明朝洪武四年（1371年）正月，下令在宫城内乾清宫东侧建造奉先殿，同年十月建成。

明朝洪武八年（1375年），朱元璋放弃营建中都的计划，集中力量修建南京。9月29日，下诏改建大内宫殿。此次修建，增设午门左右两阙（包括左右阙门）及左右掖门，在奉天门左右增加东西角门，并增建文华殿、武英殿等建筑。同年，改建太庙，前殿后寝，殿翼皆有两庑，寝殿九间，奉藏神主，为同堂异室之侧。

明朝洪武十年（1377年），建社稷坛、先农坛、山川坛、月将坛、太岁坛、星辰坛、日坛、月坛、祈雨坛。

明朝洪武十九年（1386年）十二月，将东南亚各国使臣及南方官吏进贡的大象，大多集中在南京聚宝门（今中华门）和通济门外一带，在南京城南的郊外“创置象房”。经过驯化后的大象，在需要时送进宫中进行表演（故南京外郭城门名有“大驯象门”、“小驯象门”之称谓）。

洪武门（1373年建造）。广场东侧为五部（刑部在皇城之北的太平门外），西侧为五军都督府。

明朝建文四年（1402年），靖难之役经四年战争，燕王朱棣攻破京师，结果“都城陷，宫中火起”，烧毁了奉天殿等宫殿，战乱中建文帝下落不明。

明朝建文四年（1402年），朱棣在南京即位，仍居于南京故宫中，后下令以北平（今北京）为行在，准备迁都。

明朝永乐四年（1406年），朱棣正式下令在北京元大内宫殿遗址上营建北京宫殿，据《明太宗实录》记载：“（北京故宫）凡庙社、郊祀、坛场、宫殿、门阙，规制悉如南京，而高敞壮丽过之。”

明朝永乐十八年（1420年），北京故宫基本竣工，九月初四，成祖定都北京，并遣户部尚书夏原吉往召皇太子及太孙，限期十二月底到北京。二十二日，又下诏：自下一年正月，改京师为南京，北京为京师，设六部，云行在之称。并取南京各印信给京师诸衙门，另铸南京诸衙门印信，全加“南京”二字。十一月初四，以迁都北京诏告天下。

明朝永乐十九年（1421年）正月初一正式迁都北京，十一日大祀南效，十五日赦。此后南京故宫仍作为留都宫殿，委派皇族和内臣管理。

明朝洪熙元年（1425年），朱棣长子、明仁宗朱高炽继位后欲迁都回南京。《明史·仁宗》就载：朱高炽“洪熙元年三月戊戌，将迁都南京，诏北京诸司悉称行在……四月壬子，命皇太子（即朱瞻基）谒孝陵，遂居守南京。”南京再次成为明朝的京师。朱高炽还下令重新修葺南京皇城，可是到了5月份以后，却因突发疾病而死。其遗诏道：“南北供亿之劳，军民俱困。四方仰咸南京，斯也吾之素心。”从中可见其所念念不忘的迁都南京之情。但这时候南京的皇宫整修工程仍在进行，至次年底才基本完成。

明朝正统十四年（1449年），夏六月天降雷雨，谨身、华盖等殿被雷电击中起火。

明朝成化二十一年（1485年）五月，“南京大风拔太庙树，摧大祀殿及皇城各门兽吻”。

明朝嘉靖元年（1522年），“秋七月，暴风雨，江溢，郊社陵寝宫阙城垣皆坏”。

明朝万历二十八年（1600年），传教士利玛窦在访问北京之后，将北京和南京作了一番比较：此一城市之规模，其房舍之布置计划，其公共建筑物之结构，以及其防御工事等，均远逊于南京。南京明故宫及城市规模可以想见。

