新国成立后，百废待兴，各州县望风归附。作为开国皇帝，朱元璋讲求廉正清明，律法严明：丞相杨宪（王明智饰演）为其侄儿乡试作弊，被朱元璋当场抓获，将杨宪斩首示众；大臣李善长（姜华饰演）侄儿收授贿赂，朱元璋责令剥皮实草，警示众人；朱元璋亲侄儿朱文正（王俊人饰演）卖官买官，私设家奴，朱元璋大义灭亲，要儿女引以为戒。他恢复乡试，唯才是举，减免赋税，惩治贪官，微服私访，并亲自躬耕于田亩，一时被百姓拥戴为青天。

然而，朱元璋的好色贪婪也随着皇袍加身而急剧膨胀。他开始大选秀女，充实后宫。他强占皇后丫鬟金菊（赵婉亦饰演），离散妻妹郭惠（边萧萧饰演）和恋人蓝玉（李翰均饰演）的爱情，才女楚方玉（邓英饰演）女扮男装参加乡试，中得头名状元，朱元璋并不念当年楚方玉的救命之恩，贪其美色，强娶豪夺，最后逼迫楚方玉以死抗争。尽管嫔妃众多，朱元璋却深感皇后马秀英贤德，对她十分尊重，当听到街头百姓以灯谜辱骂皇后时，他一怒之下居然杀掉了全街百姓。

打下江山后，朱元璋并没有高枕无忧，他时时感到宫廷四处危机四伏，君臣之斗、权利之争犹如离弦之箭，一触即发。陈友谅皇后达兰（卡迪琳娜饰演）被朱元璋霸占，腹中怀有陈友谅骨肉，生下遗腹子潭王朱梓后，发誓夺回江山，为陈友谅报仇，于是拉拢大臣胡惟庸（侯天来饰演），企图使朱元璋废太子立潭王；被朱元璋识破后，达兰一不做二不休，利用万寿节对朱元璋行刺；皇觉寺和尚如悟仇恨朱元璋割掉了自己的舌头，对朱元璋进行疯狂地报复；大臣胡惟庸趁朱元璋对自己信任之际，设计陷害忠良，建立朋党，扩大羽翼，将朱元璋以前的仇人纷纷拉拢到其手下，以期抢夺帝权；大将军蓝玉驻守边关，手握兵权，居功自傲，和朱元璋妃子私通，妄想叛乱朝廷。

朱元璋砸碎了苏坦妹墓前的“罪己碑”，设立锦衣卫，大兴文字狱，完完全全把皇权的威望和凶残显示得淋漓尽致。胡惟庸以家中古井喷酒为由，想趁机杀害朱元璋，朱元璋令六路羽林军包围胡惟庸府邸，将胡惟庸捉拿归案，胡惟庸及党羽3万余人全部被斩首；大将军蓝玉预谋谋反，朱元璋先下手为强，将其逮获，五马分尸，并将牵连的党羽一万多人全部杀戮。多疑和恐惧使朱元璋大开杀戒，他几乎杀绝了开国元勋和功臣，在维护自己用血汗打下的大明江山的同时，他也感到了一份拥有皇权却是”高处不胜寒“的孤独。

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在该剧中，“朱元璋登基大典”、“水乡灯会”等大戏场面栩栩如生、气势磅礴。除了众多历史事件之外，该剧还在一些细节上下功夫，通过一些“新编故事”带给观众耳目一新的感觉，使朱元璋的形象更加丰满。（扬州晚报评）

该剧播出后，遭到历史研究者炮轰，《明朝那些事儿》的作者当年明月称看了《传奇皇帝朱元璋》前两集就挑出不少毛病，如开头并没有描述幼年朱元璋的场景，剧中有很多的重要历史人物在史书上找不到原型等。当时明月认为发挥是应该以史实为基础的，电视剧应该按照真实的人性去描绘历史、描绘历史人物。（新浪娱乐评）

该剧开播前被寄予厚望，而播出后仅两天就有大批观众表达对史实过量篡改及演员表演空洞乏味的不满，剧中设置的太多感情线索，保证了长度，却冲淡了主题。许多观众纷纷表示，该剧的人物塑造过于主观，是最大的败笔。朱元璋的感情纠葛过多、而马皇后却小女人味道十足、胡大海简直成了头脑简单的“愣头青，角色很令人失望。一些观众表示，该剧多处情节与史实严重不符，甚至包括一些观众耳熟能详的事。如该剧第一集中，与朱元璋相遇之后又送朱元璋“高筑墙、广积粮、缓称王”九字箴言的恩师“佛性”历史上并无此人，而上述九字箴言是出自朱元璋的谋士朱升；该剧颠倒了史实中一些人物的利害关系，如历史上杨宪和刘伯温是非常紧密的政治伙伴，而在该剧中刘伯温却成了朱元璋杀杨宪的帮凶之一。该剧号称为描写朱元璋政治生涯的历史正剧，却没有从朱重八小时候父母双亡，被迫靠乞讨为生的经历演起。次要人物方面的细节“弱智至极”，一些低级错误也让观众摸不到头脑。该剧播出仅4集，引发的争议就足以令央视及《传奇皇帝朱元璋》剧组汗颜。该剧集中统一了多部历史正剧的通病：正剧不正，戏说过多。通篇的多角恋、后宫淫乱等剧情冲淡了朱元璋戎马一生的赫赫战功和各种名将的形象渲染。该剧存在着各种不足，戏说味道过浓，剧情胡编乱造，而且贻害后人，未能达到观众希望看到的逼真的史实、对历史人物的贴近感，和对青少年的历史教育启蒙。（沈阳晚报评）