同年12月18日，北洋政府政事堂国务卿陆征祥批准北洋政府财政部呈文，将全国烟酒公卖局改为全国烟酒事务署，脱离北洋政府财政部隶属北洋政府政事堂。次年1月，北洋政府公布《全国烟酒事务署暂行编制》，规定署内设督办1人、坐办1人，下辖5科。

1917年7月25日，北洋政府国务总理段祺瑞、财政总长梁启超奉总统令裁撤全国烟酒事务署，仍在北洋政府财政部设全国烟酒公卖局。

1919年1月，北洋政府总统徐世昌又下令将全国烟酒公卖局改为全国烟酒事务署。4月，规定烟酒事务署隶属北洋政府国务院。次年2月，公布《全国烟酒事务署官制》，规定事务署机构建制。1922年6月，修正《全国烟酒事务署官制》第一条和第二条，将该署隶属北洋政府财政部，督办改由北洋政府财政总长兼任。

北洋政府倒台后，全国烟酒事务署撤销。