2006年4月3日1时10分左右，琼琼海05098号渔船在南沙半月礁附近受风浪撞击，船体破裂触礁搁浅， 15名船员生命危在旦夕。琼海潭门边防派出所接警后发挥海上“110”作用，迅速协调船只赶赴出事海域救援，成功营救船上15名船员及船上价值近60万的物品。

据船长黄朝彬介绍说，当日1时10分左右，琼琼海05098号渔船生产作业抛锚停靠在南沙半月礁东经116°10′，北纬8°50′附近，由于受到强大风浪的撞击，船舱破裂，船体严重向靠近礁石一方倾斜，最终导致渔船触礁搁浅，如不及时营救，船上人员随时都有生命危险。

渔民的利益高于一切，接警后，潭门边防派出所一方面迅速将情况向上级和有关部门报告，一方面通过海上“110”核实有关警情，并联系到在南沙司令礁（别名：眼镜礁）生产作业的琼琼海09092号渔船，指令该船立即赶赴半月礁抢救。在官兵和09092号渔船的共同努力下，经过1个半小时的紧张奋战，09092号船将15名遇险船员成功救起，并安全返回潭门港，并为群众挽回价值60万元的损失。通过救援等可以看出半月礁在中方控制范围之内。

2012年05月03日14法制晚报消息，海南琼海市潭门镇渔民陈则龙说，“外国人甚至私自拔掉中国的界碑，去年我去半月礁还看到中国的界碑，今年就没看到了。”

对于菲律宾政府的这些指控，中国外交部发言人陈健解释说，中国在美济礁上的建筑，是“为了保护在南沙海域作业的渔民的生命安全，是一种生产设施”，“中国方面从无拘留，也无逮捕任何菲律宾船只，也没有在美济礁上建立任何军事基地”。

然而，菲律宾方面无视这些解释，随即做出军事反应，把所有的战斗机调到南沙群岛，在卡拉延增加驻军。并于三月底出动海军，把中国在五方礁，仙娥礁，信义礁，半月礁和仁爱礁等南沙岛礁上设立的测量标志炸毁。

甚至派出海军巡逻艇，在空军飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船，拘留了船上62 名渔民，指挥他们“非法进入菲律宾专属经济区捕鱼”，“非法破坏海洋自然环境”(注：盛力军：《中菲南沙之争的危险发展》，载《明报》月刊，1995年5 月号。)。5月13日，菲律宾军方蓄意将争议升级，组织了38名本国与外国记者，分别用船只和直升飞机载运到美济礁进行所谓的“采访”，企图使美济礁事件引起国际上的关注。

2012年7月11日19时许，中国人民解放军海军1艘护卫舰在南沙半月礁附近海域执行例行巡逻任务时意外搁浅，无人员伤亡，海军正在组织力量救援。杨宇军在国防部例行记者会上回答相关提问时介绍说，在南沙海域脱浅的海军护卫舰于2012年7月17日自航返回母港，有关部队正组织力量对装备进行检修，争取尽快恢复舰艇适航状态。该护卫舰搁浅的原因仍在调查之中。

2014年5月7日，菲律宾高级海警诺埃尔·瓦尔加斯说，该国海事巡逻警察6日在南沙群岛有争议的半月礁海域扣押了一艘载11名船员的中国渔船，具体地点在“菲律宾的专属经济区”内。

瓦尔加斯说：“这艘渔船目前被拖到（菲律宾西南的）巴拉望岛，菲律宾方面将在那里对渔船及有关人员提起诉讼。”据悉，被扣渔船上载约500只海龟。

渔船被扣地点距离巴拉望岛约100公里。海南省琼海市两艘渔船2014年5月6日上午10点“在南沙半月礁作业时，遭到不明武装船只拦截和鸣枪威胁”。几名不明身份的武装男子强行登上其中一艘渔船——“琼琼海09063”号，并向空中开了四至五枪。这些人随后控制了这艘渔船。

附近的另一艘渔船“琼琼海03168”号在看到武装人员后开始撤离该水域。在撤离过程中，又遭遇了另一艘武装人员的船只，但成功逃脱。

2014年5月6日10时左右，琼琼海09063、琼琼海03168两艘渔船在南沙半月礁作业时，遭遇不明武装船只拦截和鸣枪威胁。琼琼海03168渔船成功撤离该海域，另一艘渔船及11名渔民失联。

2015年6月10日，《德国之声》报道，菲律宾巴拉望省法院于6月8日下令释放了这些渔民。