明朝崇祯十七年（1644年），李自成率农民起义军攻陷北京，明思宗朱由检在北京殉国后，其弟朱由崧同年五月初一，骑马自三山门环城向东，拜谒孝陵和懿文太子陵，随后经朝阳门入东华门，谒奉先殿，出西华门，以南京内守备府为行宫。五月初二朱由崧根据明代宗即位的故事监国。五月初三庚寅自大明门入大内，至武英殿行监国礼。五月十五日，朱由崧即皇帝位于南京紫禁城武英殿，以次年为弘光元年。其国号依旧为“明”，史称“南明”改元“弘光”。然而此时的南京故宫内大多殿宇已经坍毁无存，南京太庙也早已被焚毁，弘光帝朱由崧进行了一些修复工作，兴建奉天门、慈禧殿等建筑。次年正月，又下令修奉先殿、午门及左右掖门，但五个月后，这位弘光帝还没来得及享受，清军就已进入南京。

清朝顺治二年（1645年），清军入关灭南明后，改应天府为江宁府，为两江总督署所在，将南京故宫改为八旗驻防城，设置将军及都统二衙门于南京故宫中，还从太平门至通济门加筑城墙予以隔离，使南京故宫建筑遭到很大破坏。

清朝康熙二十三年（1684年），玄烨首次南巡，到达江宁，见到残破不堪的“明时故宫”大为感慨，作《过金陵论》一文写道：“道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣残壁矣！……顷过其城市，闾阎巷陌未改旧观，而宫阙无一存者，睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶！”

清朝康熙三十八年（1699年），经康熙批准，拆南京故宫宫殿琉璃瓦、九龙藻井、丹陛等物发往浙江菩陀山法雨寺建成九龙大殿（又称圆通殿），拆除南京故宫琉璃瓦12万张，仿南京故宫九龙殿盖成。法雨寺中还保留了原本为南京故宫的丹陛、栏板、九龙藻井以及大量的屋顶琉璃瓦、琉璃构件，每一件都十分精彩，弥足珍贵。其中最为珍贵的是从南京故宫大殿拆来九龙藻井，被安置在法雨寺九龙殿内中间顶部，九条木雕金龙依然完好，经过修葺但还基本保持原样。

清朝咸丰三年（1853年）3月29日，太平天国定都南京，改名天京，但没有使用南京故宫作为宫殿基址，而是在两江总督府衙旧址的基础上修建新宫，此间拆取南京故宫大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，南京故宫的宫殿和宫墙已基本无存。

清朝同治三年（1864年）7月19日，天京失守，随后湘军攻破天京后，太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火，南京故宫再次遭到破坏。

清朝咸丰、同治年间，由于太平军与清军的作战运动，南京故宫又经受一次较大的破坏，除地下埋藏的石构件基础外，几乎只剩下一片残垣碎瓦、蛇鼠出没的废墟。1881年至1884年间，左宗棠在南京故宫内五龙桥的北面方孝孺殉节处建方孝孺祠纪念。

清朝宣统三年（1911年），英国人法雷斯从南京故宫遗址中拆走七块石刻和三对石狮，运往下关扬子饭店进行装饰。

民国四年（1915年）6月，在韩国钧的倡议下，位于明故宫五龙桥北侧的方孝孺祠旧址上，又兴建了一幢坐北朝南的二层五楹楼房，这就是南京古物保存所，该所面向社会陈列展览后，很快便成为普及民众教育的公共场所。

民国十三年（1924年），因需要建造明故宫机场，南京午门（午朝门）双阙遭到拆除，仅保留下一座三孔门洞，之前午门之上的五凤楼也早已毁圮。

民国十六年（1927年）底，国民政府航空署在明故宫遗址清理瓦砾，修建完成明故宫机场。机场面积120万平方米左右，可供“可塞机”起落。

民国时期，南京国民政府《首都计划》中曾计划以南京故宫地区为中央行政区，后由于财力和战争的原因，该计划没有全部实现，只是在南京故宫遗址范围内修建中国国民党中央监察委员会（现为南京军区档案馆）和中国国民党中央党史史料陈列馆（现为中国第二历史档案馆）。

民国十八年（1929年），国民政府为迎接孙中山先生灵榇奉安钟山，归葬中山陵，修建迎榇大道，开工时命名中山路，亦称中山大道，中山东路横跨奉天殿广场，把遗址分为南北两部分。

