1953年，晋升为讲师。同年，经陈章等介绍参加了九三学社。

1956年，任无线电基础教研组主任兼系主任助理，协助系主任陈章、副系主任陆钟祚处理日常系务。

1961年，成为南京工学院无线电系首批研究生指导教师。

1981年，晋升为教授，同年经国务院学位委员会评审批准为博士生导师。

1987年，在美国费城访问宾州大学。

1988年，南京工学院复更名为东南大学后，何振亚任东南大学信号与信息处理研究中心主任，他是东南大学信号与信息处理国家重点学科的创始人，首位博士生导师和学科带头人，博士后流动站专家组组长。

1989年6月，访问德国斯图加特大学；9月，访问英国北爱尔兰贝尔法斯特女王大学。

1994年6月，访问澳大利亚国立大学、墨尔本大学、悉尼大学，介绍了自适应滤波和谱估计的快速算法；7—9月，访问加拿大康迪戈大学。

1995年5—7月，访问美国普渡大学。

1997年9—10月，访问香港城市大学。

2000年，访问新加坡国立大学和南洋理工大学、越南国立大学和海防事大学。

2001年，访问日本的东京大学、东京工业大学、早稻田大学、新泻工科大学、新泻大学、京都大学、会津大学、日本脑科学研究所。

2002年5月，访问夏威夷大学。

2010年10月10日20时30分，因病逝世，享年88岁。

何振亚长期以来系统而深入地研究了自适应信号处理的理论与应用，从一维到多维，从线性到非线性、从经典自适应到神经智能自适应，提出了一系列的新理论和新技术，从而形成了自己独特的理论体系。何振亚取得一系列创造性理论研究成果，如首次解决了RLS自适应滤波理论中数值长期稳定性和二维SAR模型参数递归最小二乘估计这两个国际难题，提出了神经、混沌、模拟和进化计算以及信息科学集成的神经计算科学理论新构架。他领导的12所高校112位教授学者开展的神经网络攀登项目研究，取得了多项创新性的和突破性的成果，达到国际先进水平，并受到国际同行学者的推重。

据2021年10月东南大学信息科学与工程学院网站显示，何振亚出版著作15种，发表论文600余篇，先后在各种国际会议上发表论文230余篇。

1992年，何振亚主持由清华大学、北京大学、东南大学、南开大学、天津大学、复旦大学、上海交通大学、华南理工大学等12所重点大学的112位教授和博士研究生参加的“神经网络理论与应用基础问题”的研究项目，取得了许多重要的创新成果，其中不少是具有突破性的。

据2021年10月东南大学信息科学与工程学院网站显示，何振亚承担国家级项目30余项。

据2021年10月东南大学信息科学与工程学院网站显示，何振亚获国家、部省级奖逾20项。

1986年—2004年，何振亚在日本、美国、英国、加拿大、澳大利亚等国家的许多城市召开的历届电气与电子工程师协会国际声学、语言及信号处理会议（IEEE ICASSP），还连续参加了在世界各地召开的电气与电子工程师协会国际电络与系统会议（IEEE ISCAS）。

1989年11月，何振亚在广州召开了第一届全国信号处理与神经网络学术会议（即理论与方法研讨会与CAS学会信号处理学术会议的首次联合会议），推动了中国神经网络研究的发展。

1991年，何振亚以程序委员会主席在南京召开了第二届全国神经网络与信号处理学术会议，会上正式成立了中国神经网络委员会，电气与电子工程师协会神经网络学会主席R.C.Eberhart莅会祝贺。

1992年，何振亚参加了在马里兰召开的电气与电子工程师协会计算智能世界大会（IEEE WCCI）。

1993年，何振亚以程序委员会主席、大会联合主席在广州召开了国际神经网络与信号处理会议。

1995年，何振亚出席美国Seattle召开的电气与电子工程师协会国际电络与系统会议（IEEE ISCAS）第95届国际学术会议，会议主席向出席会议的2000余位教授介绍了他的先进业绩。同年，他以大会主席在南京召开了国际神经网络与信号处理会议，并邀请国际权威学者R.W.Liu（刘瑞文）和M.N.Swamy联合担任大会主席，S.Y.Kung（贡三元）担任程序委员会主席，W.K.Chen（陈惠开）担任顾问委员会主席，参加会议的外国学者逾百人。

1997年，何振亚在东南大学主持召开了中国神经网络学术会议与第五届全国神经网络与信号处理学术会议，编辑出版论文集（精装）三本，推动了科学前沿领域的发展，派生并引发了许多新的领域。

1997年—1999年，何振亚参加了在新西兰、香港和韩国召开的电气与电子工程师协会亚太区会议（IEEE TENCON）三届国际会议。

1998年，何振亚参加了在阿拉斯加召开的电气与电子工程师协会计算智能世界大会（IEEE WCCI）。

2000年，何振亚参加了香港召开的智能数据工程与自动化学习国际会议（IDEAL），担任大会研讨会主席。

2002年，何振亚出席夏威夷召开的包含国际神经网络会议的世界计算智能大会（WCCI’02）。

2003年11月，何振亚在南京主持召开了IEEE国际神经网络与信号处理会议，参加会议的海外教授学者逾百人，两大本会议论文集的400余篇论文，全部被科技会议录索引（ISTP）收录。

