1999年，《国务院关于解决供销合作社当前几个突出问题的通知》正式出台，供销合作社的工作重点转向了扭亏增盈。

2006年，国务院印发了《听取供销总社关于建设农村现代流通服务网络等有关工作汇报的会议纪要》，对“新网工程”思路给予充分肯定。在“新网工程”的强力推进下，供销合作社业务得到恢复和加强。

2009年11月，《国务院关于加快供销合作改革发展的若干意见》正式发布，提出新形势下供销合作社改革发展的目标和任务，标志着供销合作社改革发展迈入了新的改革发展阶段。

2011年，中华全国供销合作总社全系统初步建成了覆盖县、乡、村三级的经营服务网络。

2013年，中央一号文件提出支持供销合作社开展农产品流通，充分发挥供销合作社在农业社会化服务中的重要作用，为供销合作社的改革发展和转型升级带来契机。

2014年，供销合作社综合改革试点列入中央改革办2014年工作要点，写入中央一号文件和《政府工作报告》。4月初，国务院批复同意在河北等4个省开展试点，成为十八届三中全会之后中央层面批复的第一家全国性改革试点。经中央同意，总社会同中央农办等20多个部委，启动供销合作社综合改革文件的调研起草工作，国务院常务会议已经审议通过文件稿。

同年7月，中华全国供销合作总社在人民大会堂召开供销合作总社成立60周年纪念大会。

2016年，中央一号文件提出，深入推进供销合作社综合改革，提升为农服务能力。支持供销合作社创办领办农民合作社，引领农民参与农村产业融合发展、分享产业链收益。《全国供销合作社“ 十三五”发展规划》印发实施，以“创新、协调、绿色、开放、共享”的发展理念为引领，提出了后五年的发展目标、具体任务和改革发展的总体要求。

2017年6月，供销合作社综合改革专项试点启动，28个省（区、市）32家单位承担试点任务。

中华全国供销合作总社代表大会（以下简称全国代表大会）是总社的最高权力机构。

全国代表大会代表由成员社选举或者推荐。全国代表大会代表名额和代表产生办法，由总社理事会决定。

全国代表大会每五年举行一次，由总社理事会召集。总社理事会或者常务理事会认为必要，或者三分之一以上成员社提出请求，全国代表大会可以提前或者延期举行。

总社理事会应当在全国代表大会举行一个月以前，将开会日期和会议议程通知成员社。总社成员社向全国代表大会提出的建议案，须在会前提交总社理事会。召开全国代表大会须有全体代表三分之二以上出席，各项决议案须由全体代表过半数通过方为有效。

召开全国代表大会时，由出席会议的代表选举主席团主持会议。

全国代表大会的职权是：（一）审议和批准总社理事会的工作报告；（二）审议和批准总社监事会的工作报告；（三）审议和通过全国代表大会决议；（四）通过或者修改总社章程；（五）选举总社理事会理事、常务理事、副主任、主任；（六）选举总社监事会监事、副主任、主任；（七）讨论和决定其他重大事项。

中华全国供销合作总社设理事会。理事会是全国代表大会闭会期间的执行机构，对全国代表大会负责并报告工作。

理事会由主任一人，副主任、常务理事、理事若干人组成，每届任期五年。理事会设农民理事和专家理事。成员社理事实行单位替补制。在全国代表大会闭会期间，理事、常务理事、副主任、主任变动的，由理事会履行相关手续。总社实行理事会主任负责制，理事会主任为总社的法定代表人。

理事会全体会议每年举行一次，由常务理事会召集。常务理事会认为必要，或者监事会提议，或者三分之一以上理事提出请求，可以临时召集理事会全体会议。理事会全体会议须有三分之二以上理事出席方可举行，会议决议须由全体理事过半数通过方为有效。

理事会的职权是：（一）组织召开全国代表大会，执行其决议；（二）组织实施该章程第八条规定的各项职能和任务；（三）研究部署总社重要工作，指导全国供销合作社改革发展，促进成员社之间经济联合与合作；（四）批准接纳成员社或者取消成员社资格；（五）代表总社履行出资人职责；（六）行使该章程规定的其他职权。