民国二十一年（1932年），原国民党主席林森，对南京故宫和明孝陵的建筑遗址钟爱有加，他在修建自己的别墅“桂林石屋”时，从南京故宫遗址上“调用”一批精美石雕装饰在石屋前，抗日战争时期该石屋被日军炸毁，尚存半壁框架，以及部分南京故宫建筑遗构。桂林石屋遗址仍保留相当一部分南京故宫遗迹，有柱栏、石螭等石雕。

民国二十六年（1937年），日军占领南京后，炸毁了古物保存所，亦对明故宫文物进行劫掠。

民国三十六年（1947年）6月，国民政府在还都南京后，又对明故宫机场进行扩建，拓长跑道、新建候机室。至1956年7月，南京军用机场由明故宫迁至大校场。

南京故宫是以皇城与宫城为主体、以一系列建筑旨在突出皇权“神圣”为内容、以全国最高中央行署机构为大明帝国的核心区域，由皇城与宫城两部分组成，合称皇宫。皇城在外，宫城在内。

宫城是皇帝起居、办理朝政、接受中外使臣朝见以及皇室成员居住之地，又称大内、内宫，俗称紫禁城、紫垣，是南京四重城垣最里一重，有御河环绕。宫城坐北朝南，平面略呈长方形，主体南北长约0.95千米，东西宽约0.75千米，周长约3.4千米，围合面积1.16平方千米，城高11米，基宽8米，顶宽7米，垛口2370个，城门4座：正门为午门、西门为西华门、东门为东华门、北门为玄武门。

皇城是中央行政机构和国家宗庙、祭坛的所在地，也是中国封建统治中枢的象征。皇城与宫城以及所囊括的建筑，合称为“皇宫”，是南京四重城垣有里向外的第二道城垣。作为护卫宫城最近的一道城垣，皇城环绕宫城，但并非等距而建。永乐年间拓皇城西垣，致使西华门至西安门的距离，要比东华门至东安门的距离长一倍左右。皇城坐北朝南，平面呈倒凸字形，主体南北长约2.7至3千米，东西宽约2至2.2千米，周长10.23千米，围合面积约6.53平方千米，城高11米，基宽8米，顶宽7米，城门7座：洪武门、长安左门、长安右门、承天门、东安门、西安门、北安门。皇城的范围东起今南京机电学校与南京博物院以西一线，西至竺桥、逸仙桥以东，南到光华门，北至佛心桥一带。

皇城，是护卫宫城最近的一道城垣，环绕宫城等距而建。皇城的正南门为洪武门，位于京城正阳门内北面，进洪武门后，为南北向的千步廊，两边建有连续的廊屋，由南而北，到承天门前的横街分别转向东西而成为曲尺形。千步廊后面两侧为“五部六府”中央官署的所在地。御道西侧为高级军事指挥机构，包括中、左、右、前、后五军都督府，以及太常寺、通政司、锦衣卫、旗手卫、钦天监等；御道东侧为中央高级官署，包括宗人府、史部、户部、礼部、兵部、工部，以及翰书院、詹事府、太医院等。御道尽头为外五龙桥，桥下为外御河，桥前东为长安左门，西为长安右门，桥后为承天门。承天门虽是建在皇城的正南，实际上是进入宫城的正南第一道门。

承天门后为端门，端门两旁的御道东西两侧，建有南北向的宫墙，把东面的太庙、西面的社稷坛隔在外头，使得这条御道更加森严，成为通向宫城的惟一交通线。端门往北即为午门。承天门前南北走向的皇墙上，建有衔接长安街东、西相向的长安左门和长安右门。在皇城主城的东面为东安门，西面为西安门，北面为北安门。皇宫内、外的河道上，除了建有内、外五龙桥，还在长安左门外附近建有“青龙桥”，在长安右门外附近建有“白虎桥”，即堪舆术中常用的所谓“左青龙，右白虎”之制。在皇城西南角的皇墙下，为宦官诸监所在地。其他各司、局、库、房、厂等为朝廷服务的机构，有的设置在宫城里，有的设在皇城内。

