清康熙年间，忠臣何大人被将军杞献唐陷害，全家抄斩，只有其妻及女玉凤（黄杏秀）逃脱。玉凤为救其父，勇闯法场，连杀十三刀斧手，但终不敌受伤，被九难师太（又称“独臂神尼”）（李琳琳）救走。玉凤因此而得名“十三妹”。另一忠臣安大人也遭抄家之祸，只有其子安骥（汤镇业）逃出生天。

安骥与玉凤自小青梅竹马，二人于是结伴逃亡。众人路上巧遇逃婚之玉格格，九难师太洞悉双格格乃康熙之胞妹，欲藉此行刺康熙。御妹双格格（真情仙子——翁美玲饰）不懂世情，不知身份已被悉穿，反而爱上女扮男装之玉凤，弄得一场笑话。及后名医李妙生（任达华）之出现，双格格才将爱意转于妙生身上。杞献唐之女紫薇受父命混入玉凤等人当中作卧底，但紫薇却与安骥日久生情，因而发生一段三角恋爱。此时，康熙南下出巡，九难师太部署一切准备行刺康熙。杞献唐亦安排天罗地网，欲乘机把玉凤等人一网成擒。一场龙争虎斗也因此而展开。