常务理事会是理事会的常设机构，由理事会主任、副主任、常务理事组成。

常务理事会的职权是：（一）负责召集理事会全体会议，并向其报告工作；（二）执行理事会的决议；（三）决定总社年度财务预算、决算方案；（四）决定总社内部管理制度；（五）决定总社内部办事机构的设置；（六）决定总社企事业单位的设立、合并、分立或者解散；（七）决定总社对企业的出资及投资收益的管理和使用；（八）理事会授予的其他职权。

常务理事会会议由理事会主任或者受理事会主任委托的副主任召集。常务理事会会议须有三分之二以上常务理事出席方可举行，会议决议须由全体常务理事过半数通过方为有效。

中华全国供销合作总社设监事会。监事会是总社的监督机构，对全国代表大会负责并报告工作。

监事会由主任一人，副主任和监事若干人组成，每届任期五年。监事会设农民监事和专家监事。成员社监事、国家有关部门监事实行单位替补制。总社理事以及理事会办事机构、事业单位、出资企业的主要负责人，不得兼任监事。在全国代表大会闭会期间，监事会监事、副主任、主任变动的，由监事会履行相关手续。监事会组成人员列席理事会全体会议。监事会主任、副主任列席常务理事会会议。

监事会全体会议每年举行一次，由监事会主任或者受监事会主任委托的副主任召集；必要时，可以临时召集监事会全体会议。监事会全体会议须有全体监事三分之二以上出席方可举行，会议决议须由全体监事过半数通过方为有效。

监事会的职权是：（一）监督理事会对该章程和全国代表大会决议的执行情况；（二）监督理事会对国家有关法律、法规和政策的执行情况；（三）监督理事会对国家委托的各项经济、社会任务的完成情况；（四）监督社有资产保值增值、财政资金使用和企业重大投资、并购重组、资产运营等情况；（五）开展调查研究，反映社情民意，向理事会提出改进工作的建议；（六）对理事会的重大决定有不同意见，提出建议未被采纳的，有权向全国代表大会反映；（七）指导成员社监事会开展工作；（八）提议临时举行理事会全体会议。

凡承认中华全国供销合作总社章程、自愿履行各项义务的省、自治区、直辖市及新疆生产建设兵团、计划单列市供销合作社联合社，其他具有独立法人资格的省级合作经济组织、为农服务的全国性行业协会、大型农业产业化龙头企业等，可申请加入总社，经总社理事会批准，成为总社成员社或者成员单位（以下统称成员社）。

成员社的资产归各成员社所有，实行自主经营、自负盈亏。

成员社的权利是：（一）选举或者推荐全国供销合作社代表大会代表；（二）参加总社组织的中国国内、国际活动；（三）请求总社帮助协调解决有关问题；（四）享受总社提供的服务；（五）以总社成员社名义开展活动；（六）监督总社成员社股金的使用；（七）申请使用和监督总社合作发展基金；（八）对总社的工作提出意见和建议。

成员社的义务是：（一）遵守总社章程；（二）执行总社决议；（三）向总社交纳成员社股金；（四）按规定向总社交纳合作发展基金；（五）维护总社及成员社的合法权益；（六）完成总社委托的任务；（七）向总社报告工作，反映有关情况；（八）接受总社的指导和监督。

