1583年（明万历十一年），清王朝的奠基人，满族杰出的政治家、军事家清太祖努尔哈赤，以祖上遗甲十三副起兵征讨尼堪外兰，开始了统一全国的大业。

从1583年至1615年（明万历四十三年）经历了32年战火磨炼的努尔哈赤正式建立了在我国历史上有名的八旗制度。

八旗蒙古在1621年（天命六年）开始。这时蒙古旗人被编入八旗满洲：“镶黄旗满洲都统国柱佐领。系勋旧佐领。国柱始祖顾尔布什，原系蒙牛夸尔夸贝子。太祖皇帝时，率部众来归（1621年，天命六年），封为“驸马”，授为三等子，将部属之众成立佐领，属于白虎赖管理……康熙九年分为两个佐领时，将部属满洲三十家、蒙古十家，分与察哈尔蒙古诺门达来之子，一等侍卫和尚管理”。引文表明此时八旗满洲中己出现了蒙古牛录。

1633年（天聪七年，明崇祯六年）时先只编有“蒙古二旗”；称为“右营”和“左营”，1634年又将这两个旗的人丁划归代善、济尔哈朗等所辖的满洲八旗中。到1635年（清天聪九年，明崇祯八年），经过三次大规模的征讨察哈尔，漠南蒙古大部分归顺后，皇太极将原属于满洲八旗之外的原有蒙古牛录再加上新来的内外喀喇沁蒙古合编成八旗蒙古”，人数约七千八百多人。旗色官制与“八旗满洲”同。据记载：当时蒙古壮丁共有16953人，分编为十一旗，其中，古鲁思辖布、俄木布楚虎尔和耿格尔、单把四人所辖的三旗有9123人“仍然隶属于原来的‘八旗满洲’下”。这就是说八旗蒙古的建立是1633年开始建立，1635年完成，比八旗满洲（1601年开始建立，1615年完成）晚，比八旗汉军（1631年开始建立，清天聪五年，仅一旗，1642年完成）早。建制时间尽管不同，但无论是八旗满洲也好，八旗蒙古也好，八旗汉军也好，全部隶属于同一社会组织形式“八旗”下面，统由清最高统治者统帅。特别是在清世宗胤禛高度中央集权以后，更是如此。可以概括为：皇权→旗政→人兵（满，蒙、汉、布特哈……）这个形式，正如《八旗通志·序》上说的：“太祖……肇建八旗，以统满洲、蒙古、汉军之众”一样。换句话说：八旗制度，包括八旗蒙古，是“以旗统族”的一种社会组织形式。

八旗蒙古与八旗满洲、八旗汉军是清代八旗组织中的三个重要组成部分，它们是满清的亲军，其基本职能还应是一种军事组织。

每逢行军作战，“地广则八旗并列分八路。地狭则八旗合一而行，队伍整肃，节制严明”。例如，1642年在八旗的主要组织规模刚形成之后，十月，皇太极调用空前雄厚的兵力，第四次入犯明境，命阿巴泰为“奉命大将军”，“率内满洲、蒙古、汉人二十四固山各固山额真官军一半，外番蒙古兵一半往征明国。毁边关入，纵横无敌”，通燕京，下山东，克城“共八十八”，“俘人畜九十二万三百”。明人称为“壬午虏变”。这里所指的“二十四固山”，即含八旗蒙古。不仅入关前（1644年前）八旗蒙古承担着军事上征战，厮杀的使命，即便入关后也是如此。

清朝定都北京，北京成为全国的政治中心，屯驻在北京及附近的八旗兵丁称为“京旗”，而被派遣到全国各地的重要城市和军事据点驻防的称为“驻防八旗”。今据1851年（咸丰元年）曾国藩说：“八旗劲旅，以强半翊卫京师，以少半驻防天下”。又据光绪《会典》所记佐领数目：满洲681，蒙古204，汉军268，共有1153个佐领，每佐领姑以200人计算总数在22万人以上。又据京旗占60%，驻防占40%的比例来估计，知八旗蒙古中驻京八旗蒙古在24480人，驻防八旗蒙古在16320人。

继八旗蒙古的建立，皇太极把旗的编制推广到整个蒙古地区，把蒙古分为内蒙古和外蒙古。内蒙古二十四部，陆续编为四十九旗，这种旗主要职能是管理本旗民事与行政。以后，由若干个旗组成一个“盟”（朝廷指定的会盟处），作为中央对旗的监督机构，“不能干预各旗事务，也无权发布政令”，“盟长主要是（各旗）会盟的召集人”。内蒙古四十九旗，设哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭六盟。通过盟旗制度实行分而治之，把广大蒙古人民固定在各自的区域中。

内蒙古各旗也有兵丁，但就其性质而论，近乎于民兵。尽管内蒙古许多部旗在清统一或维护统一的战争中出力甚多，但战后，他们又在一个固定的地域中生产、生活了，而不同于入关后职业性的八旗军。内蒙古各旗设扎萨克（旗长），多为世袭，向上对口是处理少数民族（以蒙古族为主）事务的理藩院和驻防节制将军。而八旗中，每旗一都统，直对军机处。内蒙古六盟四十九旗，外蒙古八十六旗（康熙三十年——1691年设立）的颜色没什么规定，因为他们无论如何善战，也是杂牌军。

与外藩蒙古区别

八旗蒙古与蒙古的盟旗设置区别，皇太极把“旗”的编制推广到整个蒙古地区，后又由旗组成“盟”，蒙古的“盟”、“旗”建制与八旗蒙古不同，其主要职能是管理本旗的民事与行政。是有一定自治权的地方区划。

与八旗察哈尔区别

蒙古旗与八旗蒙古易混者为内蒙古锡林郭勒盟内的镶黄旗、正镶白旗、正蓝旗的名称与现行体制同。上述三旗在清时也的确是八旗的建制和驻防地域，但那里的八旗属于察哈尔亲王布尔尼反清失败后被康熙帝改编的八旗察哈尔。这八旗为康熙十四年（1675年）置，称口外游牧察哈尔八旗，初为总管级，属在京蒙古都统兼辖。乾隆二十六年，改置察哈尔都统（八旗都统为从一品大员），驻张家口。这八旗中只保留四旗三名（正镶白旗二旗合名），右翼的四旗已经不存在了，地域当在乌兰察布盟的凉城、卓资、察右前、察右中、察右后、集宁、化德各旗县之地。

八旗蒙古的编立，表明了八旗制度的基本完善和全面确立，不但极大的扩充了清政府的兵源，有利于和明朝的作战，而且也从根本上加强了对东北各民族行政统治和管理。促进了全国各地政治、经济和文化的发展，进一步壮大了后金—清王朝的实力。