何尔健少有大志，博览群书，通宵不辍。及长，文如万顷波涛，吞吐云梦。1589年(明万历十七年)中进士。初为鄢陵(属河南)县令。是时黄河决口，百姓流离失所，尔健单骑裹粮，遍历灾乡，百计赈济，4个月不返官署，面目黧黑，形容枯槁。另外，他还捐俸修建学校，兴办教育，鄢陵一时大治。1594年(明万历二十二年)奉诏入京，任监察御史。首次在台省议论政事，当时政坛矛盾尖锐，互相诋毁。他义正辞严，切中时弊，很快平息了相互攻击，加强了内部和顺。

何尔健任总理宣大军务时，体察民情，为民众排忧解难。1600年(明万历二十八年)，畿南蝗灾、旱灾。赤地千里，百姓生活无所依托。尔健巡按于此，多次上奏朝廷，请求免除赋税，并发官仓数百万石赈济百姓。同时建议：“国家在临德、天津粮仓，于粮食价格贱时，高价收买粮食；在粮食价格上涨时，低价销售粮食，以稳定粮价。并减免鱼苇、马匹交易的税收，停止矿产税收。”这些建议的实施，得到广大民众的拥戴，对缓解矛盾，安定社会起了一定的作用。