成员社有下列情形之一的，经总社理事会决议，取消其成员社资格：（一）丧失法人资格的；（二）自动放弃成员社资格的；（三）违反该章程，拒不履行规定义务，情节严重的。

根据《中央编办关于中华全国供销合作总社主要职责和内设机构调整等问题的批复》（中央编办复字〔2017〕101号），中华全国供销合作总社主要职责调整为：

一、宣传贯彻党中央、国务院“三农”工作方针政策，指导全国供销合作事业发展。

二、负责研究制定全国供销合作社的发展战略和发展规划，指导服务全系统改革发展。

三、根据授权对重要农业生产资料、农副产品经营进行组织、协调和管理，指导各级供销合作社承担政府委托的公益性服务和其他任务。

四、推进供销合作社法治建设，研究提出促进农村经济社会和行业发展的政策法规建议，维护各级供销合作社的合法权益。

五、协调同有关部门的关系，指导全国供销合作社业务活动，支持供销合作社发展电子商务和开展农村合作合融服务，领办创办农民专业合作社，更好履行为农服务职责。

六、指导社有资产运营，确保社有企业为农服务方向，履行社有资产监管职责，落实社有资产保值增值和安全责任。

七、代表中国合作社参与国际合作社联盟以及相关国际组织的事务。

八、承办党中央、国务院交办的其他事项。

中华全国供销合作总社依照法律、行政法规、国家财政和审计主管部门规章以及该章程的规定，设立会计机构和审计机构，建立财务管理和审计监督制度。

中华全国供销合作总社成立社有资产管理委员会，按照理事会授权，建立社有资本经营预算制度，并接受国家审计机关和财政部门的监督，以管资本为主加强对社有资产的监管。

中华全国供销合作总社资金来源包括社有资本收益、接受捐赠和资助、合作发展基金、成员社股金，以及国家财政预算拨款和专项资金等。合作发展基金由总社资产收益提取部分、成员社交纳的基金、国家扶持资金和社会捐赠等构成，统筹用于基层社建设和为农服务。合作发展基金运行和管理办法、成员社股金管理办法，由总社理事会制定。

国家拨入中华全国供销合作总社的财政预算拨款及国家专项资金，按照国家有关规定使用和管理。总社争取的国家财政扶持资金可依法以股权形式投入下级社。公积金作为积累性资金，属于总社社有资本收益，由总社管理使用。总社有资本收益的管理、使用实行预决算制度，具体办法由总社理事会制定。

中华全国供销合作总社审计机构对总社和所属单位的财务收支、资产及经济效益、预算执行等进行审计监督，对有关人员实行任期经济责任审计。

2016年，北京商业管理干部学院全年举办各类培训班57期，全年培训科研咨询等事业收入1150万元。全年共培训近7000人次，培训一部超额完成6.8%，培训二部超额完成38%。接受和完成十余项纵向课题。接受合作指导部委托的“社有企业发展报告”、总社台办委托的“转变中国农业发展方式研究”、总社委托的“全国供销合作社综合改革试点评估”、总社财会部委托的“供销合作社农村合作金融研究”，基本完成科教部委托的“庄稼医院”课题，参与《供销合作社史话》编辑、统稿，完成“《农村日用消费品经营网络规范》国家标准的编写等。

2020年11月经中编办批准，北京商业管理干部学院正式更名为中华全国供销合作总社管理干部学院。

《中国野生植物资源》杂志系由中华全国供销合作总社主管、中华全国供销合作总社南京野生植物综合利用研究院主办的综合性科技期刊。1982年创刊，其办刊宗旨是报道野生经济植物最新科研成果，介绍野生植物资源研究与开发、综合利用、栽培技术，以普及与提高相结合的方式，加强从事野生经济植物开发利用者的相互交流，为中国经济社会建设服务。

《中国茶叶加工》是中华全国供销合作总社杭州茶叶研究院、全国茶叶加工科技情报中心站主办的杂志，1981年创刊，是中国国内外公开发行的茶叶综合性学术期刊。刊登茶叶生产、加工、检测等技术在科研、教学、应用方面的研究成果、研究方法和发展动态，内容涵盖茶业全产业链。主要栏目有专家论坛、茶业发展、技术研究、技术应用、经济研究、标准法规、检测分析、技术讲座和文化历史等。

《茶讯》原名为《茶叶信息》，中华全国供销合作总社杭州茶叶研究院、全国茶叶加工科技情报中心站主办，1985年创刊，是一份以茶叶经济、科技、文化、消费为重点，反映中国国内外茶业最新动态的专业刊物。主要栏目有名茶名企、行业动态、百家之言、茶业数据、茶叶科技、茶与健康、文化揽要等。2014年3月《茶叶信息》改版为《茶讯》，设立特别关注、专题报道、茶业经济、品牌纵横、走进茶乡、茶馆茶楼、茗边艺茶、茗边啜语、中茶院讯、行业动态、茶品茗园等栏目。

