主要研究论著

A、著作：

1. 《中国基督教乡村建设运动研究（1907－1950）》，天津人民出版社，2008。

2. 《福音与犁：美国在华农业传教士研究》，台湾宇宙光出版社，2006。

3. 《抗战时期的中国基督教大学》（第一作者，与刘天路合著），福建教育出版社，2003。

B、主编参编：

1. Christian Presence and Progress inNorth-East Asia: Historical and Comparative Studies （与Jan A.B.Yongeneel等主编），法兰克福Peter Lang 出版社，2011。

2. 《中国基督教区域史研究》（与陈建明主编），巴蜀书社，2007。

3. 《离异与融会：中国基督徒与本色教会的兴起》，上海人民出版社，2005。

C、专题论文：

1. 《理解变革的中国：在华传教士的中国情怀与观察（1949-1969）》，《广东社会科学》2014年5期。

2. 《“中西新教体制”与基督教中国化研究》，《史学月刊》2013年10期。

3. 《向边疆布道：中华国内布道史初探》，《晋阳学刊》，2012年1期。

4. 《基督教与“新中国”：美国传教士的辛亥叙述》，载李向玉主编：《辛亥革命与澳门研讨会论文集》，澳门理工学院出版，2012。

5. 《民国时期基督徒对辛亥革命的记忆与诠释》，《社会科学研究》，2011年6期。

6. 《革命的耶稣：非基背景下教会人士对孙中山形象的建构》（第一作者），《浙江学刊》2011年5期。

7. 《近代中国基督教与伊斯兰教关系的研究回顾与前瞻》，《世界宗教文化》，2011年3期。

8. “Christian Socialism in Pre-World War IIEast Asia: A Comparison of Zhang Shizhang in Chinaand Toyohiko Kagawa in Japan”,in Christian Presence and Progress in North-East Asia: Historical andComparative Studies, Frankfurt: PeterLang, 2011.

9. 《贺川丰彦与中国》，载《东亚文化交涉研究》（日本关西大学，中、日文版），2010.

10. 《基督教社会主义在近代中国的传播与影响》（第一作者），《宗教学研究》2009年3期。

11. 《晚清来华传教士与穆斯林的相遇与对话》，《世界宗教研究》2009年1期。

12. 《贺川丰彦与中国基督教》，载《自西徂东——基督教来华二百年论集》(李金强、吴梓明、邢福增编)，香港基督教文艺出版社，2009。

13. “Same bed, Different Dreams: The AmericanPostwar Plan for China’s Christian College, 1943-1946”, in China’s ChristianColleges: Cross-Cultural Connections, 1900-1950, edited by Daniel H. Baysand Ellen Widmer, Stanford University Press, 2009.

14. “Religious Education in Christian Collegesin Pre-Communist China:Challenges and Renovations”, in Christian Mission and Education in Modern China, Japan,and Korea: HistoricalStudies, Frankfurt, Peter Lang, 2009.

15. 《基督教与民国时期的乡村识字运动》，《民国研究》第15辑，北京：社科文献出版社，2009年。

16. 《近代来华传教士的中文学习——以金陵大学华言科为中心》，《上海大学学报》2008年6期。

17. 《福音、医学与政治：近代中国的麻风救治》，《中山大学学报》2008年第4期，人大复印资料《中国近代史》2008年11期转载。

18. 《从助手到领袖：诚静怡与1910年代的中国基督教运动》，《社会科学研究》2007年第2期。

19. 《中日基督教和平主义者的命运：以徐宝谦与贺川丰彦为个案》，《浙江学刊》，2007年第2期。

20. 《中国近代基督教运动中差会与教会关系概论》，《宗教学研究》2006年第4期20．

21. 《中国基督教中学的农业教育与乡村建设》，载尹文涓编：《基督教与中国近代中等教育》，上海人民出版社2007年.

