《南山集》原刻本遭禁毁已不可见，但它为作者在历史上留下了铮铮文名。而在《南山集》案中首告戴名世的赵申乔，无论他与戴有否嫌隙，为了对朝廷表忠诚而不惜致人于罪，毕竟难免有邀功请赏之嫌，且祸及数百人，酿成一个大肆迫害文人学士的文字狱案，因此赵申乔颇为士林所不齿。而戴名世的著作虽遭焚毁，沉冤数百年，但后人对其人品文章都十分景仰，以致于其后的一百几十年中，清朝统治者虽上下搜索，几令禁毁，但《南山集》仍不断被人们秘密传抄，不时变换名称在民间出现。为逃避迫害者的耳目，人们将其改名为《潜虚先生文集》流传于世。清中叶道光以后，清廷对文化的控制有所松动，所刻版本逐渐增多。戴名世生前所刊印的《南山集偶抄》所收文章仅百十余篇，其数量仅占戴氏全部著作的五分之一。作者死后，陆续有人搜集整理其遗作，如道光年间其族人戴钧衡编《潜虚先生文集》，光绪年间张仲沅编《戴南山先生古文全集》等，后来又有许多翻印本。然诸书中均有脱漏讹误。今中华书局《戴名世集》，乃王树民以张氏刻本为基础，兼取见于各本而为张氏未收之文、及作者部分手稿，汇集成书。全书共十五卷，以文体分类，收集完备，是目前最为流行的本子。

康熙五十年（公元1711年）十月，左都御史赵申乔以“狂妄不谨”的罪名弹劾戴名世，谓其“妄窃文名，恃才放荡，前为诸生时，私刻文集，肆口游谈，倒置是非，语多狂悖，逞一时之私见，为不经之乱道，……今名世身膺异教，叨列巍科，犹不追悔前非，焚书削板；似此狂诞之徒，岂容滥侧清华？臣与名世，素无嫌怨，但法纪所关，何敢徇隐不言？……”

康熙皇帝命刑部审核此事。刑部官员从《南山集》的《与余生书》中找到了“罪证”。《与余生书》是戴名世写给他的一个门人余湛的。余湛曾偶然同僧人犁支交谈，说及南明桂王之事。犁支本是南明桂王宫中宦者，桂王被吴三桂所杀后，他遂削发为僧，皈依佛教。犁支是亲自经历过南明朝之人，他所述之事应当比较可靠。戴名世得知此消息后，忙赶至余生处，但犁支已离去，二人未能晤面。戴名世于是嘱咐余生把所听到的情况写给他，并与方孝标所著《滇黔纪闻》加以对照，考其异同，发现了一些可疑之处。于是戴名世又写信给余生，询问犁支下落，欲与其“面谈共事”。这就是戴名世因而获罪的《与余生书》的由来。

其书中云：“……昔者宋之亡也，区区海岛一隅，仅如弹丸黑子，不逾时而又已灭亡，而史犹得以备书其事。今以弘光之帝南京，隆武之帝闽越，永历之帝两粤、帝滇黔，地方数千里，首尾十七八年，揆以春秋之义，岂遽不如昭烈之在蜀，帝昺之在崖州，而其事渐以灭没？……”《与余生书》直接写出了南明政权弘光、隆武、永历三壬年号，且信中又将南明小王朝与三国时期偏居川中的蜀汉、南宋末年退守崖州的宋帝昺相提并论。这毫无疑问触动了清统治者敏感的政治神经。康熙龙颜大怒，刑部遂穷究猛治，以“大逆”定狱，提出了株连九族的惩办意见，拟将戴名世凌迟处死，其“弟平世斩决，其祖、父、子孙、兄弟、伯叔父兄弟之子，俱解部立斩，其母女妻妾姊妹、子之妻妾、十五岁以下子孙、伯叔父兄弟之子，给功臣为奴”。康熙五十二年（公元1713年）二月又下诏“法外施仁”，把戴名世凌迟改为斩首，其家人等皆加恩宽免。

与此事有瓜葛被株连者甚众。为刻《南山集》出资的尤云鹗、刻《南山集·孑遗录》的方正玉、为《南山集》作序的方苞等人以绞刑论处。后来康熙又出于收买人心的需要，将原定处死的近百人改为流徒黑龙江宁古塔，罚入汉军旗籍。这时余湛已先死于狱中。后来康熙得知方苞擅长古文，是个难得的人才，遂又下令将其召回，赦免其罪，加以任用。又因《南山集》多采用方孝标《滇黔纪闻》中所载南明桂王明史事，遂牵连至方氏宗族，一并治罪。当时方孝标已经去世，亦因《滇黔纪闻》文字案被剖棺戳尸，妻儿等人被发配流放于黑龙江（后亦被宽免），财产尽没入官。《南山集》案牵连人数达三百人之多，是清前期较大的一桩文字狱案。而戴名世、方孝标的所有著作及书板被清查以烧毁，列为禁书。戴名世死后，由其弟辅世自京扶梓回故里，葬于所居南山冈砚庄之南。

戴名世究为何故被赵申乔参劾，二人是否真如赵申乔在奏疏中所特意声明的“素无嫌怨”？《南山集》一案是否罚不当罪，又何故牵连人数如此之广？历来说法纷陈。清末民国初人周贞亮在无名氏《记桐城方戴两家书案》辩证后所附“识语”说，戴名世会试时名列第一，殿试却屈居第二，仅为“榜眼”，而状元赵熊诏就是赵申乔之子；且戴名世在士林中素享盛名，赵熊诏则才名不显，当时不少人传言赵因贿赂而为状元，赵申乔故先发制人，罗织罪名置戴于死地，以断他人追究之想、塞他人议论之口云云。这一传闻听来虽不为无理，但真凭实据却难以稽考。戴名世与明末清初时的一批遗民毕竟是不同的，他是清王朝科举进士，他早年与清廷不合作的态度到了后期已发生明显转变。他于桐城南山砚庄“隐而复出”，就是他改变态度与清廷合作的突出标志，他已经开始积极为清政府服务了。

《南山集》一案，究其原委，只是因为戴名世《与余生书》中叙弘光帝南京一段，并于文中书“永历”年号等；至于《孑遗录》，虽然记述了明季桐城被兵乱始末，有弘光年号，但也并无特别直接触犯清廷权威的言论。对于南明年号问题，乾隆四年曾修明史，特别到了嘉庆朝，皇帝特谕：甲申以后存福王年号，丙戍以后存唐王年号，戊子以后存桂王年号。这实际上已经不存在因写南明年号而获罪的问题了。《南山集》案之所以处置如此酷烈，株连如此广泛，还是由当时清王朝的政治大气候所决定的，也就前文所说的清廷对知识分子进行思想钳制的需要。中国历史上许多王朝在创建不久，几乎都要紧系文网，对文人进行弹压与恐吓，这似乎已成惯例，而清代尤甚。《南山集》案发时，明清之际的一批遗民如顾炎武、黄宗羲、冒辟疆等人虽已故去，但他们提倡“反清复明”、讲究“夷夏之别”的影响仍然存在，其弟子布于天下。清廷兴“庄氏《明史》案”、“《南山集》案”，无非是借此起到敲山震虎、杀一儆百之作用。由于清政府抓住此事大作文章，《南山集》案就由单纯的年号、明史事而渲染成了旨在谋反的叛逆之举，戴名世也因此被推进了万劫不复的绝境，连清廷重臣大学士李光地亲自出面，“欲疏救于万死一生之地”，也“卒不可得”。