《再生资源与循环经济》期刊1980年创刊，创刊时期刊名称为《废旧物资研究》，1989年更名为《再生资源研究》，2008年再次更名为《再生资源与循环经济》。 刊物为中国再生资源行业和循环经济发展中大量理论和实践问题的探索，搭建学术技术交流推广平台，为政府和行业人员的沟通、反映行业诉求，搭建服务平台。

2016年9月19日-28日，应以色列、保加利亚合作社和希腊雅苒国际集团等邀请，中华全国供销合作总社党组书记、理事会主任王侠率中国供销合作社代表团于对上述三国进行了友好访问。访问期间，代表团与三国的合作社组织、商贸企业举行了友好的会谈和贸易洽谈。

2016年11月23日-30日，应越南合作社全国联盟、老挝计划投资部的邀请，总社党组书记、理事会主任王侠率中国供销合作社代表团对上述二国进行了友好访问。访问期间，代表团与越南合作社组织、老挝政府部门等举行了会谈，并实地查看了中农老挝钾盐项目。

（以上仅列出理事会主任王侠参与的交流活动）

2016年，中华全国供销合作总社围绕全面深化供销合作社综合改革的中心任务，突出操作性、实用性，组织供销合作社社有企业转型升级、探索合作经济组织特色干部人事制度等12期专题培训班。按照中发11号文件对供销合作社提出的新任务和新要求，采取分级负责、分类培训、上下联动、共同推进的方式，在全系统开展贯彻落实中发11号文件精神的专题大培训。组织实施了中组部委托办班培训计划中的“深化供销合作社综合改革”专题研究班，对宣传和落实中央“三农”政策、争取各地对供销合作社改革发展的支持起到了推动作用。在中组部干部教育局的支持下，各地供销合作社争取当地党委组织部门的支持，举办该地县（市）长供销合作社改革专题培训，形成合力推动中发11号文件贯彻落实。在机关内部开设机关干部大讲堂，拓展机关干部培训渠道，提高机关干部队伍素质。

截至2016年底，全国供销合作社系统有各级各类职业院校96所，分布在25个省、市、区。其中本科院校3所（其中2所二本院校为社地共建、以地方管理为主；1所本科独立学院为社地共建、以供销合作社管理为主）、高职院校11所（其中3所以划归地方管理为主）、中职学校52所、培训类学校和干校等非全日制办学机构30所。其中，国家级骨干高职院校1所，省部级高职院校7所，国家级改革发展示范中职院校10所。拥有教职员工1.56万人，全日制在校生总数36.15万人。其中，本科全日制在校生6.69万人，约占18.5%；高职全日制在校生8.92万人，约占24.7%；中职20.54万人，约占56.8%。固定资产86.7亿元。

2016年5月，在浙江经贸职业技术学院举办2016年农产品（食品）质量安全技术创新与产教融合高峰论坛，论坛围绕农产品（食品）安全政策与检测技术交流、检测企业（行业）交流、检测人才培养产教对话三大主题进行研讨，成为推进职业教育教产融合、校企合作的一个重要载体，取得良好效果。

2016年5月，在浙江经贸职业技术学院举办2016年全国职业院校技能大赛高职组农产品质量安全检测赛项，通过以赛促教、以赛促建，展示供销合作社职业院校的办学水平和风采，扩大在全国职业教育领域的影响力。

中华全国供销合作总社标识由“合”字的艺术图形、汉字“中国供销合作社”和英文“CHINA CO-OP”构成，是中华全国供销合作总社的象征和标志。

自愿、互利、民主、平等

为农业、农村、农民服务，推动成员社体制改革和机制创新，把供销合作社系统打造成为与农民联结更紧密、为农服务功能更完备、市场化运行更高效的中国特色合作经济组织体系，成为服务农民生产生活的生力军和综合平台，成为农业社会化服务的骨干力量、农村现代流通的主导力量、农民专业合作的带动力量，真正办成农民的合作经济组织，切实在加快推进农业现代化、促进农民增收致富、推动农村全面小康社会建设中更好地发挥作用。