1949年南充解放，伍非百被委任为川北行署委员，并兼任由川北文学院和川北农工学院合并而成的川北大学（今西华师范大学和四川师范大学前身）的校务委员会副主任委员。1953年任四川省图书馆馆长，并先后担任过省政府委员，省人民代表、省政协委员、中国国民党革命委员会四川省委常委等职，1957年被错误处理，改聘为四川省文史馆研究员。1965年3月，因患脑溢血逝世。1976年以后，落实政策，平反纠正。

伍非百素好诸子之学，尤喜墨家，但读《墨经》上下，深苦其艰深，遂发愿校释，久之有得，更泛及名家盲，欲以复古名家一派，将《墨辩》作系统整理。于1914年即开始整理《墨子经》上下，《经说》上下，历5年方成书。初名《墨子辩经解》，后改名为《墨经解故》。于1922年(民国11年)由北京中国大学晨光社出版后，颇受学术界重视。廖季平、谢无量等名家均为之作序，伍亦因此而成名。1928年至1925年，张澜创办成都大学，任校长，伍非百被聘为该校教授。。至1932年，他又先后写成了《大小取章句分》、《尹文子略注》、《公孙龙子发微》、《苟子正名解》、《齐物论新议》、《形名杂篇》，合前著《墨子辩经解》，总称《中国古名家言》。伍非百一生，悉心研究“诸子”。他的《墨经解故》，写成之后，廖季平称：“伍君非百笃志于古，作《墨经解故》，于旧说之外，多所发明，虽宗旨不必同予，考其义例得未曾有，洵前贤畏后生矣。”梁启超也在《近三百年学术史清代学者整理旧学之总成绩》的第三章中说；“伍非百著《墨经解故》，从哲学科学上树一新观察点，将全部《墨经》为有系统之组织．”评价极高。但1924年他又收回版权，重新校订，1926年石印100多部寄赠全国务大学及名家，征求意见。他的《中国古名家言》，在1932年就大致完成了。其中，除《墨经解故》外，《大小取章句》1937年在《论学》杂志上发表过。《公孙龙子发微》初稿，大半为陈柱1937年出版的《公孙龙子集解》所采录。他也因此而享有墨学专家的盛誉。之后，他数次修改，1949年才自费石印，分送全国文史名家，如郭沫若、侯外卢、朱光潜、贺麟、蒙文通、魏时珍等，更广泛地征求意见。1962年他修订好书稿正式交中华书局出版后，他的修改工作仍没有停止，1980年，中华书局将稿子转中国社会科学出版社出版时，社会科学出版社同时又得到他那以后不断修改的另一个稿本。他真是“乐此不倦”“锲而不舍”(汤炳正语)。这本书“可以说中国古名家之学，主要是名辩——逻辑之学大备于此了。前人没有这样做过。今人有系统研究名家的，但如此规模宏大的校勘、注释也没有做过”。这本书“不仅以逻辑学的观点说名家，而且说法家、墨家、道家、儒家，不限于以法说法，以墨说墨，以道说庄，以儒说苟，突破了历来的陋见，故能多有创见。”(《中国古名家言》1981年版《出版说明》)著名学者沈有鼎在《序》中也讲：“这本书是对古代中国逻辑史的巨大贡献”。又说：“作者以锐敏的眼光，紧紧抓住了逻辑学和其他学问所以不同的特点，因此能不囿于俗见，对古书时有创新的见解。”

伍非百还著有《东维子文集校注》、《铁崖古乐府校注》和诗文多篇(首)，尚待出版。

伍非百一生，敢于仗义执言。1923年，军阀何光烈欲征“佃当捐”，召集各县代表会议，他作为蓬安代表出席。在会上他支持群众及学生代表斥责何光烈说：“当此国难之际，或英雄，或奸贼，或流芳百世，或遗臭万年，何去何从，由你选择！”四座闻盲，皆为震惊。会议逼何取消了“佃当捐”，并立约声明，以后凡须征收捐税，均须经自治筹备会会议决议方能办理。在南京期间，一次他回南充，见老百姓生活痛苦，心情不安，曾向政府上书直陈其事。他对贫弱一向同情。他在南京任教时，凡流离南京的南充、蓬安人，都给予接济。他的妻子常说：“他的薪水有三分之二用于“疏”(仗义疏财)和“书”(买书)。抗战胜利后，他创办的川北文学院，专为清贫学生设立了讲学金。院中多进步师生，中共地下党组织领导的“今天社”、“活火”等组织十分活跃。他配合他们对渗入校内的恶霸、政棍进行了驱逐和清洗。他还常说；“我们决不能允许恶霸与市侩来左右我们的学校。”当时，该学院多被视为进步学校。