从午门入，有宫墙环绕，过内五龙桥，桥下为内御河，桥后为奉天门。奉天门左有东角门，右有西角门，门上都有楼阁。东角门的南边有左顺门，可通文华门入宫城左路抵文华殿（太子讲学处则称“大本堂”，疑在文华殿一侧），亦可通东华门；西角门的南边有右顺门，可通武英门入宫城右路抵武英殿，亦可通西华门。

过奉天门由南向北依次建有奉天殿、华盖殿和谨身殿三大殿。奉天殿殿旁东有中左门，西有中右门。左庑向西为文楼，右庑向东为武楼。奉天殿后为华盖殿，再向后是谨身殿，殿旁东有后左门，西有后右门。以奉天殿、华盖殿、谨身殿三座大殿，构成了宫城“前朝”的主体部分。后来北京故宫的太和、中和、保和三殿，就是模仿奉天、华盖、谨身三殿建造的。

往北过乾清门即进入宫城的后廷部分，后廷南面正中的大门为乾清门，门外左右各有金狮一座，乾清门内为乾清宫大殿。宫殿左边有日精门，右边有月华门，殿的东西有斜廊，廊后左边有东暖阁，右边有西暖阁。乾清宫后为坤宁宫，坤宁宫东、西两侧为东六宫、春和殿和西六宫、柔仪殿、西宫。在春和殿西侧还有御花园。“前朝”与“后廷”相结合，组成“朝廷”。

此外，宫城内还有大本堂，位于柔仪殿旁的奉先殿，位于奉天门之东的文渊阁，位于后宫西北角的御花园，位于坤宁宫后的内花园，以及一座不算太小的“动物园”。南京宫殿上的所有坊额、匾额，据称统一由詹希源手书。宫城城墙的城砖，早期由军工夫在应天府当地烧造，后来在改筑宫城时使用了一些其他地方烧造的城砖。当下，后宫一带保留下来的遗迹，只有当年后宫西北角御花园中的一座假山（部分石刻及构件，现已被搬移到太平门外白马公园内）。

中央一级官署，基本安置于皇城洪武门内千步廊的两侧。从南向北来看，千步廊东侧为工部、兵部、礼部、户部、吏部、宗人府，千步廊西侧为太常寺、后军都督府、前军都督府、右军都督府、左军都督府、中军都督府，基本按照文左武右的格局。《洪武京城图志·序》称之为：“六卿居左，经纬以文；五府处西，镇静以武。”

千步廊后，东侧置有东城兵马司、太医院、詹事府、翰林院；西侧置有钦天监（其测候台设在鸡笼山）、旗手卫、锦衣卫、通政司。在中央官署六部中，只有刑部没有设在洪武门内。刑部、都察院和大理寺并称“三法司”，设置在南京太平门外的后湖（玄武湖）太平堤西侧，以象征“天牢”的贯城所在。据称：“三法司门往北一带，旧有大墙，总括三法司、京畿道在内。”这里的“大墙”虽不能与宫城、皇城、京城以及外郭城墙相比，但其耗用的建材和民工，相当可观。

当时朝廷全面负责南京建造的机构是工部，且作为其首要的任务。具体负责南京建造工程的单位是营缮所，仍归工部管辖。该项所位于南京通济门大街上。朱元璋自“旧内”迁入“新宫”后，原来居住的元御史大夫宅成为应天府署的所在地。其他相当数量的中央及地方官署，散布于南京城的各个地方。

在建造殿堂坛庙时，用心良苦，建造极为讲究。以祭祀的坛庙为例，先后建造、改建过的主要祭祀坛庙有：圜丘、方丘、天地坛，社坛、稷坛、社稷坛，太庙、帝王庙、功臣庙等，约20多座散步于京城各处。

