2000年8月，山东省人民政府决定：正式设立“山东南山职业技术学院”，列入国家计划内统一招生。

2002年7月，学校被国家教育部、劳动社会保障部、国家经贸委评为“全国职业教育先进单位”。

2003年8月，经山东省人民政府批准，向教育部申请建立烟台南山学院。

2004年4月，位于龙口市渤海之滨的南山大学园区开工奠基。

2004年12月6日至10日，学校在山东省高职院校和成人高校人才培养工作水平评估中学校被评为优秀。

2005年2月，学校被山东省教育厅确定为山东省骨干示范性职业技术学院。

2005年3月，教育部同意在南山职业技术学院的基础上建立烟台南山学院，撤销原建制，批准学校实施本科教育为主，同时可举办专科层次的高等职业教育。12月，学校被省教育厅、财政厅等部门联合授予“全省职业教育先进单位”荣誉称号。

2009年4月，山东省人民政府学位委员会批准学校为学士学位授予单位，机械设计及自动化等六个专业增列为学士学位授予专业。

2010年1月，学校被山东省人民政府确定为“山东省企校合作培养人才先进单位”。

2016年12月，学校正式通过普通本科高等学校本科教学工作合格评估。

2017年11月，学校被确立为硕士学位授予立项培育建设单位。12月，学校获“2017年度中国纺织行业人才建设优秀院校”。

2021年4月，齐鲁医院南山分院作为烟台南山学院附属医院正式揭牌。

截至2023年11月，学校有专任教师1300余人，专任教师中具有硕博学位教师占比79.2%；具有高级职称教师占比32.5%；具有企业工作或实践经历的双师型教师占比51%。拥有全国模范教师、全军优秀教师、山东省优秀教师、国家科技进步奖获得者等高层次人才12人；曾任教育部高等学校教学指导委员会委员4人；学校有烟台市“双百计划”人才（团队）4个，专业与企业联合组建教学团队53个，与山东南山铝业等企业，建设双师型教师培训基地9个。

截至2023年11月，学校下设12个二级学院，有59个本科专业。

截至2023年3月，学校有省级特色专业7个、一流本科专业6个，校级一流专业17个。7门课程被认定为山东省一流本科课程；培育课程思政示范课程30余门，获省级以上立项6项，获省级以上课程思政教学比赛奖7项；国家级学会优秀教材奖5部，省级产业学院1个。

2019-2020学年，学校共出版各类教材6部、专著10部，获教育部产学合作协同育人项目10项，申获烟台市校地融合发展项目2项。

2019-2020学年，学校学生获得省级及以上学科竞赛奖励407项，其中国家级51项，省部级356项，获得文艺、体育竞赛获奖比赛奖励省部级及以上107项，其中国家级58项，省部级49项。3部教材获全国教材建设及全国专业教育学会优秀教材二、三等奖。

2022年，大学生学科竞赛共获得省级以上奖励1112项，其中国家级一等奖25项，国家级二等奖66项，国家级三等奖97项，国家级优秀奖41项；省级特等奖11项，省级一等奖126项，省级二等奖253项，省级三等奖432项，省级优秀奖61项。

截至2023年11月，学校获省级以上课程思政教学比赛奖7项；国家级学会优秀教材奖5部。

截至2023年11月，学校有7个研究所，15个应用型科研团队，山东省高校优势学科人才团队1个，有山东省工程研究中心1个、山东省高等学校协同创新中心1个、山东省高等职业院校应用技术协同创新中心1个、山东省功能纺织品协同创新中心1个、山东省高等学校工程研究中心2个、山东省高等学校“青年创新团队发展计划”2个、山东省“十三五”高等学校科研创新平台2个、山东省社会科学普及教育基地2个、烟台市工程实验室2个。

2019年，学校获批立项科研项目100余项，获3项山东省自然科学基金项目立项，2019年度烟台市社会科学规划研究项目54项获批立项，发表论文70余篇，国家授权发明专利20余项。

2020年，学校4项成果获2020年度山东省高等学校优秀科研成果奖获奖，其中科技类1项，人文社会科学类3项。获批4项山东省自然科学基金项目，获资总经费85万元。7项国家发明专利实现转移转化。

截至2023年11月，学校承担科技部重点研发计划项目、国家自然科学基金、国家社会科学基金、教育部人文社会科学研究规划基金项目、山东省重点研发计划项目、山东省社会科学规划研究项目等省部级及以上科研项目56项。承担高水平应用基础研究和应用技术研究项目188项；授权国家发明专利88项，科技成果转移转化率达36.78%，其中校企联合申报的发明专利获第四届山东省专利奖一等奖；厅局级及以上科研奖励43项。

截至2020年12月，烟台南山学院图书馆馆藏纸质图书2107896册，生均纸质图书59.19册，电子期刊435472册，数字学位论文4217651册。

《烟台南山学院论丛》是山东省教育厅主管的民办特色期刊，2019年由《烟台南山学院学报》名称变更为《烟台南山学院论丛》。

学校加快对外开放步伐，拓展交流合作渠道，扩大国际化办学格局，积极开展对外人才培养、学术、科技和文化交流。与墨尔本大学、东京大学、香港大学、马来西亚沙捞越大学、北苏门答腊大学、檀国大学、釜山外国语大学、大邱大学、忠北大学、神户国际大学、乌法国立石油技术大学等十余所国外高校合作，开展游学、交换生、本升硕、联合培养等项目。各学科专业积极整合国际优质教育资源，优化人才培养模式，与澳大利亚联合进行在线课程建设，与韩国开展专业联合授课，与俄罗斯联合实施国际合作科研项目，分别联合韩国、日本召开双边学术交流会。2022年获批山东省国际合作交流项目“从全球化视点看亚洲共同体现状”，烟台市教育、科技合作交流项目“中日韩国际学术交流项目”；2023年获批烟台市国际合作研究创新平台“烟台南山学院中日韩国际数字化康养文旅创新中心”；2023年分别建立韩国、马来西亚海外引才工作站，积极探索“人才培育-海外引才”的闭环路径。

校徽内环上方的中文是学校的中文名称，校徽内环中间的图案是山和图书的艺术图案，图案下方的数字是学校的创建时间，内环下方的英文是学校的英文名称。

立德 求是 笃行 创新

烟台南山学院设有东海、南山两处校区，占地面积3028亩，校舍建筑面积82.38万平方米。

东海校区位于山东省烟台龙口市东海旅游度假区大学路12号，建有教学楼、图书馆、饮食广场、体育场、大学生活动中心、健身房、游泳馆、学生宿舍楼等。

南山校区位于山东省烟台龙口市南山工业园南山中路1号，建有图书馆、教学楼、学生宿舍，紧邻商业街。

东海校区图书馆为纪念当地名人宋富元而被命名为富元图书馆，是设计壮观的现代化图书馆，也是烟台南山学院的标志性建筑。