余缙于顺治九年(1652)中进士，初授河南封丘知县，十六年为山西道御史，继调河南道御史。幼时于乡塾就读，闻魏忠贤乱政，戏为弹劾之文，塾师惊叹不已，赞曰：“此拾遗补阙材”。官封丘时，黄河决口，封丘淹，与河渠使者协议，引支河以分水势，筑长堤以防溃溢，清理滩地以安民，方免大患。同时，招集逃亡百姓，开辟荒地，革除额外赋税，减轻徭役及刑罚，洁己爱民，使县内境况速有起色。其时，民间所最苦者，无如包荒一事，因人户逃亡，荒地遍野，朝廷议决募民开垦，设兴屯道、兴屯厅以为管理。初时民无不乐从，及征租，征额反高过熟田，致使已耕之地复又荒芜。朝廷却以此作为考核官吏之根据，于是郡县竞相虚报，甚而以荒地应征之粮摊于熟地之上，百姓困苦不堪，怨声载道。总督李绳武巡视封丘，余缙导引总督至旷野，使其目睹饥民裸跣毛食之惨象，总督遂为之疏奏，方得蠲免虚夸之数。余缙廉正奉公，抑制豪强，打击奸商及妖言惑众之巫神，故中州治行，推为第一。上《四愿疏》，婉谏康熙躬身察己。又上奏请削三藩势力，以免尾大不掉之忠，后吴三桂及耿精忠、尚可喜果然反叛，识者无不叹服余缙先见之明。年57致仕。与郡人姜希辙协助地方官姚启修建三江闸。著有《大观堂集》、《续保越录》、《家训》等。