经过1983年和1995年两次机构改革，至1999年12月，兴安盟行政公署下设办公室、民政局、人事劳动局、机构编制办公室、民族事务局、监察局、司法局、公安局、国家安全局、财政局、审计局、统计局、教育局、计划局、经济局、商贸局、粮食局、工商行政管理局、科学技术局、卫生局、计划生育局、文化体育局、广播电视局、城乡建设环境保护局、土地管理局、交通局、农业局、畜牧局、水利局、林业局、乡镇企业局、保密办公室、督查室、机要局、综合治理办公室、人民防空办公室、外事办公室、信访办公室、贫困地区开发领导小组办公室、农业开发办公室、区划办公室、农牧业机械化管理局、地震局、招商局、地方志办公室、农牧场管理局、供销合作社、手工业联社等工作部门。时辖乌兰浩特市、阿尔山市、科尔沁右翼前旗、科尔沁右翼中旗、扎赉特旗、突泉县等2市3旗1县。