黄现璠对于中国封建社会农民战争问题的研究始于二十世纪三十年代，于1936年分别在《食货半月刊》第三卷第五期与《文化建设月刊》第二卷第五期发表过两篇论文《北宋亡后北方的义军》和《南宋末年河北山东义军》，算是研究农民战争问题较早的学者。其后， 在1949年后至1979年前的唯物史观派史学发展历程中，“五朵金花”问题是史学界关心的重要课题。其中，农民战争史研究的意识形态政治味在“五朵金花”中体现得最为浓烈。关于农民战争的性质、中国封建社会的农民起义和农民战争是否具有反封建制度和地主阶级的性质，哪些是正义的？哪些是非正义的？成为农民战争史讨论中存在重大分歧的问题之一。在这个背景之下，一些人于二十世纪六十年代在《广西日报》先后发表了文章，对侬智高起兵的性质，提出了自己的看法。黄现璠于1949年后，对“五朵金花”问题，分别有自己不同的看法，但对于非学术的意识形态的讨论，兴趣不大，完全没有参与。而且，对于唯物史观的作品，黄现璠曾说道：“唯物史观之历史作品，除少数稍具价值外，大多都是以新思想和新方法，公式化的套用于历史，对于实际材料，并未亲自去搜集，而多采自观念论之。著作犯了重理论而轻事实的公式病。甚至有人，对于马恩著作，只事涉猎，就谬为鲜事者。”1962年，黄现璠刚摘掉右派分子帽子不久，出于史学家的责任，以史料为基，对于一些人认为隋唐以来桂西僮族地区是奴隶社会以及侬智高起兵反宋是为掠夺奴隶而进行的非正义的战争等观点提出了置疑和批驳，可说是冒着极大的政治风险撰写这篇论文，正如陈吉生教授明确指出：“众所周知，60年代，正是我国民族学界‘禁区’森严壁垒，‘框框’层出不穷，民族学研究稍有越‘雷池’一步就‘帽子’横飞，所谓‘研究社会科学危险，研究民族学就更危险’盛行于世的时期。黄现璠先生不怕戴上‘政治帽子’而敢于‘闯禁区’、‘跳火坑’的胆识，绝非源于他曾被划为右派的‘结果不满’，而是完全出于自己终身信仰的‘治学贵疑辨误求真求实’的科学精神以及对于学术界一些‘乡曲之士’观点的深感不满。”