1963年，神树至南岔间复线全部采用铁道科学院研制的58型电冲自动闭塞设备，绥化侧接通自动闭塞，进站信号机改为色灯信号机一架；增设出站色灯信号机6架；轨道电路6条。1963年7月21日开工，28日竣工，29日投入使用，哈尔滨电务工程队施工。

1964年，南岔站东侧进行改造、佳木斯、伊春侧进站信号机，由臂板改为色灯信号机2架，增设出站信号机6架，轨道电路3条，取消路牌、路签闭塞。改为8505型色灯电锁器联锁。对绿潭、柳树方向均改为64D型继电半自动闭塞。

1969年，南岔站电气集中工程开工，新建信号楼603平方米，将非集中联锁改为6027型大站电气集中联锁，联锁道岔122组。哈尔滨电务工程队施工，1970年8月24日交付使用。

1970年，南岔站简易驼峰改造，新建驼峰信号楼297平方米，设7020型电气集中为非机械化驼峰。线路由佳木斯第五工程队施工，信号由哈尔滨电务工程队施工。1971年5月22日竣工交付使用。

1978，1980年，改造一、二货物仓库1134平方米，投资10万元。由南岔房产分段施工。

1980年，调车场新建钢架，跨度64米2座灯桥。设计执行铁路局定型图，南岔车站抽调电焊技术工人，利用平板车做平台进行焊接钢梁，干部参加劳动进行基础工程，电力部分由水电段施工。7月1日开工，11月30日竣工交付使用。投资9万元，较工程队施工造价低四分之三。1981年，改造西运转室二层楼房646平方米，投资18．5万元。佳木斯铁路分局设计分所设计，南岔车站施工。1981年7月3日开工，1981年10月3日竣工，12月24日交付使用。

1984年，投资40万元，新建南岔站旅客天桥1座跨越3条线路。钢架、预制件踏步、瓦垄铁面及墙壁。哈局设计事务所设计，南岔工务段施工。1984年8月开工，1985年6月28日竣工交付使用。

1984年，由于东部煤炭运量不断增长，经常出现到发线阶段性满线，影响接发列车。1985年4月，路局提出南岔站场扩建方案，在佳木斯侧新建直通场，与既有站场构成二级三场混合式编组站。新建的上行直通场办理佳木斯、鹤岗方向上行直通列车，兼办该两方向的上行到达列车。新设直通场设5条线(含既有正线1条)，有效长850米，在佳木斯侧设牵出线1条。施工土方18．1万立方米，新铺轨5．5公里，新铺道岔23组，色灯信号、6502型大站电气集中，绥化侧自动闭塞、佳木斯侧64D型继电半自动闭塞。229公里处设交通涵一座。列检所539平方米，信号楼544平方米，联合办公楼502平方米，房产工区152平方米，电力开闭所240平方米，一线职工食堂150平方米，工务工区及仓库150平方米，锅炉房420平方米，职工住宅360户18000平方米(含动迁)。这项工程为黑龙江省东部煤炭外运应急项目，总投资2080万元。哈尔滨铁路局勘测设计院设计，佳木斯铁路分局线桥工程队施工。1985年8月开工，1987年9月7日竣工，9月18日交付使用。

2007-2009年间，由于南岔站技术作业性质改为“区段站”，南岔站上行直通场被拆除。

1986年，驼峰电气集中改造，铁路局电务处设计，1986年10月开工，1987年6月12日竣工7020型电气集中改为7021型电气集中，南岔电务段施工，投资36万元。1987年货物二线新建195米，投资5万元，南岔工务段设计，佳木斯铁路分局线桥工程队施工。1987年5月开工，7月竣工交付使用。同年，新建东运转楼260平方米，8月18日交付使用，货物第二仓库新建567平方米，投资12．5万，分局设计分所设计，南岔林业工程处施工，．1987年3月，1987年12月竣工交付使用，1987年11月27日，南岔至兴莲自动闭塞竣工，1989年南岔站电气集中大修。6027型改为6502型大站电气集中，信号楼接层由南岔房产段设计施工。信号部分1989年6月28日开工，1989年7月5日竣工交付使用。

1989年，经省人大提案，在绥佳线227公里新建交通涵，桥长32.9米、高3.5米、宽5米，全长292.89米，投资200万元。哈尔滨铁路局设计院设计，齐齐哈尔工程二处牙克石工程段施工。运用顶进法。1989年3月开工，5月20一30日分别封锁东侧6条道架梁工程。7月24—30日进行撤粱工程。1989年10月竣工交付使用。这项工程是南岔地区人民多年期望的一件大事．解决了南北通道不安全的问题。

1996年，对直通场的原两端车辆停留线接通为12线，另修1条350米车辆停留线。至此，直通场为6条线。至1997年末，南岔站为2个场16条到发线、15条编组线、3条牵出线、1座非机械化驼峰的二级三场编组站。色灯信号、6502型大站电气集中，非机械化7021型继电集中驼峰。绥佳线为复线自动闭塞，汤林线为64D型继电半自动闭塞，电力电源设有自动闭塞电力线路，贯通线电力线路。南岔站到发能力为174列，实际为133列，利用率为76．4%；编组能力为2776辆，实际为1962辆，利用率为68．5%。

2007年的《铁路客货运输专刊》第二期中，由于南岔站的站场规模与编组能力达不到地方性编组站的评定标准，将南岔从全路的地方性编组站中除名，降为区段站。不过南岔站作为伊春地区最大的铁路客货运站发挥着不可替代的作用，它也是伊春境内仅有的两座具有编组能力的车站（伊春站和南岔站）之一。

2019年，哈铁运函【2019】78号批准南岔站等级为一等站，按技术作业性质为编组站，负责列车编组、解体、改编等作业，以及客运、货运、军运、装卸、上水和列车到发、会让等工作。

2020年6月20日起，南岔站与佳木斯车务段管内四十座售票车站一起步入电子客票时代。

截至1957年，南岔站扩建站房为1051平方米，其中候车室376平方米。2002年，南岔站新站房投入使用，新站房设置一般候车厅1218.9㎡、软席候车厅370㎡、行包房300㎡。

截至2022年，南岔站规模为2台25线，途经该站的线路为绥佳线，南乌线。

南岔站下设运转、客运、货运三大车间，2007年日均办理接发列车146列、6300多辆，年发送旅客61万多人次，客运收入2200多万元,发送货物15万吨，运输收入14980万元。

2019年，南岔站日均发送旅客1700人，调车作业300钩。2022年，南岔站日均发送旅客1206.18人，到发行包49.24件，调车作业改编辆数781.0辆，。日均接发旅客列车42.6列，货物列车45.5列。

客运：办理旅客乘降；行李、包裹托运，无营业范围限制。

货运：办理整车货物发到，主要以木材、林区特产品发运为主。

客运营业时间：24小时