王弗朗索瓦·德·波旁留有后嗣。当亨利的父亲在雅纳克战役中去世后，亨利的伯母纳瓦拉女王胡安娜三世便将亨利和自己的儿子，未来的法国国王亨利四世一起引荐给加斯帕尔·德·科利尼。

在1569年10月3日的蒙孔图尔战役中，面部受伤的亨利被迫撤退。亨利参加了其堂弟，未来的法国国王亨利四世的婚礼。而随后发生的圣巴托洛缪大屠杀也使很可能会面临死亡或无期徒刑的亨利被迫皈依天主教。在逃离巴黎的过程中，亨利遇见了泰奥多尔·贝扎并且与其同行。

1573年，胡格诺派在法国南部取得了一定的政治利益，亨利也因此被任命为“总督和保护者”。不久，当《博利厄敕令》颁布后，他又被恢复为皮卡第的行政长官。在第六次宗教战争中，亨利指挥军队占领了耶尔布鲁阿日，并允许英国人支援胡格诺派。而且，由于天主教徒反对亨利在皮卡第的统治，愤怒的他在1579年11月占领了拉费尔镇，引发了第七次宗教战争。1585年在法国西部作战时遭失败。1587年10月20日在库特拉战役中负伤，1588年3月在圣让当热利去世（可能为其妻夏洛特·凯瑟琳·德·拉特雷穆瓦耶毒杀）。