上一次执政时期中的各种恶相在这时又重现了。而且由于伊萨博的奢侈生活更加恶劣，她还不断提高税收。

同时查理的弟弟奥尔良公爵路易一世提出对王位的要求。因此从1400年开始，在法国宫廷里出现了两个派别：奥尔良派支持路易当国王，而执政会议则希望勃艮第家族上台。

双方无法达成协议。1407年，奥尔良公爵遇刺身亡，使得这场冲突达到第一个高潮。阴谋的幕后是新一任勃艮第公爵无畏的约翰，但是因为王后伊萨博的支持，没有人能够惩办他。伊萨博在这段时间里因为丈夫查理六世的病情恶化而获得了更大的权力。

尽管奥尔良被谋杀了，但是两派之间的争端仍然没有得到解决。奥尔良的儿子夏尔一世继续要求王位。由于此派中阿马尼亚克伯爵伯尔纳七世的影响最大，很快就改名为阿马尼亚克，以强调阿马尼亚克对奥尔良的衷心。

1410年，法国全境爆发了阿马尼亚克派-勃艮第派内战。1413年，阿马尼亚克派占上风。

整个法国王家被带到巴黎。伊萨博被要求进修道院来反悔她奢侈淫荡的生活。但是伊萨博顽固反抗，不肯当修女。她因此被紧密看押在巴黎。这是在她一生中首次不能对查理六世施加直接影响。

1415年，英格兰国王亨利五世宣布法国违反《布莱特尼条约》，因此该条约无效。亨利要求所有法国省份都应该归英格兰管辖。由于法国内战使它国力大衰，因此亨利这个时机选得非常好。1415年8月，英军开入法国。

奥尔良公爵夏尔一世聚集了所有效忠于他的骑士和贵族抵挡英格兰人。1415年10月25日，双方在阿金库尔战役中爆发决战。英军以少胜多，大多数参战法国贵族阵亡或者被俘处死。

这次战役使得本来就已经被削弱的法国丧失了其行政、管理国家的大多数贵族。查理虽然一时身免，但是仍被英格兰人俘虏带出法国。这样一来阿马尼亚克派就丧失了他们最重要的领导人。勃艮第党觉得这是东山再起的机会，因此与英格兰联盟对抗法国。

最初瓦卢瓦王家和伊萨博所待的巴黎没有受到战火的影响，但是家里的两名长子均早夭。因此1417年幼子，后来的查理七世被授予法国王太子的称号。

伊萨博依然与勃艮第的约翰联盟，也试图阻止自己的儿子当国王。母子两人的关系一向不好，当时14岁的王太子几乎每天都指责自己的母亲生活放荡不羁。最后查理七世下令把自己的母亲从宫廷放逐到图尔，继续严加看管。

1418年，勃艮第党人攻入巴黎，对阿曼涅克党人进行大屠杀。查理六世没有遇害，但是他的儿子王太子查理七世在最后关头才得以逃出巴黎，逃往图尔。

约翰把伊萨博放出来，让她重返巴黎，好让她继续影响查理六世。

1419年，查理七世令人刺杀约翰。约翰的儿子菲利普三世成为勃艮第公爵。但是菲利普不想当法国国王，他争取的是一个自由和独立的勃艮第。

1420年，伊萨博宣扬说查理七世不能登上法国王位，因为他不是查理六世的合法儿子。由于她的丈夫神志不清，因此无法控告她，而作为勃艮第的同盟者没有人敢告她，因此她大胆地宣布她自己的儿子是个私生子。这样一来母子两人之间的争执更加激化，伊萨博正式否认自己的儿子的合法王权。此外她还逼迫她的丈夫查理六世签署《特鲁瓦条约》。

1420年5月21日，查理六世与亨利五世签署了《特鲁瓦条约》。根据这个条约，亨利五世拥有继承法国王位的权利。为了保障这个权力，查理的女儿瓦卢瓦的凯瑟琳嫁给亨利。

但是1422年亨利五世就死了，两个月后查理六世也去世。伊萨博没有联盟者，怕阿曼涅克党的报复，逃到勃艮第避难去了。1435年9月，她在那里逝世。