余瀛鳌在“辨病”“辨证” 方面，提出了“通治方” 的创新思路。据2023年9月中国中医科学院网站数据，余瀛鳌采用“主方主证”与“通治”治疗方法，先后创制了针对肝病、肾病、癫痫等66种疾病的75首通治效方。

截至2022年8月，余瀛鳌已发表论文300余篇，编纂《新安医籍丛刊》《历代中医名著精华丛书》《中医古籍临床新用丛书》《中国古籍珍本提要》《宋以前医方选》《中医通治方精选》《中医文献辞典》等医著100余种。

据2023年9月中国中医科学院网站数据，余瀛鳌已获得全国科学大会奖、国家科技进步奖等奖项。

余瀛鳌倡导文献研究要“学以致用”，开创了中医临床文献学科，构建了中医临床文献学的学术内涵、研究方法与研究范畴。

20世纪80年代，余瀛鳌和马继兴一起主办了两届全国中医文献进修班，培养了80余名中医文献专家，其中已有多名成为中医医史文献领域的中流砥柱。

余瀛鳌作为中医药专家学术经验传承“博士后”导师，截至2012年2月，已指导培养硕士、博士生30余名，如中国中医科学院中医药信息研究所古籍资源研究室主任、研究员李鸿涛，时任中国中医科学院学术管理处处长谢琪，中国中医科学院研究员张卫，时任北京中医药大学副校长陶晓华等都是他的学生。

余瀛鳌出生于中医世家，其高祖即为医，康熙年间便行医乡里；先曾祖余赞襄业医于道光至光绪中期；先祖余奉仙悬壶问世，诊治富于胆识，是晚清“苏北三大名医”之一；余瀛鳌父亲余无言志在“改进中医”。家世业医，耳濡目染。余瀛鳌尚在年少之际，便偶尔随父出诊，帮着抄方子。余无言重视经典医籍的学习，主张发皇古义，融会新知。余无言为医治学的良好品格深深地印在了余瀛鳌的脑海里。

“余瀛鳌既注重对中医理论和古籍文献的深入研究，又重视临床实践，是真正知行合一的中医大家；在文献研究中，他严谨认真、一丝不苟，为中医古籍整理做出了卓越贡献；在临床工作中，他医者仁心，高尚的医德和精湛的医术使患者如沐春风、受益良多；在工作生活中，他平易近人，甘为人梯，提携后学，‘桃李不言，下自成蹊’，以高尚的人格魅力感召了一批又一批的医史文献学人。”（中国中医科学院中国医史文献研究所评）

“余瀛鳌勤勉好学，孜孜不倦，学贯中西，成就了高尚的学养和精湛的医术。”（时任中国中医科学院纪委书记于林勇评）

“余瀛鳌‘敏于行而讷于言’，平素看似木讷，不苟言笑，但内心非常丰富，若逢其志趣所在，往往又能款款而谈，意气风发，言中有物，底蕴深厚；其谦谦君子之风、温润祥和之态、医者仁人之心，正是中医经世致用的表率；‘世尊余夫子，熟典人所知。五代传家学，鬓白著不松。尊为儒者俦，术为富苍生。历世犁医坛，慷慨驾舟轻’。”（时任世界中医药学会联合会儒医文化研究专业委员会会长卢祥之评）

“余瀛鳌是平易近人的谦谦君子，他兢兢业业，辛勤耕耘，从不争抢取各种名利，但其学术人格却在业界尽人皆知，为众人称赞。”（中国中医科学院中国医史文献研究所研究员王凤兰评）