清宣统三年(1911)武昌起义爆发后，赴武汉入革命军，英勇善战，后到九江任赣军敢死队副队长。民国2年(1913)7月，参加讨袁义军，任机关炮大队长。8月，讨袁失败后，卓仁机离赣，赴英国学习无线电技术，复入伯明翰飞机学校学习飞行。民国4年(1915)12月，卓回国参加护国反袁斗争。民国9年(1920)，随李烈钧由黔经湘入粤，拥护孙中山先生讨伐占据广东的桂系军阀。民国11年(1922)，追随孙中山取道江西北伐，任支队长。6月，陈炯明在广州叛变，入赣之北伐军回师讨陈，失败后退入福建。卓所在的部队因守卫乐昌九峰山，撤退不及，被陈炯明改编为粤军第一师第二团，卓任团长。民国11年(1922)12月，卓仁机奉命率第二团赴梧州配合陈济棠的第四团阻击拥戴孙中山的滇、桂、粤西路联军。卓仁机与营长张发奎商议，串同陈济棠团倒陈起义，投效孙中山。接着，与孙中山的西路联军会合，长驱直下，打到三水。原粤军第一师第二、四团扩充为两个旅，卓仁机任一旅旅长，陈济棠任二旅旅长，成为孙中山大本营的中坚力量。陈炯明退出广州后，仍在惠州一带负隅顽抗。民国12年(1923)8月，许崇智部在博罗遭陈炯明部围攻，危在旦夕。孙中山欲调滇军与李福林部前去解救，然均延宕不前，乃急调驻在台城的卓仁机旅。卓受命后，即率部急行军进入博罗城西笔架山，陈部见援军已至，乃仓皇退去，博罗之危遂解。不久，粤军整编，卓解除军职，被任为台山县县长。卸任后先后在上海、广州做古董生意，抗日战争时期曾在曲江任广东省驿运处副处长。建国后，卓仁机被聘为广东省文史馆馆员，以善于鉴别古陶瓷见称。1972年病逝广州。