十三衙门就是宦官衙门，主管也是宦官。

由清朝宦官吴良辅建议设立的机构，于清顺治十一年（1654年）设立。

设立“十三衙门”，在宫廷内侍奉皇室及其家族，以宦官为主管。

十三衙门乃仿明朝体例二十四衙门而设。其下即：司礼监、御用监、御马监、内官监（宣徽院）、尚衣监、尚膳监、尚宝监（尚宝司）、司设监、尚方监（尚方院）、惜薪司、钟鼓司（礼仪监、礼仪院）、兵杖局、织染局（经局）。

康熙元年（1661年），吴良辅等伏诛，裁撤十三衙门，另由上三旗包衣组设内务府，改尚膳监为采捕衙门，改惜薪司为内工部，又改御用监为广储司，宣徽院为会稽司，礼仪院为掌仪司，尚方院为慎刑司，采捕衙门为都虞司，内工部为营造司，又自掌仪司分出庆丰司。

清初，设内务府侍奉皇帝及其家族，入关后置内管领处。顺治十一年（1654），命工部立十三衙门，设司礼、御用、御马、内官、尚方、尚膳、尚宝、司设等八监，尚方、惜薪、钟鼓等三司，兵仗、织染二局，兼用满族官员与宦官主管。次年，改尚方司为尚方院。十三年（1656），改钟鼓司为礼仪监，尚宝监为尚宝司。十七年（1660），改礼仪监为礼仪院，内官监为宣徽院。康熙元年（1662），复设内务府，改尚膳监为采捕衙门，惜薪司为内工部。十六年（1677），改御用监为广储司，尚方院为慎刑司，采捕衙门为都虞司，内工部为营造司；二十三年（1684），又由掌仪司分立庆丰司，总称司，宦官之权皆归内务府。