北京大学东方文学研究中心正式成立于2000年3月。

2000年年初，北京大学为配合院系调整，根据国家教育部下发的文件精神，决定在原北京大学东方学系暨东方文化研究所及其后成立的北京大学东方学研究院的基础上，重新调整研究力量，组建一个实体性的，专门从事东方文学研究的机构，即北京大学东方文学研究中心。中心成立后，即向教育部备案，并申报重点研究基地。

2000年6月，中心通过专家们的通讯评议。10月通过专家的实地评审。

2000年12月，国家教育部正式发文，批准东方文学研究中心为全国高校人文社会科学重点研究基地。

根据教育部《普通高等学校人文社会科学重点研究基地管理办法》，中心在人事上实行全员聘任制度和全员动态管理，现职的所有研究人员均在中心承担有各类正式立项的研究课题，按照“带（给）课题和经费进基地、完成课题后出基地”的要求进行聘任，并与中心签订有相应的聘任合同。