除了上述这些主要殿堂坛庙之外，在南京最集中建造的庙宇是在鸡笼山南边山脚下的祭庙，共建有十二座庙。除帝王庙和功臣庙外，分别是真武庙、蒋忠烈庙、都城隍庙、祠山广惠王庙、汉寿亭侯庙（关羽庙）、五显灵顺庙、卞忠贞公庙（卞壶庙）、刘中肃王庙（刘越王庙）、卫国中肃公庙（元卫国公庙）、曹武惠王庙等，统称“十庙”。集中排列在鸡鸣山下的祭庙和所祭祀的对象已远远超出了一般庙宇的功能。南京建造的坛庙不仅于此，在金川门外设置的龙江坛、定淮门外设置的晏公庙、神策门外设置的无祀鬼神庙、狮子山上设置的徐将军庙等等数不胜数。明南京城建造的这些用于祭祀的殿堂坛庙，反映了当时民众对这种社会文化的认同程度，为京城的官员和百姓们提供了精神寄托的场所。

南京故宫的建设根据中国古代都城营造传统的“堪舆术”。在“中国即天下，天下即中国”传统政治理念的影响下，中国古代天文学家，根据对天象星座的长期观察，将环绕北极和比较靠近中国周围上空的星象，分为三垣、二十八宿。所谓“三垣”，是指环绕在北极和比较靠近头顶天空的星象，分紫微、太微和天市三区，由于各区都有东西两藩的星，围绕成城垣的样子，故称“三垣”。

南京故宫的宫城，依照“紫微垣”布局。紫微垣“天帝坐也，天子之所居”，故而用紫宫来当宫城的名称，意为“以北极星为中心的紫微垣城”，又因宫廷之内门户有禁，故又被称为“紫禁城”。紫微垣内有华盖，位于北极的北面，南京故宫城内三大殿的中殿取名“华盖殿”。南京故宫的皇城，依照“太微垣”布局。太微即“政府”之意，星名亦多用官名命名。南京皇城内与太微垣相对应中央官署的布局是：千步廊东（左）西（右）两侧均为大明帝国的中央政府所在地；端门为太微垣的南门，皇城内故亦设端门。由于天市垣东西两藩以战国时期各地诸侯而命名，故将皇城城垣中除南边的城门外，东西北三面分别为“东安门”、“西安门”、“北安门”，当有其寓意。所以明南京的皇城、宫城的布局融入了中国古代天文“三垣”文化的内涵。

在宫殿形制上，大明力图恢复汉族文化传统的政治主张，集中表现为遵循礼制。即建筑形式按照礼制建设：例如采用三朝五门，即《礼记》郑玄注所称，周天子及诸侯皆有三朝：外朝一，内朝二；天子有五门：外曰皋门，二曰雉门，三曰库门，四曰应门，五曰路门。但实际上，自战国以后，都城宫室制度中，循此制者无几，直到唐朝始有其意。这就是唐西内有五门（承天门、太极门、朱明门、两仪门、甘露门）和三朝（外朝奉天门、中朝太极殿、内朝两仪殿）。元失此制，明南京皇宫则又用此制，其五门为：洪武门、承天门、端门、午门、奉天门，三殿为：奉天殿、华盖殿、谨身殿。后妃六宫，按周礼，“天子后立六宫，……御妻以听天下之内治以明章妇顺。……夫人虽不分六宫，变分主六宫之事，或二宫则一人也。”南京皇宫在历史上两次建立后妃六宫以交序列的形制，以趋合礼制的要求。关于门阙，《礼记》有“以高为贵”的规定。早在秦汉时期，高台建阙（观）就作为一种礼仪性的设置，标表入口以壮观瞻。南京皇宫午门采用“冂”形高大门阙便是吸收这种传统建筑形式建成的。通过门阙的体量和所组成的空间，体现皇帝所需的崇高与威严。

