她是内韦尔和雷特尔公爵弗朗索瓦一世·德·克莱夫和玛格丽特·德·波旁-旺多姆的女儿。通过母亲，她是纳瓦拉国王 恩里克三世（后来的法国国王亨利四世）和孔代亲王的表妹。

六岁时，母亲于1559年10月20日去世，她被置于舅舅波旁红衣主教的监护之下，但她的教育却被托付给了她的 姑婶们，尤其是纳瓦拉女王胡安娜三世（安托万·德·波旁的妻子，未来法国国王亨利四世的母亲）。她用加尔文教养育了她，并计划将她嫁给她的表兄孔代亲王亨利一世·德·波旁，一个沉默寡言、严谨的年轻人。

1572年3月，玛丽发现了法国宫廷。在那里，她与她的两位天主教姐姐重逢：吉斯公爵夫人卡特琳和内韦尔和雷特尔女公爵亨利埃特。

1564年至1566年，她从她的兄弟雅克·德·内韦尔公爵那里继承了博福尔、艾尔斯、若古、香槟区南部（奥布）的朱利领地：所有的领地都传给了她的女儿卡特琳，然后在1595年传给了她的妹妹吉斯公爵夫人卡特琳。