22. 《从差会到教会——诚静怡本色教会思想解析》，《世界宗教研究》，2006年第2期，人大复印资料《宗教》2006年转载。

23. 《徘徊于政治与宗教：江西基督教黎川实验区研究》，载《浙江学刊》2005年4期，人大复印资料《宗教》2005年转载。

24. 《基督教新教的联合事业：以华北基督教农村事业促进会为个案的研究》，载香港浸会大学《中国近代基督教史研究》，2004年，第 5辑。

25. 《金陵神学院与中国乡村教会建设》，载陶飞亚、梁元生编《东亚基督教再诠释》（香港中文大学崇基学院宗教与中国社会研究中心)，2004。

26. 《抗战时期基督教大学与国民政府关系》《史林》2004 年第4期,人大复印资料《中国现代史》2004年第10期、《宗教》2004年第5期转载。

27. 《中美处境下的中国基督教大学及其争议》，载徐以骅主编《宗教与美国社会》第一辑，时事出版社，2004年。

28. 《未竟之梦：华东联合大学始末》，载吴梓明、吴小新主编：《基督教与中国社会文化：第一届国际年青学者研讨会论文集》，香港中文大学，2003。

29.《中国近代基督教乡村建设论纲》《浙江学刊》2003年第5期，人大复印资料《宗教》2004年第2期转载。

30. 《农业传教与中国基督教乡村建设的起源》，载王忠欣编《基督教与中国：传教士文化》，加拿大恩福协会出版，2003年。

31. 《乡村牧区：1930年代中国基督教会乡建理念的追寻》，香港中文大学宗教与中国社会研究中心，2001年7月。

32. 《基督教与近代农业科技传播：以金陵大学农林科为中心的研究》，《近代史研究》2000年第2期。

33. 《调适与冲突：1950年前后的教会大学：以齐鲁大学为个案》，载陶文钊、陈永祥主编《中美文化交流论集》，中国社会科学出版社，1999。

34. 《哈佛燕京学社与齐鲁大学的国学研究》（与陶飞亚合作，第二作者），载《文史哲》1999年1期。

35. 《齐鲁大学经费来源与学校发展》，载章开沅、马敏主编《社会转型与教会大学》，湖北教育出版社，1998年。

D、翻译：

1. 《贺川丰彦：爱与社会正义的使徒》，（美国）施尔德根著，（与刘莉合译），天津人民出版社，2009。

2. 《基督教高等教育在变革中的中国》，（美国）芳卫廉著，珠海出版社，2005。

3. 《天理难容——美国传教士眼中的南京大屠杀》（章开沅编译），南京大学出版社，1999。

4. 《之江大学》，（美国）队可勋著，珠海出版社，1999。

5. 《瑞典行道会在湖北六十年记》，（瑞典）杨富雷著，载章开沅、马敏编《社会转型与教会大学》，湖北教育出版社，1998年。

6. 《中国基督徒名录》，（美国）贝德士辑，载章开沅、马敏编《社会转型与教会大学》，湖北教育出版社，1998年，369－486页。

7. 《中日战争对美国在华教育和慈善事业的影响（总论）》，（美国）盖伦·费舍编，载章开沅、马敏主编《基督教中国文化丛刊》第三辑，415－487页。

8. 《文化与战后美国的中国历史学》，（美国）冯珠娣、何伟亚著，陶飞亚、刘家峰译，载《文史哲》1996年第6期。

F、书评及其他

1. Book Review，“Negotiating ReligiousGaps: The Enterprise of Translating Christian Tracts by Protestant Missionariesin Nineteenth-Century China”, Bulletinof International Missionary Research (Vol. 37 No.2, April 2013).

2. 《被遗忘的贺川丰彦》，《书城》2012年第9期。

3. 《一个传教士的长征叙述》，《书城》2012年第6期。

4. 《全球化还是地域化——读<下一个基督王国：基督宗教全球化的来临>》，载《宗教学研究》，2004年第4期。

5. 《检证〈南京大屠杀的历史检证〉》（与彭剑合著），载《抗日战争研究》2001年第1期。

6. 《如何看待中国近代史上的教案问题》（与章开沅合作，第二作者），载《人民日报·海外版》，2000年9月21日。新华文摘、人大复印资料等转载。

7. 评朱英《转型时期的社会与国家》，载《历史研究》1998年第5期。

8. 《铁证：章开沅与南京大屠杀研究》，《中国教育报》（社会周刊），1998年1月18日，第1－3版。