此外，还刻意借“天道”来加强礼制在宫殿建筑上的作用。所谓“礼者天地之序也”。“故人者，其天地之德，阴阳之交，鬼神之会，五行之秀气也。帮天秉阳，垂曰星，也秉阴，穷于山川。播五行于四时和而后月生也。……故圣人作则必以天地为本，以阴阳为端，以四时为柄，以曰星为纪，以月为量”。讲究天人感应和礼制秩序的大明帝国，在南京宫殿中极力利用这些原则来强化皇帝至高无上的地位和礼制的权威。如在正殿之后建立乾清、坤宁二宫，象征帝后犹如天地；在乾清宫之左右立“日精门”、“月华门”，象征日月陪衬于帝后之左右；在东安门外者曰青龙桥，在西华门外者曰白虎桥，取自星宿二十八宿，以象征天津之横贯。在建筑的称谓上也采用一些拟天的象征手法，如前朝正殿名为“奉天”，意为奉天命而统治天下，明朝人的解释是“明人主不敢以一人肆于民上，无往非奉天也”，以此强调新王朝的合法性与权威性。“华盖”本是星名，古称天皇大帝座上的九星叫“华盖”，象征大明统一天下是应帝星之瑞。“谨身”是说皇帝加强自身修养。

南京故宫在选址上顺应自然，权衡各种利弊作出最佳选择宫城卜地于钟山之阳，北倚钟山的“龙头”富贵山，并以之作为镇山，放弃了对平坦的中心地带——原六朝及南唐宫殿旧址的利用，而采用填湖造宫的办法。究其原因，不外是“（旧内）因元南台为宫，稍庳隘”，不符合新王朝的要求，且旧城居民密集，又有诸多功臣府第，大量拆迁有关人心向背；加之南京属丘陵地带，平地难寻，而因地就势依山而建，能创造出气象宏伟的效果。这种选址，在金陵有历史先例可循，六朝宫城便是选择在鸡笼山、覆舟山下的一片高河漫滩上，东濒青溪，西达五台，鸡笼山和覆舟山就旬天然屏风拱卫于宫城之后。明代南京皇宫以富贵山作为依托，并巧用原来的东渠作为皇城西城隍，将午门以北的内五龙桥、承天门以南的外五龙桥和宫城城濠与南京城水系相互连通，取得人工和自然相互辉映的效果。而宫城偏于城之东，则可减缓居中布局常带来的交通阻塞问题。因此南京故宫选址是综合考虑地形地貌和社会心理因素而进行决策的结果。

南京故宫开创了皇宫自南而北中轴线与全城轴线重合的模式。南京宫殿和衙署都沿着这条轴线结合在一起。从《洪武京城图志》载京城图中可见，以南端外城的正阳门为起点，经洪武门至皇城的承天门，为一条宽广的御道，御道两边为千步廊，御道的东面分布着吏部、户部、礼部、兵部和工部等中央行政机构（只有刑部在皇城以北太平门外），西面则是最高的军事机构——“五军都督府”的所在地。御道心头承天门前是长安左、右门形成的东西横街——长安街（广场）和外五龙桥，向北引延，经端门、午门、内五胧桥至奉天门，进入宫城。经三大殿两大宫抵宫城北门玄武门，至皇城北门北安门出皇城，正对钟山“龙头”富贵山，而以者城的太平门为结束。这种宫、城轴线合一的模式，既为南京特殊的地理条件使然，亦突出地表达出封建集权统治唯我独尊的精神。南京故宫是隆崇封建集权统治和严格的礼制秩序的典范，也是呼应天象、结合自然、顺应地势布置城、宫的杰出典型，成为后来明中都和北京城的设计蓝本，并且深远的影响了中国明代王府、韩国首尔景福宫、越南顺化紫禁城、琉球国首里城等宫殿建筑的形制。南京故宫的建筑风格、装饰风格为中国明清官式建筑的样板，影响至今。

1949年4月23日，南京解放后刘伯承、陈毅等同志即邀请有关专家、学者座谈，征求保护意见。与会者一致认为这是中国历史上重要的明朝皇宫遗址，应该予以保护，因此决定将约350个石础就地深埋，埋入路北侧中轴线及其两侧；将中山东路北侧约60万平方米的地辟为南京军区教练场进行保护；并将当年被英国人法雷斯劫至下关扬子饭店的石雕运回遗址重加修整。

1964年初春时节，在南京故宫玉带河的疏浚工程中出土一块珍贵的白釉红彩龙纹盘，明代洪武年间的陶瓷龙纹存世稀少，弥足珍贵，而南京故宫出土的白釉红彩龙纹盘最具代表性。

