1992年，自德国学成回国后，担任中央歌剧院常任指挥；同年，创办了首届北京新年音乐会，并连续三年担任指挥，开启了国内演出新年音乐会的先例。1993年起，连续五年为中国香港市政局指挥歌剧演出。

1998年，发起创办了北京国际音乐节，并担任艺术总监直至2018年，在其领导下，北京国际音乐节成为中国具有一定影响力的音乐节，对推进音乐事业发展起到了积极作用。

2000年，参与创建中国爱乐乐团，并担任艺术总监和首席指挥。2001年9月，率中国爱乐乐团在中国台湾地区举行巡回演出。

2002年6月，率中国爱乐乐团参加了波多黎各的卡尔萨斯音乐节，此后在圣何塞、洛杉矶等地进行了美国西海岸的巡演；9月，携手中国爱乐乐团赴海外巡演，在日本的东京、神户、大阪以及韩国的首尔演出；10月，作为第五届北京国际音乐节开幕式音乐会，余隆指挥包括中国爱乐乐团在内的近千名中外音乐家演出了马勒的《第八交响曲》，完成了该作的中国首演；同年获得德国万宝龙文化基金会颁发的“万宝龙卓越艺术成就奖” 。

2003年3月，与大提琴演奏者王健、东京爱乐乐团在星海音乐厅演出；5月，接受广州交响乐团的邀请，兼任该团音乐总监；9月，赴欧洲巡演，在巴黎国家歌剧院、华沙国家大剧院和维也纳音乐之友协会大厅举行演出；11月至12月间，与大提琴演奏者米沙·麦斯基、广州交响乐团进行巡演，在巴黎香榭丽舍剧院、卢森堡音乐学院音乐厅、荷兰阿姆斯特丹皇家音乐厅、开罗歌剧院以及开罗亚历山大音乐厅演出；同年，被法国政府授予“法兰西文学艺术骑士勋章”；同年，率东京爱乐乐团在中国巡演。

2005年2月至4月，率中国爱乐乐团进行了历时四十多天的世界巡演，包括北美洲、欧洲等地；同年，意大利政府向他颁发了“共和国骑士勋章”。

2008年5月7日，指挥中国爱乐乐团、上海歌剧院合唱团在梵蒂冈城保罗六世礼堂为教宗本笃十六世及八千余名听众演出了莫扎特的《安魂曲》。

2009年1月，出任上海交响乐团音乐总监，并在9月指挥了上任后的第一个音乐季开幕音乐会和庆祝上交建团130周年音乐会；11月，率上海交响乐团在纽约、洛杉矶、多伦多、圣地亚哥等北美12座城市进行巡演。

2010年3月，率上海交响乐团赴波兰参加第十四届贝多芬音乐节，并在华沙和罗兹两座城市演出；7月13日晚，指挥纽约爱乐乐团与上海交响乐团，在美国纽约中央公园为六万名观众演出露天音乐会，这次合作是纽约爱乐乐团第一次与外国交响乐团联袂在“夏季公园交响音乐会”上演出；8月，发起并创办了上海夏季音乐节，与指挥家夏尔·迪图瓦一起担任音乐节联合总监；11月，中央音乐学院在建院70周年大会上授予他中央音乐学院荣誉院士称号；同年获评“年度中国文化人物”。

2011年，率中国爱乐乐团巡访美国西海岸十数个城市。2012年中国春节期间，指挥纽约爱乐乐团在卡内基音乐厅举行了首次中国新年音乐会；7月，带领上海交响乐团参加德国石荷州音乐节，并在基尔和汉堡进行演出。

2013年1月3日，率上海交响乐团在上海音乐厅举行新年音乐会；7月，在上海夏季音乐节开幕式音乐会上，与女高音歌手曹秀美、男高音歌唱演员石倚洁、男低音歌唱演员沈洋，以及上海交响乐团合作演出；9月13日，携手钢琴演奏者张昊辰，为上海交响乐团音乐季揭幕；同年，余隆获得中国艺术研究院主办的最高艺术大奖“中华艺文奖”；同年，当选为第十二届全国政协委员会委员。

2014年1月，参与录制了由中央电视台与中国艺术研究院联合制作的电视纪录片《风范》；同年，与上海音乐学院及纽约爱乐乐团一道，共同创建上海乐队学院。这是中国第一所为管弦乐手设立的研究教育机构；7月，带领中国爱乐乐团应邀参加第120届英国逍遥音乐节，并于19日晚作为本届音乐节首个亮相的外国交响乐团进行演出，曲目包括英国作曲家爱德华·埃尔加的《威风堂堂进行曲》、柴可夫斯基《罗密欧与朱丽叶幻想序曲》，以及作曲家陈其钢专门为中国爱乐乐团在逍遥音乐节首秀而新创作的小号与乐队协奏曲《万年欢》等作品；10月，在法国指挥巴黎管弦乐团，与钢琴家蒂博戴演奏陈其钢的钢琴协奏曲《二黄》；12月，在上海获颁法国荣誉军团骑士勋章。

2015年6月19日，在中国音乐家协会第八次全国代表大会中，选举余隆为第八届中国音协副主席；9月15日，被中宣部、人力资源和社会保障部、中国文联共同授予“全国中青年德艺双馨文艺工作者”荣誉称号；9月28日，在耶鲁大学音乐学院获颁了该院的桑福德奖章；10月1日，“全球公民奖”主席诸立力向余隆颁发了2015年全球公民奖，使其成为首位赢得“全球公民”荣誉的华人，也是继小泽征尔后第二位获得该奖的指挥家。

