程序性死亡细胞的核DNA在核小体连接处断裂成核小体片段，并向核膜下或中央异染色质区聚集形成浓缩的染色质块。随着染色质不断聚集，核纤层断裂消失，核膜在核孔处断裂，形成核碎片。同时在程序性死亡过程中，由于不断脱水，细胞质不断浓缩，但仍有选择透过性。细胞体积减小。凋亡细胞经核碎裂形成的染色质块(核碎片)，然后整个细胞通过发芽、起泡等方式形成一个球形的突起，并在其根部绞窄而脱落形成一些大小不等，内含胞质、细胞器及核碎片的小体称为凋亡小体。

(2) 通过自噬体形成机制：凋亡细胞内线粒体、内质网等细胞器和其它胞质成分一起被内质网膜包裹形成自噬体，与凋亡细胞膜融合后，自噬体排出细胞外成为凋亡小体。