1990年代，南京军区教练场迁出明故宫遗址，仅恢复南北中轴线部分。

1995年8月中旬，在明故宫皇城遗址内，玉带河西侧施工工地发现一口古井。井直径3米，井壁使用了楔形砖砌成，古井早年荒废，在淘井过程中发现井底横放一排方木，在木排上淤泥中出土了一批白瓷，有白釉瓷盏、白釉瓷盘、白釉瓷爵杯和中国首次发现在白釉上用红色书写“赏赐”的梅瓶，这是中国惟一的一件明赏赐梅瓶，现存于南京博物院，为国家级国宝藏品。特别是白釉瓷爵杯，是帝王祭祀用品，生产数量极少，非常珍贵。这批白瓷的出土，证明了明早期洪武官窑的存在，反映了明早期白瓷的面貌。

1997年5月，为配合江苏大剧院工程选址，南京博物院在明故宫遗址公园北部进行局部考古发掘，发现明故宫三大殿中谨身殿的建筑台基。后原选址于明故宫遗址地区的江苏大剧院改址另建。

2001年，发掘出西华门遗址，仅存三座门券的须弥座和砖石路面，这使得西安门被长期以来被误传为西华门的现象彻底被证实。从位置上来看，西华门紧邻护城河；从形制上来看，西华门仅存的须弥座和东华门一模一样。

2003年6月，南京航空航天大学的建设工地发现一座古水井，出土了大批明代珍贵文物，其中有件龙泉青瓷大罐，制作甚精，堪称明代龙泉青瓷少有的发现，对于探讨明代龙泉官窑烧造以及元明龙泉青瓷器型演变具有重要意义。

2005年和2006年，对明故宫遗址地区进行环境综合整治。

2010年7月，在御道街施工时意外上发现南京故宫端门遗址，处于南北方向，在城墙的北侧，有一道东西走向的明代城墙的排水沟。

1956年10月，明故宫遗址被公布为江苏省文物保护单位。

1986年3月，经南京市人民政府批准，成立南京明故宫遗址公园筹建处。

1992年5月，南京明故宫遗址公园建成并正式对外开放，占地67000平方米，由中轴线绿地和东西两侧林带组成，园内建有南、北大门、三大殿象征性殿基和明故宫展览馆等。

1998年2月，遗址公园南部分建成临时性市民广场免费对外开放。

2000年7月，南京市人民政府决定对遗址公园重新规划建设，基本恢复了原来的景观，对外免费开放。

2005年5月，南京市人民政府投资对遗址公园实施环境综合整治，拆除了游乐设施和临时经营用房,新建了北门东西角亭，新增树木700余株，基本形成遗址性公园景观。

2006年，明故宫遗址正式升级为全国重点文物保护单位，同年南京午门防渗维修完成，以确保排险成功。

2011年，南京市人民政府规划论证新的保护利用明故宫遗址的方案，并打造成国家级遗址公园。

2012年7月，在南京明故宫遗址公园概念性规划设计方案国际竞赛中，《南京明故宫遗址保护总体规划（2012～2032）》东南大学规划方案胜出。

2014年午朝门公园纳入南京城墙保护管理中心统一管理，2019年明故宫遗址公园纳入南京城墙保护管理中心统一管理。

2015年2月初，国家文物局公布《关于明故宫遗址核心区环境整治及重点遗迹标识展示工程立项的批复》。

2021年10月12日，入选国家文物局《大遗址保护利用“十四五”专项规划》“十四五”时期大遗址”名单。

2022年作为城墙中心分支机构的明故宫遗址管理处重新设立统一管理明故宫遗址，直接管辖面积为97000平方米。

开放时间：全天

门票：免费

公交：明故宫站：17路、65路、115路、118路、Y17路、观光巴士东郊1线

明故宫东站：5路、34路、34路区间、55路、Y5路、观光巴士东郊1线

明故宫西站：5路、34路、34路区间、55路、65路

明故宫南站：17路、65路、115路、118路、Y17路

后宰门南站：17路、Y17路

地铁：南京地铁2号线 明故宫站