2016年4月20日，与中国爱乐乐团、国家大剧院合唱团合作，在中国国家大剧院演出了威尔第的歌剧《茶花女》；6月，获得德意志联邦共和国十字勋章；7月23日晚，在广州交响乐团2015-2016年闭幕音乐会上，与韩国钢琴演奏者白建宇合作；10月，在哈佛大学的桑德斯剧场，受聘为美国艺术与科学院外籍荣誉院士。

2017年1月，担任广东国际青年音乐周艺委会主席。2018年6月，余隆及其麾下的上海交响乐团成为第一个签约德意志唱片公司的中国指挥家和乐团；6月26日，正式卸任北京国际音乐节艺术总监一职，此后专职该音乐节的艺术委员会主席；10月，携法国、挪威、俄罗斯、英国、奥地利的独奏独唱家及合唱团，在北京太庙举行音乐会。

2019年率上海交响乐团世界巡演，亮相BBC逍遥音乐节、阿姆斯特丹音乐厅、爱丁堡国际艺术节、拉维尼亚艺术节以及卢塞恩音乐节；4月，登上古典音乐杂志《留声机》四月刊，余隆是继郎朗后第二位登上《留声机》封面的中国音乐人，也是首位中国指挥家，其中收录了余隆率上海交响乐团与DG合作发行第一张唱片的专题报道；7月，与上海交响乐团录制了德意志唱片公司的首张专辑《门道》，这也是第一张中国与俄罗斯音乐对话的作品集；9月1日，携上海交响乐团首度登陆逍遥音乐节，在皇家阿尔伯特音乐厅亮相，演出江南小调《茉莉花》、披头士的《Hey，Jude》等曲目。

2020年2月，余隆携手上海交响乐团，获得了由古典音乐高峰论坛公布的2020年“创意大奖”提名。

2022年2月21日晚8时，广州交响乐团音乐总监余隆将执棒广州交响乐团，在星海音乐厅演绎拉赫玛尼诺夫人生中十分重要的两部音乐作品——《帕格尼尼主题狂想曲》和《交响舞曲》。

2022年7月，参加上海夏季音乐节演出。

2022年10月，参与中国梦·祖国颂——2022国庆特别节目，担任节目《新时代进行曲》指挥。

2023年1月1日，担任中国爱乐乐团2023新年音乐会指挥。同年，卸任广州交响乐团音乐总监，作为乐团“终身荣誉音乐总监”，担任广交艺术委员会主席。8月10日-13日，指挥作品《茶花女》登录国家大剧院话剧院。

2023-2024乐季，余隆受邀执棒费城管弦乐团和纽约爱乐乐团；在中国国内，与著名钢琴家斯蒂芬·霍夫 (Stephen Hough) 小提琴家莱昂尼达斯·卡瓦科斯（LeonidasKavakos）朱利安·拉什林（Julian Rachlin），男中音歌唱家马蒂亚斯·戈内（Matthias Goerne），女高音歌唱家奥尔加·佩列佳特科（Olga Peretyatko）等艺术家合作演出。

以上音乐作品参考资料来源

余隆的音乐素养和乐感较高，指挥动作潇洒、动人；同时，他具有煽情性的浪漫派指挥风格和旺盛的精力，颇似英国指挥家普列文。他热情浪漫的气质使他对许多古典音乐作品的理解和诠释注入了生机和活力，并具有较强的感染力。同样一部作品，由余隆指挥可能会显得行云流水。指挥台上的他始终保持激情，观众可以从挥舞的指挥棒中感受到他演绎曲目的深情；此外，他在指挥台上会随音乐的深沉蹲下身去，也会随着音乐的激昂而跳起来。

余隆的指挥曲目包括不同时代和不同领域的作品，尤其擅长指挥歌剧。他指挥了《茶花女》 《图兰多》《阿伊达》《卡门》《拉美莫尔的露契亚》《罗密欧与朱丽叶》《风流寡妇》《唐·帕斯瓜勒》 等歌剧作品，使他在国际乐坛获得关注，也由此奠定了作为一个指挥家的国际地位。此外，余隆亦指挥录制了许多唱片。其中包括与斯洛伐克广播交响乐团录制的康格尔德的小提琴协奏曲，以及丁善德的《长征交响曲》。他指挥中国爱乐乐团为德意志唱片公司录制的唱片中，包括威廉·理查德·瓦格纳的歌剧《唐豪瑟》序曲和由阿诺尔德·勋伯格改编为乐队版的勃拉姆斯 《G小调钢琴四重奏》。

2021年2月2日，当选中国音乐家协会第九届副主席。

2021年12月，当选中国文联第十一届全国委员会委员。

第十三届全国政协委员

余隆是将军，也是诗人。他有将军的高度和远见，也有诗人的情怀，更致力于如何能够更好地培养有希望的年轻人。（大提琴演奏者马友友评）

作为执棒数支一流国内乐团的指挥家，余隆身临其境并见证了古典音乐在中国的发展变迁，同时也扮演着一个负责把中国故事和中国文化带向世界的引路先锋角色。（《环球时报》评）

余隆是领导中国最好的几个乐团活跃在世界舞台的文化大使，在全世界的关注下分享东西方的演出与创意。他在音乐教育上的远见与努力对古典音乐领域和现代文化都产生了影响。（美国艺术与科学院评）

中国古典乐坛最具影响力的人物。（《纽约时报》评）