冯琦著作有《宗伯集》81卷，内收诗歌300余篇。冯琦作诗，好五古、七古，崇尚“乐府”、“建安”之风。其游记文章，仿东坡笔法，善叙事、抒情，寓哲理于其中，如《游冶源记》、《游石门山记》等。冯琦长期官居显位，涉政事，因而留下不少向皇帝进言的奏章，成为冯琦作品中带有深刻政治见解和思想内涵的组成部分。其《肃官常疏》，陈述当朝官场腐败之风，指出“士大夫精神不在政事，国家之大患也。”列举祸患之表现，条陈贪污之手段，分析治理之不易，诊所确凿，说服力强，并提出治理腐败的具体措施，向皇帝直言进谏：“有才无守者，不得滥与荐章；已列脏迹者，不得止拟降调。……后来勘问，定须明正法典，勿致曲为宽纵。”其匡世济民思想和敢于针砭时弊的精神，同样反映在《矿税疏》、《中酿衅疏》等篇章中。于慎行在《宗伯集》序中对此大加赞赏。