2004年，何振亚参加了在美国Atlanta召开IEEE ICRW国际会议与在香港召开的IEEE ISIMP国际会议。

据2021年10月东南大学信息科学与工程学院网站显示，何振亚为国家培养大批高水准人才，其中博士后20名，博士50名，硕士65名。他的许多学生已担任院士、大学校长、长江学者特聘教授、博士生导师、教授、院长、系主任，其中还有承担国家重要工程项目研究的人员，已当选为院士的有刘盛纲，倪光南，张乃通，李幼平，李德毅，孙忠良等。

1953年起，何振亚主讲“无线电基础”课程，他经常是每学期讲授两门课程，每年指导毕业设计5～8人，经常是同时讲两个大班（每个大班学生约130人）的“无线电基础”课，一个大班的“脉冲技术”课。每周上课18学时，还亲自批改各个大班中一个小班的作业、实验指导和辅导答疑，即使劳累得引发气管炎而咯血时他也坚持边咯边讲课，从不耽误上课。

1981年起，何振亚先后为研究生讲授过“网络理论”、“振荡理论”、“数字信号处理”、“图像数字处理”、“模式识别”、“多维数字信号处理”及“自适应信号处理”等课程。

何振亚无论上新课或老课，总是认真备课，自编讲义，精写教案，以致把全部内容吃透到滚瓜烂熟的程度。他从不带书本和讲稿上课堂，一支粉笔在手，边讲边写，严谨流畅，诱导生动，包括冗长的数学公式推导，电路图、波形图的分析，都是信手写来，思络清晰，声音宏亮，板书清整，全体学生在惊赞之余鸦雀无声，全神贯注地边听边记，课堂效率很高，受到历届受业学生的崇敬，同时以此身教言传，大大激励了学生对课程内容精益求精、力求融会贯通的学习积极性。

何振亚培养研究生，以自适应信号处理的理论与应用为研究方向，并侧重于基础性研究，以使学生能获得知识创新。他提出“苦思冥想、连续作战”八字箴言，鼓励学生“不怕困难、勇攀高峰”；宣讲为人要以“忍、让、诚、和”为准则，十分重视素质教育。

何振亚在南京、昆明和承德等地举办过新课讲习班：1983年南京办班，主要为高校教师讲授其当年出版的新著《数字信号处理的理论与应用》，以“模式识别”课程引导数字信号处理方法的应用；1984年昆明办班，主要为航天部高级技术人员知识更新而开设，也有部分高校教师参加；1986年承德办班，则同时讲授了“数字信号处理”、“随机信号处理”、“数字图像处理”三门课程，为全国培养许多不同学科的教师掌握数字信号处理技术，促使他们更好从事信息处理教学和承担国家科研项目奠定必要的基础；2002年4月和2003年10月何振亚在东南大学两次办班，讲授他当年出版的第15本专著《自适应信号处理》，由于后面一次是在主办国际会议后紧接开办的，有美国、新加坡、香港特区等的高校多位教师参加了培训。

何振亚响应国家教委、国家教育部关于重视高校学科建设中学科骨干教师和学术带头人的培训的号召，据2021年10月东南大学教育基金会网站显示，何振亚先后举办了4次高级研讨班，得到了“四高”的佳评，即高水平讲员、高学历学员、高新科技内容、高教学效益。

1956年，何振亚协助组织南京工学院无线电系教师开展教学改革，推出变苏联以设备为纲的课程体系为科技为纲的课程体系。继而按教改新方案自编讲义开出“脉冲技术”新课。

何振亚的夫人是王孝书。

何振亚是中国数字信号处理领域的开拓者和奠基人之一，对发展中国类脑智能信息处理系统有很大的贡献。五十余年如一日，何振亚始终在国立南京大学工学院辛勤耕耘，研教育才。何振亚素有“四多教授”的美称，即著作多、论文多、获奖多、培养的高层次人才多。何振亚教授是中国大陆地区仅有的四位国际电气电子工程院终身院士之一，还是唯一一位在北京之外的IEEE终身院士。何振亚先生是无线电工程系早期教学体系的主要开拓者，他桃李天下，为发展中国的电子信息科学辛勤奔波。他生命不息，战斗不止。何振亚先生的逝世，是中国电子信息科学及教育事业的重大损失。（东南大学信息科学与工程学院评）

2009年11月16日，何振亚和王孝书从自己的积蓄中拿出人民币12万元，在东南大学无线电工程系设置“何振亚、王孝书奖学金”，每年以利息奖励无线电系信号与信息处理专业学习刻苦成绩优秀的研究生。

2011年9月16日，遵照何振亚先生的遗愿，王孝书女士将何振亚一生的著述30册和藏书300余册捐赠给东南大学图书馆。